Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,347,622 | G→C | 6.5% | S308T (AGC→ACC) | PP_2064 → | multidrug RND transporter membrane fusion protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,347,622 | 0 | G | C | 6.5% | 459.3 / 15.9 | 139 | S308T (AGC→ACC) | PP_2064 | multidrug RND transporter membrane fusion protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/67); new base C (4/5); total (67/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TTGCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAG > NC_002947/2347474‑2347770 | ttGCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAg > 8:128567/1‑149 (MQ=255) gCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGcc > 4:194569/1‑149 (MQ=255) gCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGc < 4:229321/148‑1 (MQ=255) gCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGc > 3:229321/1‑148 (MQ=255) gggTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGCTCACCCGGGTGc < 3:363083/149‑1 (MQ=255) ggTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTg > 7:327141/1‑147 (MQ=255) ggTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCa < 8:327141/149‑1 (MQ=255) ggTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGCTCACCCGGGTg < 3:65407/147‑1 (MQ=255) 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gACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTAGACCGGCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACGCAGGACGCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGGGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCa < 8:147857/149‑1 (MQ=255) gACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATc < 1:6588/148‑1 (MQ=255) tGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTcc < 2:73784/149‑1 (MQ=255) tGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGc > 2:142993/1‑149 (MQ=255) gCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCt > 6:351620/1‑149 (MQ=255) cGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGa > 7:231021/1‑149 (MQ=255) tGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACg > 1:289732/1‑149 (MQ=255) ggAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCg < 7:182248/149‑1 (MQ=255) ggAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCg > 2:120972/1‑149 (MQ=255) aCCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGa > 1:97978/1‑149 (MQ=255) cgcgATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGAcc < 2:122973/149‑1 (MQ=255) cgcgATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGAcc < 7:128567/149‑1 (MQ=255) gcgATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTCTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCg > 5:233160/1‑149 (MQ=255) gATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCgtg < 1:120972/149‑1 (MQ=255) aTCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCgtgt < 3:47069/149‑1 (MQ=255) 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tGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCCGc > 2:228604/1‑149 (MQ=255) cAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGaa < 1:344593/149‑1 (MQ=255) aCGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACt > 4:257871/1‑149 (MQ=255) ggTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGa < 6:62610/149‑1 (MQ=255) gtgtTTGTCGCGACCCACGACCCCCAGCATGGCAGCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAg < 3:234372/149‑1 (MQ=255) 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2:202970/149‑1 (MQ=255) gAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGc < 7:265215/149‑1 (MQ=255) gCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAg < 3:257871/149‑1 (MQ=255) | TTGCAGCCGGGTATGTATGCCGGCGTGCGGCTGGATGCTGCGCAGCCGTCGACCGTGCTGGCCGTGCCGGAAACCGCGATCACCTACACCGCCTATGGGCAGACGGTGTTTGTCGCGACCCAGGACCCGCAGCATGGCACCCGGGTGAGCCGGGTGCAGGTAACCACCGGTGAGCGCTGGCAGGGGCGGGTGGAAATCACCTCCGGCCTGACGCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAG > NC_002947/2347474‑2347770 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |