| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,350,521 | G→A | 5.6% | G910S (GGC→AGC) ‡ | PP_2065 → | multidrug RND transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,350,521 | 0 | G | A | 5.6% | 327.8 / 5.2 | 107 | G910S (GGC→AGC) ‡ | PP_2065 | multidrug RND transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/52); new base A (2/4); total (51/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GTGCTGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGG > NC_002947/2350374‑2350669 | gTGCTGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCgg > 4:274624/1‑149 (MQ=255)gTGCTGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCg < 3:251442/148‑1 (MQ=255) tGCTGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGc < 1:121961/149‑1 (MQ=255) tGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCt > 2:189899/1‑148 (MQ=255) gcggcgCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGAt > 6:24490/1‑149 (MQ=255) gcggcgCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACACTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGAt < 7:340521/149‑1 (MQ=255) cggcgCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATc < 6:20752/149‑1 (MQ=255) cgcAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTTACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCAGGCCGATCagc < 2:207511/149‑1 (MQ=255) 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cGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCAc < 1:189899/148‑1 (MQ=255) cGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACg < 7:196057/149‑1 (MQ=255) cGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACg > 5:58544/1‑149 (MQ=255) gAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACTTCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACgg < 6:152085/149‑1 (MQ=255) aaaGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACgg > 4:92327/1‑148 (MQ=255) 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aTTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCaa < 1:314648/149‑1 (MQ=255) ttCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAAc > 5:32699/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAAc < 8:252712/149‑1 (MQ=255) ttCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTCGTGAC‑GCTGATCGGCCAGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAAc < 4:48514/149‑1 (MQ=255) cTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACg < 4:211602/148‑1 (MQ=255) gTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATTGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGAt > 2:192372/1‑149 (MQ=255) gTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACga < 5:353510/146‑1 (MQ=255) gTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGAA‑CGCCaccat < 5:27043/146‑5 (MQ=255) atcGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGAtt > 5:287665/3‑147 (MQ=255) ccGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAg < 3:92327/149‑1 (MQ=255) 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acacaGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCg < 5:353565/140‑1 (MQ=255) acacaGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCg > 6:353565/1‑140 (MQ=255) cacaGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGtt > 8:207435/1‑116 (MQ=255) cacaGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGtt < 7:207435/116‑1 (MQ=255) acaGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCtga < 6:233539/149‑1 (MQ=255) gATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCtgatga > 1:349803/1‑149 (MQ=255) gATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCtgatga < 5:23860/149‑1 (MQ=255) aTTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGACTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGAc > 7:235102/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGTCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcgg > 6:336159/1‑149 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggcgg < 1:208642/148‑1 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACggcggc > 2:370411/1‑149 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACggcggc > 3:132274/1‑149 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTG‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACTCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggcgg < 6:375754/148‑1 (MQ=255) gAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGAGTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGa > 5:267071/1‑149 (MQ=255) aC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGa < 1:222411/148‑1 (MQ=255) ttgCTGATCAGGCCGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggc > 1:13774/3‑143 (MQ=255) ttgCTGATCAGGCCGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggc < 2:13774/141‑1 (MQ=255) ttgCTGATCAGGCCGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGAt > 2:140848/3‑149 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGa > 7:24255/1‑149 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGa > 6:334966/1‑149 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGa > 2:291955/1‑149 (MQ=255) cTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGAc < 6:317407/149‑1 (MQ=255) tCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACtttt < 7:162377/149‑1 (MQ=255) ggCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTgg > 6:306790/1‑149 (MQ=255) ggCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTg < 5:334966/148‑1 (MQ=255) ggCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTg < 3:266549/148‑1 (MQ=255) | GTGCTGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGG > NC_002947/2350374‑2350669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |