| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,416,554 | A→T | 5.4% | intergenic (+87/+28) | pdxB → / ← PP_2118 | erythronate‑4‑phosphate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,416,554 | 0 | A | T | 5.4% | 462.7 / 11.4 | 149 | intergenic (+87/+28) | pdxB/PP_2118 | erythronate‑4‑phosphate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/61); new base T (3/5); total (83/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ACGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCT‑TGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGC > NC_002947/2416409‑2416702 | aCGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAgc > 8:18106/1‑149 (MQ=255) cGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAgcg > 2:68125/1‑149 (MQ=255) cgccgtAGTTCGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTTGGGTGTTGGTCTAA‑TCACGCCTTGTCTAGACCTTGCAGGTAGGTGTGGATACCTGTTGGGGCCGCCAAGCCCACTTGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCTTGCGCCGGGttt < 5:241967/149‑2 (MQ=255) cgccgcAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCTTGCGCCGGGttt < 5:239007/149‑2 (MQ=255) gccgcAGTTGGCTCAGTTTGTCAGTGGCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAATCCACGCCTTGTCTTTTCCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTg < 1:305436/149‑1 (MQ=255) gccgcAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGc < 1:68125/149‑1 (MQ=255) ccgcAGTTGGCGCAGTTGTTCAGTGCCCTGGGGTGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCATTGTCTTGACCTTGCAGGTATGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCa < 3:60490/149‑1 (MQ=255) ccgcAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCa < 4:97361/149‑1 (MQ=255) cgcagttggcgcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTg > 4:119849/1‑146 (MQ=255) gcagttgtcgcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCaga < 8:273819/149‑1 (MQ=255) gcagttggcgcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCaga < 2:45093/149‑1 (MQ=255) gcagttggcgcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCaga < 3:123725/149‑1 (MQ=255) aactgcggcgcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCaga < 6:351150/143‑1 (MQ=255) agttggcgcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCTTGCGCCGGGtttttattg < 4:156008/149‑8 (MQ=255) gttggcgcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGaa < 7:146983/149‑1 (MQ=255) gttggcgcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGaa < 3:200324/149‑1 (MQ=255) gcagttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGc > 8:156857/1‑137 (MQ=255) agttggTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGa > 2:84836/1‑149 (MQ=255) 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aTAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCT‑TGCAGGCCTGCTGTATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATc < 8:108822/149‑1 (MQ=255) aTAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCT‑TGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCgg < 1:329582/114‑1 (MQ=255) aTAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCT‑TGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCgg > 2:329582/1‑114 (MQ=255) aTAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCT‑TGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATc < 8:114204/149‑1 (MQ=255) aTAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCT‑TGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATc > 1:184599/1‑149 (MQ=255) aaaaaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCT‑TGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCg > 3:82908/1‑148 (MQ=255) 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2:302857/140‑1 (MQ=255) | ACGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAA‑GCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCT‑TGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGC > NC_002947/2416409‑2416702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |