| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,350,523 | C→G | 5.5% | G910G (GGC→GGG) ‡ | PP_2065 → | multidrug RND transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,350,523 | 0 | C | G | 5.5% | 355.3 / 8.3 | 109 | G910G (GGC→GGG) ‡ | PP_2065 | multidrug RND transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/53); new base G (2/4); total (52/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGCTGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGG > NC_002947/2350375‑2350669 | tGCTGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGc < 1:121961/149‑1 (MQ=255) tGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCt > 2:189899/1‑148 (MQ=255) gcggcgCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGAt > 6:24490/1‑149 (MQ=255) gcggcgCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACACTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGAt < 7:340521/149‑1 (MQ=255) cggcgCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATc < 6:20752/149‑1 (MQ=255) cgcAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTTACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCAGGCCGATCagc < 2:207511/149‑1 (MQ=255) gcAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCagc > 5:6119/1‑148 (MQ=255) gcAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCAGGCCGATCagcg < 5:35017/149‑2 (MQ=255) cAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCagcaa < 3:245190/149‑1 (MQ=255) aGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCagc > 8:196057/1‑146 (MQ=255) gTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTCCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCagcaag > 2:314648/1‑148 (MQ=255) cGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCAc < 1:189899/148‑1 (MQ=255) cGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACg < 7:196057/149‑1 (MQ=255) cGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACg > 5:58544/1‑149 (MQ=255) gAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACTTCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACgg < 6:152085/149‑1 (MQ=255) aaaGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACgg > 4:92327/1‑148 (MQ=255) gCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACg > 8:273516/1‑144 (MQ=255) gCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACg < 7:273516/144‑1 (MQ=255) 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ccGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CACCAACGAGATTCAGGTgcg > 7:169811/1‑149 (MQ=255) cGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTgcgc < 4:90836/149‑1 (MQ=255) gTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGAc > 6:23860/1‑148 (MQ=255) gATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑Acc > 3:106975/1‑149 (MQ=255) aTCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCGCGCTGAAGATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCt > 2:104186/1‑149 (MQ=255) 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8:207435/1‑116 (MQ=255) cacaGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGtt < 7:207435/116‑1 (MQ=255) acaGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCtga < 6:233539/149‑1 (MQ=255) gATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCtgatga > 1:349803/1‑149 (MQ=255) gATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCtgatga < 5:23860/149‑1 (MQ=255) aTTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGACTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGAc > 7:235102/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGTCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcgg > 6:336159/1‑149 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggcgg < 1:208642/148‑1 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACggcggc > 2:370411/1‑149 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACggcggc > 3:132274/1‑149 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTG‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACTCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggcgg < 6:375754/148‑1 (MQ=255) gAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGAGTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGa > 5:267071/1‑149 (MQ=255) aC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGa < 1:222411/148‑1 (MQ=255) ttgCTGATCAGGCCGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggc > 1:13774/3‑143 (MQ=255) ttgCTGATCAGGCCGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggc < 2:13774/141‑1 (MQ=255) ttgCTGATCAGGCCGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGAt > 2:140848/3‑149 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGa > 2:291955/1‑149 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGa > 7:24255/1‑149 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGa > 6:334966/1‑149 (MQ=255) cTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGAc < 6:317407/149‑1 (MQ=255) tCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACtttt < 7:162377/149‑1 (MQ=255) ggCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTgg > 6:306790/1‑149 (MQ=255) ggCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTg < 3:266549/148‑1 (MQ=255) ggCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTg < 5:334966/148‑1 (MQ=255) ccTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGAt > 3:44788/1‑138 (MQ=255) ccTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGAt < 4:44788/138‑1 (MQ=255) | TGCTGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGG > NC_002947/2350375‑2350669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |