Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,021,772 | T→C | 7.4% | intergenic (+309/‑130) | PP_1798 → / → gmd | outer membrane efflux protein/GDP‑mannose 4,6‑dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,021,772 | 0 | T | C | 7.4% | 152.1 / 2.6 | 54 | intergenic (+309/‑130) | PP_1798/gmd | outer membrane efflux protein/GDP‑mannose 4,6‑dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/18); new base C (2/2); total (34/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 |
TGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATAAACACACATGCCCGCACGGCA > NC_002947/2021631‑2021915 | tgctATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGa > 1:217056/1‑148 (MQ=255) tATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACtt > 5:112348/1‑149 (MQ=255) gggCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTgcgc > 5:139668/1‑149 (MQ=255) gggCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCACCGGCCGATATTgca > 1:130334/1‑147 (MQ=255) gggCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCACCGGCCGATATTgca < 2:130334/148‑2 (MQ=255) ggCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGcc > 4:337869/1‑149 (MQ=255) gCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCg < 6:139668/149‑1 (MQ=255) gATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGcc > 4:280317/1‑148 (MQ=255) gATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAAGTTCGGCCACCGGCCGATATTgcataac > 6:121975/1‑136 (MQ=255) gATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAAGTTCGGCCACCGGCCGATATTgcataac < 5:121975/141‑6 (MQ=255) tGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTTGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAAc < 2:217056/149‑1 (MQ=255) cTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACa < 5:321203/148‑1 (MQ=255) ttCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATc > 3:171736/1‑149 (MQ=255) ttCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATc > 3:177447/1‑149 (MQ=255) tACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGtt > 8:189483/1‑149 (MQ=255) cGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGcgagtc > 5:346710/1‑148 (MQ=255) cAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGc < 3:280317/149‑1 (MQ=255) cccTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGccc > 1:78374/1‑148 (MQ=255) cccTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCg > 2:186529/1‑149 (MQ=255) cTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGAc < 4:51305/149‑1 (MQ=255) ttCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGTTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGAc > 8:250271/1‑148 (MQ=255) cGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGAGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATg > 7:52439/1‑148 (MQ=255) cTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTc < 1:186529/148‑1 (MQ=255) cTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCg > 4:111160/1‑149 (MQ=255) gATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGc < 4:23643/95‑1 (MQ=255) gATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGc > 3:23643/1‑95 (MQ=255) aTGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGt < 6:112348/147‑1 (MQ=255) cTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGta > 1:293161/1‑130 (MQ=255) cTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGta < 2:293161/130‑1 (MQ=255) tttCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGCGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCCCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCtt > 2:259600/1‑148 (MQ=255) gTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATAc < 2:78374/149‑1 (MQ=255) tGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATAcg > 4:142525/1‑149 (MQ=255) gcgTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGt < 4:171736/149‑1 (MQ=255) gcgTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGt < 4:177447/149‑1 (MQ=255) ccccACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGtt < 6:346710/148‑1 (MQ=255) ccccACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTg > 3:268713/1‑149 (MQ=255) gCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGcc > 7:23855/1‑149 (MQ=255) cTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGcc < 3:142525/148‑1 (MQ=255) gcACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGt > 6:277671/1‑147 (MQ=255) gcACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGt > 5:121474/1‑147 (MQ=255) cACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAg > 6:8806/1‑149 (MQ=255) cAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATaaa > 4:190657/1‑148 (MQ=255) cAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATaaa > 5:135055/1‑148 (MQ=255) aGGTTTTGCAATATGGGCCGTTTGCCGAACTTGATCCGTGTTAGCCAACATCTGTTTGAGAGTCGAGTTCTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATAAacac < 7:250271/149‑1 (MQ=255) aGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATAAacac < 5:8806/149‑1 (MQ=255) aGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATAAaca > 1:261760/1‑148 (MQ=255) aTGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATAAACACACATg > 6:2969/1‑149 (MQ=255) tGCAATATCGGCCGCTGGCCTAACTTGCGCCGGGGTAGCAAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCAGCCCGACCAATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATAAGCGTCGTTGGAATTCCCCGCGACAGGCCAAATAAACACACATga > 8:144093/1‑148 (MQ=255) cAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATAAACACACATGccc > 7:15892/1‑149 (MQ=255) aaTATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCACCATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGCCCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCCTCAGGCCAACTAAACACACATGCCCg > 7:234333/1‑149 (MQ=255) aaTATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAgg < 1:144579/128‑1 (MQ=255) atatCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGAGCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATAAACACACATGCCCg > 1:224129/1‑148 (MQ=255) gCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATAAACACACATGCCCGCACGGCa < 8:52439/149‑1 (MQ=255) gTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATAAacacac > 2:131585/1‑131 (MQ=255) | TGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCATACGCGTGGTTGGAATTGCCCGCGTCAGGCCAAATAAACACACATGCCCGCACGGCA > NC_002947/2021631‑2021915 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |