| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,498,216 | C→T | 10.7% | H39H (CAC→CAT) ‡ | PP_2193 → | ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,498,216 | 0 | C | T | 10.7% | 328.6 / 22.7 | 121 | H39H (CAC→CAT) ‡ | PP_2193 | ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/50); new base T (4/9); total (62/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.35e-02 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGTCGCCG > NC_002947/2498072‑2498364 | aTCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCGTGCA‑ggg < 2:88416/149‑1 (MQ=255) aTCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑ggg > 4:224615/1‑149 (MQ=255) aTCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑g < 5:304972/147‑1 (MQ=255) aTCAGCAACCCATTCTCATATACGACTTGTGAGGAAGCTCATTCCTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑gg < 4:191338/148‑1 (MQ=255) tCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑gggg > 7:72883/1‑149 (MQ=255) tCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑ggg < 3:223332/148‑1 (MQ=255) aGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGc < 4:368695/148‑1 (MQ=255) aGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGG‑CCCCTGCGTGCA‑gggggcc < 4:285266/149‑4 (MQ=255) cAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGG‑CCCCTGCGTGCA‑gggggccga < 6:66177/149‑6 (MQ=255) cAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTCCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCcgc < 1:263824/149‑1 (MQ=255) aaCCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGG‑CCCCTGCGTGCA‑gggggccgag < 5:300007/149‑7 (MQ=255) aCCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGa > 4:244054/1‑149 (MQ=255) aTTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGc > 5:46658/1‑149 (MQ=255) aTTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCAAGCCTTGATGTATTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGCCGGc > 5:62541/1‑149 (MQ=255) ttCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCt < 1:248935/149‑1 (MQ=255) tctcATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTg > 7:224795/1‑149 (MQ=255) aTTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGc < 3:224615/146‑1 (MQ=255) tttACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGaa > 6:115557/1‑149 (MQ=255) 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gCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGGTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCGCGGCCCCCTGCACGCC‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGACCAGACCCCGCTGCCGGcc > 8:332439/1‑149 (MQ=255) acTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGG‑CCCCTGCGTGCA‑gggggc < 8:253480/114‑3 (MQ=255) tCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCg > 3:55091/1‑149 (MQ=255) cATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGc > 4:213900/1‑149 (MQ=255) aTTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAg < 3:119508/136‑1 (MQ=255) aTTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAg > 4:119508/1‑136 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ttGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGccc > 4:234062/1‑148 (MQ=255) ttGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGccc > 5:113256/1‑148 (MQ=255) gccgTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTg < 6:46658/149‑1 (MQ=255) cggTCGGGGTTCTTTTCACCATGGGTTGATGTCTTGCAGTGGCGTGGGCCTGTTGGTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCGAACCGCTgg < 4:55091/147‑1 (MQ=255) ccgTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTgg < 5:363673/149‑1 (MQ=255) 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cTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTa > 5:85668/1‑149 (MQ=255) cTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTa > 2:271144/1‑149 (MQ=255) cTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTa < 4:266748/149‑1 (MQ=255) tGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTac > 4:7891/1‑149 (MQ=255) ttGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTaca < 2:39931/148‑1 (MQ=255) gCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTAcacca > 7:112256/1‑149 (MQ=255) cTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGTACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTAcaccac < 6:207250/149‑1 (MQ=255) tCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCAc < 8:176374/134‑1 (MQ=255) tCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCAc > 7:176374/1‑134 (MQ=255) tCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTAcacca > 6:94518/1‑147 (MQ=255) ggCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACcaca < 1:104337/147‑1 (MQ=255) ggCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACcaca < 5:199167/147‑1 (MQ=255) cggccccTGCGTGCAGGGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTc > 7:279836/4‑112 (MQ=255) cggccccTGCGTGCAGGGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAg > 2:361067/4‑149 (MQ=255) cggccccTGCGTGCAGGGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAg > 6:170026/4‑149 (MQ=255) ggccccTGCGTGCAGGGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAgg > 5:353918/3‑149 (MQ=255) gCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGAccc > 2:135430/1‑42 (MQ=255) gCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGAccc < 1:135430/42‑1 (MQ=255) gccccTGCGTGCAGGGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGc < 5:170026/148‑1 (MQ=255) ccccTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACt > 2:319099/1‑105 (MQ=255) cccTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGAt < 7:332439/149‑1 (MQ=255) cccTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGAt < 6:113256/149‑1 (MQ=255) cTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGt > 7:5144/1‑149 (MQ=255) cTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGt < 7:80885/149‑1 (MQ=255) cACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGTc < 8:5144/147‑1 (MQ=255) cACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGTCGc > 3:149936/1‑149 (MQ=255) cGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGTCGCCg < 3:218113/149‑1 (MQ=255) | TGATCAGCAACCCATTCTCATTTACGACTTGTCAGGAAGCTCATTCGTGCCTCTGATGCTCAAGCCCTTGCACCGCCGTCGCGGTTCTTTTCACCATGCCTTGATGTCTTGCAGTGCCGTGGCCCTGTTGCTCGGCCCCCTGCACGCA‑GGGGCCGCGACGGCTGCCGAACAGACCCAGATGCAGGCCCGCCAGGTCCAGCTCGACCTGCCAGCCCAACCGCTGGACCAGGCGCTGACCACTTTCGCCGACCAGGCCGGCCTGCACCTGCTGTACACCACAGGCGATGTCGCCG > NC_002947/2498072‑2498364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |