| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,347,620 | G→C | 6.5% | V307V (GTG→GTC) ‡ | PP_2064 → | multidrug RND transporter membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,347,620 | 0 | G | C | 6.5% | 456.2 / 16.0 | 139 | V307V (GTG→GTC) ‡ | PP_2064 | multidrug RND transporter membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/65); new base C (4/5); total (68/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TTGCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGC > NC_002947/2347474‑2347768 | ttGCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAg > 8:128567/1‑149 (MQ=255) gCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGcc > 4:194569/1‑149 (MQ=255) gCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGc > 3:229321/1‑148 (MQ=255) cAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCg < 3:59766/149‑1 (MQ=255) cGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTg < 7:102109/149‑1 (MQ=255) gggTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGCTCACCCGGGTGc < 3:363083/149‑1 (MQ=255) ggTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTg > 7:327141/1‑147 (MQ=255) ggTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCa < 8:327141/149‑1 (MQ=255) ggTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGCTCACCCGGGTg > 4:65407/1‑147 (MQ=255) ggTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGCTCACCCGGGTg < 3:65407/147‑1 (MQ=255) gtatgtatGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAg < 3:194569/149‑1 (MQ=255) tatgtatgCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGCTCACCCGGGTGccat < 5:221946/149‑4 (MQ=255) ttgCCTGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACTGTGCTGGCCGTGCCGTAAACCGGTATCACCTACTCCGCTTATGGGCTGACGGTGTTTGTCGCGACGAAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTTAGCCGGGTGCAGGTAac < 4:293292/147‑1 (MQ=255) tgCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAacca > 6:241899/1‑149 (MQ=255) tgCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAacca > 1:122973/1‑149 (MQ=255) ccGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAaccacc > 2:6588/1‑149 (MQ=255) cGGCGTGCGGCTGGATACTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCg > 6:59246/1‑149 (MQ=255) cTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTg > 2:344593/1‑149 (MQ=255) 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> 8:319949/1‑149 (MQ=255) tgcGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGCTCACCCGGGTGc > 6:238632/1‑119 (MQ=255) gcgcAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCg > 5:62610/1‑149 (MQ=255) gcgcAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCg > 8:19585/1‑149 (MQ=255) cgcAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCGTGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCgg < 2:205585/149‑1 (MQ=255) cAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGt < 5:241899/149‑1 (MQ=255) 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tGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGc > 2:142993/1‑149 (MQ=255) gCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCt > 6:351620/1‑149 (MQ=255) cGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGa > 7:231021/1‑149 (MQ=255) cGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGGGAGCGGGGTGCAGGTAACCACCGTTGACCGCTGGCAGGGCCGGGTGGAAATCACCTACGGCCtca > 4:234372/1‑147 (MQ=255) tGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACg > 1:289732/1‑149 (MQ=255) ggAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCg < 7:182248/149‑1 (MQ=255) ggAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCg > 2:120972/1‑149 (MQ=255) aaCCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTg < 2:289732/149‑1 (MQ=255) aCCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGa > 1:97978/1‑149 (MQ=255) cgcgATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAggg > 3:200285/1‑111 (MQ=255) cgcgATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAggg < 4:200285/111‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATg < 2:97978/148‑1 (MQ=255) tCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATgg > 8:11440/1‑148 (MQ=255) tCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATgg > 8:265215/1‑148 (MQ=255) tCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATgg > 4:257182/1‑148 (MQ=255) cgACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATg > 7:347829/1‑149 (MQ=255) cgACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATg < 7:19585/149‑1 (MQ=255) ccAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCgg > 1:277148/1‑149 (MQ=255) ccAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCgg > 4:80640/1‑149 (MQ=255) cAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGt > 2:368410/1‑149 (MQ=255) ggACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTc > 1:335172/1‑148 (MQ=255) 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cagcaTGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGt < 2:277148/149‑1 (MQ=255) cagcaTGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGt > 3:56598/1‑149 (MQ=255) ctgCACCCGGCTCACCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGgcg > 6:366882/3‑148 (MQ=255) gCACGCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTATCCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGAGGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAg < 4:69897/149‑1 (MQ=255) gCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCa < 7:11440/148‑1 (MQ=255) 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gAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGc < 7:265215/149‑1 (MQ=255) | TTGCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGC > NC_002947/2347474‑2347768 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |