Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,077,196 | G→A | 8.2% | intergenic (‑38/‑81) | PP_1852 ← / → PP_1853 | enoyl‑ACP reductase/LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,077,196 | 0 | G | A | 8.2% | 135.0 / 2.4 | 49 | intergenic (‑38/‑81) | PP_1852/PP_1853 | enoyl‑ACP reductase/LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/23); new base A (2/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.35e-01 |
CGCGCCTTCGCGGGCCAGGCGCCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCATCCGCAGTGCCGAGGTCGGCAGTT > NC_002947/2077057‑2077337 | cgcgcCTTCGCGGGCCAGGCGCCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGcaca < 7:43200/149‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCCAGGCGCCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATc > 3:180160/1‑149 (MQ=255) cgcgGGCCAGGCGCCTTACGATAGCTGCGCCAATTCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCg < 5:253421/147‑1 (MQ=255) cgcgGGCCAGGCGCCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCgg < 1:5450/148‑1 (MQ=255) ggCCAGGCGCCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTc < 4:359593/149‑1 (MQ=255) ggCCAGGCGCCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTc < 4:180160/149‑1 (MQ=255) gCCAGGCGCCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCg > 7:346014/1‑149 (MQ=255) aGGCGCCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGAtt < 3:262469/149‑1 (MQ=255) ggCGCCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTg > 6:158531/1‑149 (MQ=255) gcgcCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGAATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGc > 5:167555/1‑149 (MQ=255) gcgcCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGAATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGc > 5:173028/1‑149 (MQ=255) cTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTAc < 8:346014/149‑1 (MQ=255) gCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGAATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGa < 6:173028/148‑1 (MQ=255) gCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGAATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGa < 6:167555/148‑1 (MQ=255) cAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAAt > 2:196436/1‑148 (MQ=255) aaTGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCa < 5:158531/149‑1 (MQ=255) cTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTAt > 6:378758/1‑148 (MQ=255) tCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATggg < 2:370337/100‑1 (MQ=255) tCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATggg > 1:370337/1‑100 (MQ=255) ctaCCGCCCTGAACCAGGGCCAATTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTTACAAGATGGTAATCACTATcagca < 7:235396/146‑1 (MQ=255) aCCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCagag > 7:22697/1‑149 (MQ=255) ccGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTAtcatca > 8:235396/1‑145 (MQ=255) cGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGc > 2:211084/1‑114 (MQ=255) cGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTCGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGc < 1:211084/114‑1 (MQ=255) aGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGtt < 4:22493/149‑1 (MQ=255) aCTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTAc > 5:113725/1‑101 (MQ=255) aCTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTAc < 6:113725/101‑1 (MQ=255) cTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGc > 6:349062/1‑148 (MQ=255) gAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATg > 4:138669/1‑148 (MQ=255) gtgtAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGa > 8:46136/1‑148 (MQ=255) tgtAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAAt > 2:182657/1‑149 (MQ=255) gACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGtt > 8:285755/1‑149 (MQ=255) tGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGaa < 5:378758/149‑1 (MQ=255) tGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCAtt < 7:212995/133‑1 (MQ=255) tGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCAtt > 8:212995/1‑133 (MQ=255) ttCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTg < 4:181822/141‑1 (MQ=255) ttCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTg > 3:181822/1‑141 (MQ=255) tcCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGCATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCAt > 1:32683/1‑149 (MQ=255) ctgctgGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCATcc > 2:164090/1‑149 (MQ=255) ctgctgGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCATc < 1:196436/148‑1 (MQ=255) gAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCATCCGCAGTg > 5:122695/1‑149 (MQ=255) cAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCATCCGCAGTGCCGAg < 3:138669/149‑1 (MQ=255) aGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCagag > 5:195249/1‑77 (MQ=255) aGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCagag < 6:195249/77‑1 (MQ=255) gCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCATc < 8:52524/134‑1 (MQ=255) gCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCATc > 7:52524/1‑134 (MQ=255) gCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCATCCGCAGTGCCGAGGTc < 8:22697/149‑1 (MQ=255) cGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCATCCGCAGTGCCGAGGTCgg < 1:164090/149‑1 (MQ=255) tGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCATCCGCAGTGCCGAGGTCGGCAGtt < 1:182657/149‑1 (MQ=255) | CGCGCCTTCGCGGGCCAGGCGCCTTACGATAGCTGCGCCAATGCCTCGGGAACCGCCCTGAACCAGGGCCACTTTGCCTTCGAGTGTAAGTTGCTTGGACATGCTGTTCTCCTGCTGGAAGCCAGGCCGAAATGCCTTGGATGGGCACAGTATCGGCGCTCGATTGCCTACTGATAAGATGGTAATCACTATCAGCAGAGTAAACCTTTGGTTGCTAATCATGGCCATGGAATCATTCAGCGCGTTGGAATGCTTCATCCGCAGTGCCGAGGTCGGCAGTT > NC_002947/2077057‑2077337 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |