Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,710,161 | T→A | 7.5% | A260A (GCT→GCA) | ppc → | phosphoenolpyruvate carboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,710,161 | 0 | T | A | 7.5% | 152.6 / 3.4 | 53 | A260A (GCT→GCA) | ppc | phosphoenolpyruvate carboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/20); new base A (2/2); total (31/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 |
ACTGTGGCATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAACCC > NC_002947/1710014‑1710305 | aCTGTGGCATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCt < 4:225811/148‑1 (MQ=255) tgGCATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGt > 5:219766/1‑149 (MQ=255) gCATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTc < 1:332466/148‑1 (MQ=255) cATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCAc < 2:234561/149‑1 (MQ=255) cATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCTCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCAGCCGTCAca < 5:103629/145‑2 (MQ=255) cATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCcgc > 2:134827/1‑148 (MQ=255) cATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCAGCCGTCAca > 6:103629/1‑144 (MQ=255) cAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCAGCCGTCAcattgg < 3:344087/143‑6 (MQ=255) cAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCAGCCGTCAcattgg > 4:344087/1‑138 (MQ=255) aGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACt > 3:89570/1‑149 (MQ=255) gcAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGgcg > 7:216525/1‑149 (MQ=255) ggTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCt < 6:219766/149‑1 (MQ=255) ggTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTAGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCt > 8:217770/1‑149 (MQ=255) gACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGAt > 6:322534/1‑149 (MQ=255) aaGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTTGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGgc < 7:217770/149‑1 (MQ=255) ctgGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGAc < 4:89570/147‑1 (MQ=255) aCTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTgcg < 1:134827/149‑1 (MQ=255) aCTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTgcg > 1:352174/1‑149 (MQ=255) ctgcgcctgcCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACAt > 2:11879/1‑149 (MQ=255) ctgcgcctgcCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACAt > 4:81132/1‑149 (MQ=255) tgcgcctgcCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATc > 6:16626/1‑149 (MQ=255) gcctgcCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGAt < 2:352174/149‑1 (MQ=255) ctgcCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCctgct < 3:204327/104‑1 (MQ=255) ctgcCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCctgct > 4:204327/1‑104 (MQ=255) gCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTgg > 8:293786/1‑149 (MQ=255) gAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGt > 5:236047/1‑121 (MQ=255) gAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGt < 6:236047/121‑1 (MQ=255) gCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGa < 8:216525/149‑1 (MQ=255) cgcgCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTgcgc > 3:2161/1‑124 (MQ=255) cgcgCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTgcgc < 4:2161/124‑1 (MQ=255) gcgcCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGtt < 7:293786/149‑1 (MQ=255) gCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATgcag < 5:16626/149‑1 (MQ=255) gCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCt < 1:218208/104‑1 (MQ=255) gCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCt > 2:218208/1‑104 (MQ=255) tCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCaa > 1:45105/1‑149 (MQ=255) tgggtgggGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACAcc > 4:58261/1‑149 (MQ=255) gggtgggGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCaa > 7:202406/1‑141 (MQ=255) gggtgggGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCaa < 8:202406/141‑1 (MQ=255) ggtgggGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCt < 1:11879/149‑1 (MQ=255) ggtgggGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCt < 3:81132/149‑1 (MQ=255) gACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCaa > 2:74420/1‑149 (MQ=255) gTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAg > 6:99926/1‑149 (MQ=255) ggCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTgg > 8:207979/1‑149 (MQ=255) gCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGc > 4:90434/1‑149 (MQ=255) aCCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGa > 3:277030/1‑148 (MQ=255) ccccAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGa > 6:223109/1‑147 (MQ=255) ccccAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACa < 3:58261/149‑1 (MQ=255) cAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTg > 2:37305/1‑149 (MQ=255) cAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGAAGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTg > 8:162699/1‑149 (MQ=255) tgACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGaa < 3:90434/149‑1 (MQ=255) gACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAAc > 1:56427/1‑149 (MQ=255) gACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGCTTGGCGACAGTGCCGAAc > 1:5781/1‑149 (MQ=255) aCGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAAcc > 4:270369/1‑149 (MQ=255) cGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAAccc < 7:207979/149‑1 (MQ=255) | ACTGTGGCATGCCATCCCCAGCCACCTGCGCAAGGTCGACAAGGCCCTGCTGGAGGCCACTGGCCTGCGCCTGCCGCTGGAGGCCGCGCCGATCCGCTTTGCCTCGTGGATGGGTGGGGACCGTGATGGCAACCCCAATGTGACGGCTGCCGTCACCCGCGAAGTACTCCTGCTGGCGCGCTGGATGGCCGCCGACCTGTTCCTGCGCGACATCGATGCACTGGCCGCCGAGTTGTCCATGCAGCAGGCCAACGACACCCTGCGCAAGCAGGTTGGCGACAGTGCCGAACCC > NC_002947/1710014‑1710305 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |