| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,137,007 | A→T | 8.5% | intergenic (‑257/‑134) | fadE ← / → gstB | medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase/glutathione S‑transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,137,007 | 0 | A | T | 8.5% | 190.0 / 5.8 | 67 | intergenic (‑257/‑134) | fadE/gstB | medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase/glutathione S‑transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/32); new base T (2/4); total (31/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
TCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGA > NC_002947/2136861‑2137150 | tCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAGAAc > 7:70970/1‑149 (MQ=255)tCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAAc > 2:72643/1‑149 (MQ=255)tCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAAc > 7:76111/1‑149 (MQ=255) aTTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAAc < 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ccGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCg < 3:359432/148‑1 (MQ=255) gCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGa > 7:309814/1‑149 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGt > 6:156052/1‑149 (MQ=255) gggTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACg < 6:130881/149‑1 (MQ=255) tAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACggtg < 1:186788/149‑1 (MQ=255) aaCCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACggtggt < 5:156052/149‑1 (MQ=255) cccTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTTTTACCcacacata < 6:321623/120‑3 (MQ=255) cccTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTTTTACCcacacata > 5:321623/1‑118 (MQ=255) cccTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTTTTACCcacacat < 2:258084/119‑2 (MQ=39) cccTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTTTTACCcacacat > 1:258084/1‑118 (MQ=255) cccTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATAc > 7:67374/1‑125 (MQ=255) 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cG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGc > 3:323194/1‑134 (MQ=255) ggcttGATGTATGGGGTGGCGGCGGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGGAGGGTCGGCCTATGTGTGGGTAAATCCGACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGc < 4:323194/131‑1 (MQ=255) g‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGc < 2:327678/149‑1 (MQ=255) aTTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACGCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCACGAAGAGGcc > 6:198053/1‑149 (MQ=255) aTTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGcc > 3:200463/1‑149 (MQ=255) aTGCTGTGGCGGCAGCTACGGTTAATGACCGGGGGGTTGTCTTGGAGGCTCGGCCTATGTGTTTGTAAACCCCACGAAGGAATACCGGTGAGGTGAAGAGGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAg < 4:45561/148‑1 (MQ=37) gcggcCGCGAGGGTGAATGACCGGGGGGGTGGGTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGTGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGaa < 8:309814/148‑1 (MQ=255) gcggcCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAg < 1:72643/149‑1 (MQ=255) cgcgACGGTTAATGCCCGGGGGGTTGGGTGGGATGCTCGGCCTTTGTTGTTGTAAAACCCACGGATGAATACCGTTGACGTGTAGTCGGTGGGGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTg < 8:271197/149‑1 (MQ=25) cgcgACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTg < 5:49099/149‑1 (MQ=255) cgACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACTCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCACGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGa < 5:198053/149‑1 (MQ=255) tGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGAc > 3:140776/1‑149 (MQ=255) gACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTGGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGc > 6:5155/1‑149 (MQ=255) ccGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGcc < 2:31240/148‑1 (MQ=255) cccgggcTTGGCTGGCAGTCTCGGACTATGTGTGGGTAAAACACACGCAGAAATACCTGTCACGAGAAGACGCTGGTGAGCATGTCGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCACGAACATGCCGCGAAGCACTGGAGTAGACTTAGCCAc > 8:179114/4‑149 (MQ=255) cGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCAc < 1:196172/149‑1 (MQ=255) 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gCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGAt < 4:169869/149‑1 (MQ=255) ccTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGcc < 4:140776/149‑1 (MQ=255) tgGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGaa < 5:349851/149‑1 (MQ=255) ggTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTg > 4:261998/1‑145 (MQ=255) ggTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGGGAGCCTGTGGGAGCTGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAATGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGa < 1:195714/149‑1 (MQ=255) | TCATTTGTTCGCCTGTACCGGCCTATTCGCGGGTAAACCCCTCCTACAACGGAACGTGGCGATGCCACCG‑ATTGATGAATGCGGTGGCGGCCGCGACGGTGAATGACCGGGGGGTTGGCTGGCAGGCTCGGCCTATGTGTGGGTAAAACCCACGCAGGAATACCGGTGACGTGAAGACGGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCCGTACAGGCGGCGAAGGTCTGGAGTAGACTGTGCCACCTCCGCACTCAAAAGGATGTTGCCATGCTGAAGA > NC_002947/2136861‑2137150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |