| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,171,501 | T→C | 5.1% | intergenic (+36/+367) | PP_5484 → / ← PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,171,501 | 0 | T | C | 5.1% | 238.9 / 2.1 | 78 | intergenic (+36/+367) | PP_5484/PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/37); new base C (2/2); total (39/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.66e-01 | |||||||||||
TCCCGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTAC > NC_002947/2171358‑2171648 | tcCCGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAg > 7:58511/1‑149 (MQ=255) cccGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGc > 3:250724/1‑149 (MQ=255) ccGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTg < 6:53386/144‑1 (MQ=255) ccGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTg < 3:169501/144‑1 (MQ=255) gTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCg‑gg > 5:214192/1‑149 (MQ=255) tGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGa < 3:216035/149‑1 (MQ=255) cGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGAt < 8:289896/148‑1 (MQ=255) cGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCCAAGAGCg‑ggtc < 4:346201/148‑3 (MQ=255) gaagaaTTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGAttt < 6:265127/149‑1 (MQ=255) gaagaaTTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGAtt > 3:104539/1‑148 (MQ=255) ttACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAg > 7:279779/1‑149 (MQ=255) ttACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAg < 6:1235/149‑1 (MQ=255) ctactTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTgg < 4:104539/149‑1 (MQ=255) tttGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTggggg > 8:19318/1‑148 (MQ=255) tttGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCAAGTggggg > 2:3888/1‑148 (MQ=255) tGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTGCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGt < 5:306529/147‑1 (MQ=255) gCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTg > 3:30642/1‑141 (MQ=255) gCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTg < 4:30642/141‑1 (MQ=255) tCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGc > 2:165740/1‑149 (MQ=255) 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aCAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCggg < 5:137256/149‑1 (MQ=255) cTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCGCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCGGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCTGTGGGGGTAGGGCGGGGTaa < 2:154501/149‑1 (MQ=255) cTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTaa > 3:9400/1‑149 (MQ=255) tttCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAac > 3:6620/1‑149 (MQ=255) gCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTTCTGATTGACTACATGGGTAGGCTAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGt < 7:14798/149‑1 (MQ=255) 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ccGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGCTACTGATTGAGGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGt > 5:264306/1‑148 (MQ=255) cGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTa > 1:284034/1‑149 (MQ=255) aTTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAAATCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGCTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAACTTTCGACCCCCACTTGGAGCC‑GGCTTTATCCAGTGGAGGGAGGGCGCGGTAACGACCGGCCGCTTACGTg > 2:177205/1‑149 (MQ=255) gatgtcGCCAGTTCACAATTCATCTGCATTTTCCCTGAGCGCGGGTACTGATTTACTAAATGGGTAGGGGAAGTTTCGACCCGTTCTTGGAGCG‑GTTTTTATCCTGTGGGGTTAGGGGGTGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCttt < 2:207806/144‑1 (MQ=255) gTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTa < 2:57244/149‑1 (MQ=255) 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cccGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCga < 1:137213/128‑1 (MQ=255) cccGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTCGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCga > 2:137213/1‑128 (MQ=255) ccGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTg > 3:144945/1‑149 (MQ=255) ttGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGAAATAGCCGAAAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTAc > 5:351698/1‑148 (MQ=255) | TCCCGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCG‑GGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTAC > NC_002947/2171358‑2171648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |