| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,137,005 | A→T | 7.5% | intergenic (‑255/‑136) | fadE ← / → gstB | medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase/glutathione S‑transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,137,005 | 0 | A | T | 7.5% | 193.8 / 5.3 | 67 | intergenic (‑255/‑136) | fadE/gstB | medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase/glutathione S‑transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/33); new base T (2/3); total (31/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
AGCTCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGA > NC_002947/2136858‑2137150 | aGCTCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTa > 2:186788/1‑148 (MQ=255) tCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAGAAc > 7:70970/1‑149 (MQ=255) tCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAAc > 7:76111/1‑149 (MQ=255) tCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAAc > 2:72643/1‑149 (MQ=255) aTTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAAc < 6:193140/147‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAACCCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCCCCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACg > 1:352376/1‑148 (MQ=255) ttCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTTTTACCCAcac < 8:179100/148‑3 (MQ=255) gCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACTACGGTACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAgg < 6:60010/148‑1 (MQ=255) gCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAgg > 6:49099/1‑148 (MQ=255) ccGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCg < 5:134139/148‑1 (MQ=255) ccGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCg < 3:359432/148‑1 (MQ=255) gCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGa > 7:309814/1‑149 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGt > 6:156052/1‑149 (MQ=255) 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cccTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTTTTACCcacacat > 1:258084/1‑118 (MQ=255) cccTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATAc > 7:67374/1‑125 (MQ=255) cccTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATAc < 8:67374/125‑1 (MQ=255) cccTCCTACAACGGAAAGTGGCGATGCCAACG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAg > 3:320462/1‑149 (MQ=255) ctACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCtgt < 8:76111/149‑1 (MQ=255) ctACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCtgt < 8:70970/149‑1 (MQ=255) 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aTGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACTGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCcgc < 6:306762/149‑1 (MQ=255) cgCCACCGCATTCATCAAT‑CGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCcgc > 2:196172/2‑148 (MQ=255) ccACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCcgcg > 1:327678/1‑147 (MQ=255) cACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGTCGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCcgcg > 1:31240/1‑146 (MQ=255) aCCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGACCGGGCTTGCCCGCGaa > 7:271197/1‑147 (MQ=255) ccG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAagag < 4:338109/149‑1 (MQ=255) cG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGc > 3:323194/1‑134 (MQ=255) ggcttGATGTATGGGGTGGCGGCGGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGGAGGGTCGGCCTATGTGTGGGTAAATCCGACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGc < 4:323194/131‑1 (MQ=255) g‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGc < 2:327678/149‑1 (MQ=255) aTTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACGCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCACGAAGAGGcc > 6:198053/1‑149 (MQ=255) aTTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGcc > 3:200463/1‑149 (MQ=255) aTGCTGTGGCGGCAGCTACGGTTAATGACCGGGGGGTTGTCTTGGAGGCTCGGCCTATGTGTTTGTAAACCCCACGAAGGAATACCGGTGAGGTGAAGAGGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAg < 4:45561/148‑1 (MQ=37) gcggcCGCGAGGGTGAATGACCGGGGGGGTGGGTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGTGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGaa < 8:309814/148‑1 (MQ=255) gcggcCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAg < 1:72643/149‑1 (MQ=255) cgcgACGGTTAATGCCCGGGGGGTTGGGTGGGATGCTCGGCCTTTGTTGTTGTAAAACCCACGGATGAATACCGTTGACGTGTAGTCGGTGGGGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTg < 8:271197/149‑1 (MQ=25) cgcgACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTg < 5:49099/149‑1 (MQ=255) cgACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACTCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCACGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGa < 5:198053/149‑1 (MQ=255) tGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGAc > 3:140776/1‑149 (MQ=255) gACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTGGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGc > 6:5155/1‑149 (MQ=255) ccGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGcc < 2:31240/148‑1 (MQ=255) 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ggTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTg > 4:261998/1‑145 (MQ=255) ggTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGGGAGCCTGTGGGAGCTGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAATGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGa < 1:195714/149‑1 (MQ=255) | AGCTCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGA > NC_002947/2136858‑2137150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |