| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,350,525 | T→C | 5.5% | L911P (CTG→CCG) | PP_2065 → | multidrug RND transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,350,525 | 0 | T | C | 5.5% | 330.0 / 6.4 | 111 | L911P (CTG→CCG) | PP_2065 | multidrug RND transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/54); new base C (2/4); total (52/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGGCGTG > NC_002947/2350378‑2350673 | tGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCt > 2:189899/1‑148 (MQ=255) gcggcgCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGAt > 6:24490/1‑149 (MQ=255) cggcgCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATc < 6:20752/149‑1 (MQ=255) ggcgCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGTCTATGGGATGGGCCACGATGTAGATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCa < 6:164478/149‑1 (MQ=255) cgcAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTTACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCAGGCCGATCagc < 2:207511/149‑1 (MQ=255) gcAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCagc > 5:6119/1‑148 (MQ=255) gcAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCAGGCCGATCagcg < 5:35017/149‑2 (MQ=255) gcAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTCGTGAC‑GCTGATCGGCCAGATCagc > 3:48514/1‑148 (MQ=255) 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cGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACg > 5:58544/1‑149 (MQ=255) cGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACg < 7:196057/149‑1 (MQ=255) gAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACTTCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACgg < 6:152085/149‑1 (MQ=255) gCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACg < 7:273516/144‑1 (MQ=255) gCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACg > 8:273516/1‑144 (MQ=255) 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ccTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGt > 1:108460/1‑149 (MQ=255) ccTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGt < 2:108460/149‑1 (MQ=255) ccTCATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTCCGATGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGt > 5:233539/1‑149 (MQ=255) aTCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑c < 3:128687/147‑1 (MQ=255) aTTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCaa < 1:314648/149‑1 (MQ=255) 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8:207435/1‑116 (MQ=255) cacaGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGtt < 7:207435/116‑1 (MQ=255) gATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCtgatga < 5:23860/149‑1 (MQ=255) gATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCtgatga > 1:349803/1‑149 (MQ=255) aTTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGACTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGAc > 7:235102/1‑149 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggcgg < 1:208642/148‑1 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACggcggc > 2:370411/1‑149 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACggcggc > 3:132274/1‑149 (MQ=255) gTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTG‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACTCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggcgg < 6:375754/148‑1 (MQ=255) gAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGAGTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGa > 5:267071/1‑149 (MQ=255) aC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGa < 1:222411/148‑1 (MQ=255) ttgCTGATCAGGCCGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggc > 1:13774/3‑143 (MQ=255) ttgCTGATCAGGCCGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCAcggc < 2:13774/141‑1 (MQ=255) ttgCTGATCAGGCCGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGAt > 2:140848/3‑149 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGTCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGa < 5:336159/149‑1 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGa > 2:291955/1‑149 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGa > 7:24255/1‑149 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGa > 6:334966/1‑149 (MQ=255) cTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGAc < 6:317407/149‑1 (MQ=255) aTCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACttt > 2:59243/1‑149 (MQ=255) ggCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTgg > 6:306790/1‑149 (MQ=255) ggCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTg < 5:334966/148‑1 (MQ=255) ggCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTg < 3:266549/148‑1 (MQ=255) ccTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGAt > 3:44788/1‑138 (MQ=255) ccTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGAt < 4:44788/138‑1 (MQ=255) tGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGGCGtg > 7:248102/1‑149 (MQ=255) | TGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGAC‑GCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTT‑CGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACA‑ACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGGCGTG > NC_002947/2350378‑2350673 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |