Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,247,156 | G→T | 9.3% | R815R (CGG→AGG) | PP_1983 ← | PAS/PAC/GAF sensor‑containing diguanylate cyclase/phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,247,156 | 0 | G | T | 9.3% | 161.8 / 6.8 | 54 | R815R (CGG→AGG) | PP_1983 | PAS/PAC/GAF sensor‑containing diguanylate cyclase/phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/24); new base T (2/3); total (27/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.18e-01 |
CATCCACCTGCGGCTGGAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTGCAGGCGCTGGCCATCCAGTGACATTGGCTCGGCCAGCAGTTCGCGCAGGGTGTCG > NC_002947/2247009‑2247301 | cATCCACCTGCGGCTGGAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCgg < 6:308368/149‑1 (MQ=255) aTCCACCTGCGGCTGGAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCgg > 4:340180/1‑148 (MQ=255) ccACCTGCGGCTGGAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTa > 4:232929/1‑148 (MQ=255) ccTGCGGCTGGAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAgg > 2:61834/1‑149 (MQ=255) cTGCGGCTGGAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAggg > 1:242321/1‑149 (MQ=255) gCTGGAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGGCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCTGTACCGGGccaag > 1:34076/1‑145 (MQ=255) gCTGGAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCTGTACCGGGccaag > 1:95341/1‑145 (MQ=255) cTGGAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCTGTACCGGGccaagg < 2:34076/149‑6 (MQ=255) cTGGAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCTGTACCGGGccaagg < 2:95341/149‑6 (MQ=255) gAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCTGTACCGGGccaagga < 1:44055/147‑7 (MQ=255) gcagtgcCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCActg > 8:319648/1‑147 (MQ=255) cagtgcCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGtt > 8:330483/1‑149 (MQ=255) cagtgcCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGtt > 6:143079/1‑149 (MQ=255) gtgcCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGttt > 7:181948/1‑148 (MQ=255) ccAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTTGTGTGAAACAGCTGGCTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCTATATCGGCACGTTTGAg > 3:232566/1‑148 (MQ=255) aGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAg < 3:232929/149‑1 (MQ=255) aGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCCATATCGGCACGTTTGAGCAg < 8:275355/149‑1 (MQ=255) cTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGt < 3:340180/149‑1 (MQ=255) ccACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGc < 8:181948/149‑1 (MQ=255) cACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGa < 7:135960/138‑1 (MQ=255) cACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGa > 8:135960/1‑138 (MQ=255) gccagggccaggCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGgtgt > 3:307034/1‑149 (MQ=255) ccagggccaggCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGtgtg > 5:349486/1‑149 (MQ=255) cagggccaggCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTgtgg > 7:157308/1‑149 (MQ=255) agggccaggCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTgtggt < 2:242321/149‑1 (MQ=255) ccaggCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCg > 3:284240/1‑149 (MQ=255) ccaggCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCg < 7:330483/149‑1 (MQ=255) ggTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCgggg < 1:61834/149‑1 (MQ=255) cATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCa > 7:65210/1‑149 (MQ=255) cATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCa < 6:349486/149‑1 (MQ=255) tGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACg > 3:312773/1‑149 (MQ=255) ctcgcgGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTgg < 8:173056/149‑1 (MQ=255) gctGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGc < 5:143079/148‑1 (MQ=255) gctGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCg > 6:221555/1‑149 (MQ=255) gcggcCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTg > 4:160995/1‑141 (MQ=255) gcggcCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTg < 3:160995/141‑1 (MQ=255) gcCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTg < 4:284240/149‑1 (MQ=255) ttCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGt > 4:296340/1‑140 (MQ=255) ttCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGt < 3:296340/140‑1 (MQ=255) gCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGc < 2:196753/134‑1 (MQ=255) gCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGc > 1:196753/1‑134 (MQ=255) aaaCAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCgggg > 8:32483/1‑97 (MQ=255) aaaCAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCgggg < 7:32483/97‑1 (MQ=255) aaaCAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTGCAGGCGCTGGCCATCCAGt > 8:69536/1‑148 (MQ=255) gtggtgTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTGCAGGCGCTGGCCATCCAGTGACATTGGCTc < 5:221555/149‑1 (MQ=255) gtgtTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTGCAGGCGCTGGCCATCCAGTGACATTGGCTCGGc < 4:307034/149‑1 (MQ=255) ttGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGTTCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTGCAGGCGCTGGCCATCCAGTGACATTGGCTCGGCca < 1:110073/148‑1 (MQ=255) ttGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTGCAGGCGCTGGCCATCCAGTGACATTGGCTCGGCca < 4:312773/148‑1 (MQ=255) ccGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCggg < 6:42709/74‑1 (MQ=255) ccGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCggg > 5:42709/1‑74 (MQ=255) ggAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTAc < 6:60039/102‑1 (MQ=255) ggAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTAc > 5:60039/1‑102 (MQ=255) cTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTGCAGGCGCTGGCCATCCAGTGACATTGGCTCGGCcagc < 6:275823/136‑1 (MQ=255) cTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTGCAGGCGCTGGCCATCCAGTGACATTGGCTCGGCcagc > 5:275823/1‑136 (MQ=255) cTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTGCAGGCGCTGGCCATCCAGTGACATTGGCTCGGCCAGCAGTTCGCGCAggg > 5:67685/1‑149 (MQ=255) cccGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTGCAGGCGCTGGCCATCCAGTGACATTGGCTCGGCCAGCAGTTCGCGCAGGGTGTCg < 8:65210/149‑1 (MQ=255) | CATCCACCTGCGGCTGGAAGTGCAGTGCCAGCTCGCCACGGGCCAGGGCCAGGCGCAGGTCGTTTTCCATGCGCAGGCGCTCGCTGGCGGCCTTCTGCATGGTGGTGTGAAACAGCTGGGTGGTGTTGCGACCGGAGTCCTTGGCCCGGTACAGGGCGATATCGGCACGTTTGAGCAGGTCGGCCGGTGTGGTGCCGTGGTCGGGGATCAGCGCCACGCCGATGCTGGGCGTTACCTGCAGGCGCTGGCCATCCAGTGACATTGGCTCGGCCAGCAGTTCGCGCAGGGTGTCG > NC_002947/2247009‑2247301 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |