Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,290,397 | C→G | 6.5% | intergenic (+22/‑253) | pepN → / → PP_2018 | aminopeptidase N/BNR domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,290,397 | 0 | C | G | 6.5% | 381.9 / 12.5 | 119 | intergenic (+22/‑253) | pepN/PP_2018 | aminopeptidase N/BNR domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/55); new base G (5/3); total (60/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.15e-01 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CACGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACCCACCAA > NC_002947/2290254‑2290543 | cacGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCg < 1:317520/148‑1 (MQ=255) acGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGc > 4:300826/1‑149 (MQ=255) acGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGc > 3:316893/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCCGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAAGTCTGTTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGacc > 1:365395/1‑149 (MQ=255) tGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTCAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCTGGGCGGccc‑‑c < 1:275120/148‑1 (MQ=255) gcgcAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCTCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGATTTGTCCAGTGTTGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCTGGGCGGccc‑‑caa < 3:97416/148‑3 (MQ=255) gcgcAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑Cgg < 3:285096/148‑1 (MQ=255) gcAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCtt > 2:227916/1‑149 (MQ=255) aaaGTATGACTATTCGGGTCAGTGGGTTATGAAGGGTTAGCTTTATCGCATTCTGGCTTCGGGTTAGTTGTCCATTTATGTGTATGAGGTTGTCTGCAAGAGTCTGGCTTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCAAGCGGCCC‑‑CGGCttt < 4:178742/148‑1 (MQ=255) gTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTccc > 3:288212/1‑149 (MQ=255) tGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCgg < 6:120721/149‑1 (MQ=255) gACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGc > 7:308042/1‑149 (MQ=255) gATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGa > 2:117245/1‑149 (MQ=255) tGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGac > 2:1688/1‑148 (MQ=255) gTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGAcaacaa > 6:254871/1‑148 (MQ=255) gTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACaaa < 2:297211/149‑1 (MQ=255) gTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACaaa < 3:300826/149‑1 (MQ=255) tCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACaaaa > 8:6093/1‑149 (MQ=255) aGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACa > 8:220353/1‑149 (MQ=255) 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aGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTccc < 1:227916/149‑1 (MQ=255) aGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTccc > 7:133887/1‑149 (MQ=255) aTTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCaaa < 1:249157/149‑1 (MQ=255) aTTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCaaa > 7:139602/1‑149 (MQ=255) tGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATc > 2:158489/1‑149 (MQ=255) 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aTTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCt < 8:329056/149‑1 (MQ=255) tGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCaa > 2:229761/1‑149 (MQ=255) gTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGa > 7:289628/1‑123 (MQ=255) gTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCaa < 1:111836/147‑1 (MQ=255) gTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATg > 1:332057/1‑149 (MQ=255) tGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGc < 8:233531/149‑1 (MQ=255) aaTTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCAt < 1:229761/149‑1 (MQ=255) ttGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCAtt > 3:253973/1‑148 (MQ=255) ttGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTg < 1:57083/149‑1 (MQ=255) ttGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTg < 6:9449/149‑1 (MQ=255) cggggCCGCTGGGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGa > 6:138139/2‑149 (MQ=255) ggggCCGCTGGGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCGGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGAc > 3:77095/1‑149 (MQ=255) ggggCCGCTGGGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATAGAc > 4:123766/1‑149 (MQ=255) ggggCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGa < 8:300402/148‑1 (MQ=255) gggCCGCTGGGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGAcc > 8:145730/1‑149 (MQ=255) gggCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCTCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGAc < 1:301271/148‑1 (MQ=255) gggCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGAtctc > 5:227564/1‑91 (MQ=255) ggCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAg > 7:238705/1‑131 (MQ=255) ggCCGCCCAGCGGCCC‑‑AGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAg < 8:238705/131‑1 (MQ=255) gccgccCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACcca > 2:334562/1‑149 (MQ=255) cgccCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACccacc < 1:37386/149‑1 (MQ=255) gccCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACccacc > 7:78616/1‑148 (MQ=255) cccAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACccacc > 1:132535/1‑147 (MQ=255) ccAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACCCACCaa > 4:274052/1‑148 (MQ=255) | CACGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCC‑‑CGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACCCACCAA > NC_002947/2290254‑2290543 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |