Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,871,088 | C→T | 8.1% | A121V (GCG→GTG) | cobC → | adenosylcobinamide‑phosphate synthase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,871,088 | 0 | C | T | 8.1% | 141.0 / 2.7 | 50 | A121V (GCG→GTG) | cobC | adenosylcobinamide‑phosphate synthase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/24); new base T (2/2); total (24/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
GCTCCCAGGCCGCGATCCAGGCCTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTGGCTGCCCGCGGTGGCTGGCTGCTGGTCGACGAAGCAT > NC_002947/1870941‑1871222 | gCTCCCAGGCCGCGATCCAGGCCTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTgcg > 8:92150/1‑149 (MQ=255) cAGGCCGCGATCCAGGCCTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGa < 5:80557/149‑1 (MQ=255) cgcgATCCAGGCCTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGTGCTCGACGGcc > 7:349881/1‑149 (MQ=255) cgcgATCCAGGCCTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGTGCTCGACGGcc > 3:156899/1‑149 (MQ=255) cgcgATCCAGGCCTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGcc > 2:11835/1‑149 (MQ=255) cgcgATCCAGGCCTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGcc > 3:302531/1‑149 (MQ=255) cgcgATCCAGGCCTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGACGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGcc > 1:327126/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCCTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGAt < 7:92150/149‑1 (MQ=255) aGGCCTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGAtgtg < 4:192543/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATgtgctg < 7:15409/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATgtgctg < 4:19405/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATgtgctggtgc > 3:40740/1‑149 (MQ=255) ctgctgCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTgctggtgctggt < 6:370671/149‑1 (MQ=255) ggcGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGGGCTGGTGAAc < 2:231827/148‑1 (MQ=255) aCCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCcaacaa > 7:196296/1‑149 (MQ=255) gCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAAccc > 1:196862/1‑149 (MQ=255) gCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAAccc > 1:214952/1‑149 (MQ=255) ccGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGa > 6:96799/1‑149 (MQ=255) cGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGAc < 8:33148/149‑1 (MQ=255) gggTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGAcc < 2:196862/149‑1 (MQ=255) gCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGAGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAg > 5:277512/1‑149 (MQ=255) gTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCGGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGCCCGGACAGCg > 6:184606/1‑149 (MQ=255) tGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGTGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCgg < 8:349881/149‑1 (MQ=255) tGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGTGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCgg < 4:156899/149‑1 (MQ=255) aCGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGgtgt < 2:214952/148‑1 (MQ=255) gCCGTGCTATTCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGTGCTGGGCATCAACTGCTGGCGGTGGATGTAGGGAAAGTCGTGGCTGCGCTCGACGGCCTGGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCGAACAACCCGACCGGCCAGCGTGTGTcgc < 6:277512/149‑1 (MQ=255) tGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGc < 5:96799/148‑1 (MQ=255) gAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCggg < 3:302158/130‑1 (MQ=255) gAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCggg > 4:302158/1‑130 (MQ=255) cccTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGACGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTg < 8:238645/149‑1 (MQ=255) cccTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTcgc > 5:148040/1‑130 (MQ=255) cccTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTcgc < 6:148040/130‑1 (MQ=255) cccTATGCCTGGCAACGGACGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTg < 2:327126/149‑1 (MQ=255) cTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTc > 5:76470/1‑120 (MQ=255) cTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTc < 6:76470/120‑1 (MQ=255) aaCGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACGCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTg > 1:302936/1‑149 (MQ=255) aaCGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTcgcgc < 8:274565/119‑1 (MQ=255) aaCGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTcgcgc > 7:274565/1‑119 (MQ=255) aCGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTgg < 4:40740/149‑1 (MQ=255) gcgggGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACACCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTGGCTGc > 8:100464/1‑149 (MQ=255) aTCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGcc < 2:354636/114‑1 (MQ=255) aTCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGcc > 1:354636/1‑114 (MQ=255) tCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTGGCTGCCCGCGGtg > 5:7030/1‑149 (MQ=255) cAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGc < 2:95404/128‑1 (MQ=255) cAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGc > 1:95404/1‑128 (MQ=255) aaCTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTGGCTGCCCGCGGtggc > 8:251798/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTGGCTGCCCGCGGTGGCTGgctgct < 8:196296/149‑1 (MQ=255) gcgcTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTGGCTGCCCGCGGTGGCTGgctgc < 1:11835/148‑1 (MQ=255) aTGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTGGCTGCCCGCGGTGGCTGGCTGCTGGTcgac > 4:151646/1‑149 (MQ=255) aTGAAGCGCAAGGCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGCTGCGGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTGGCTGCCCGCGGTGGCTGGCTGCTGGGcgac < 5:184606/149‑1 (MQ=255) gcAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTGGCTGTCCGCGGTGGCTGGCTGCTGGTCGACGAAGCAt > 2:190119/1‑149 (MQ=255) | GCTCCCAGGCCGCGATCCAGGCCTTGCCGCTGCTGCGTACAACCGCCCGGGTTGGCGTGCTGACGCCGTGCTATGCCGAACACCCCTATGCCTGGCAACGGGCGGGGCATCAACTGCTGGCGCTGGATGAAGCGCAAGTCGAGGCTGCGCTCGACGGCCTCGATGTGCTGGTGCTGGTGAACCCCAACAACCCGACCGGCCAGCGGGTGTCGCGCGAACGCCTGCTGGCTTGGCATGCTCGCCTGGCTGCCCGCGGTGGCTGGCTGCTGGTCGACGAAGCAT > NC_002947/1870941‑1871222 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |