| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,509,062 | G→C | 5.1% | A18G (GCC→GGC) | PP_2203 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,509,062 | 0 | G | C | 5.1% | 393.1 / 5.7 | 116 | A18G (GCC→GGC) | PP_2203 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/60); new base C (2/4); total (52/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGTCTTCTCGGGCCTGGTTGGCACGCGA > NC_002947/2508914‑2509209 | agcaaCGCCTCGGCGTGGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTggg > 1:56558/5‑149 (MQ=255) ccACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCTTTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGGAGCCGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGc > 8:104455/1‑148 (MQ=255) ccACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGcc < 3:134805/149‑1 (MQ=255) cGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGCCGGCCTGGGCCAgg < 4:48977/149‑1 (MQ=255) gAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGTCGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGAAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGCCCAGGCCgc < 2:353329/149‑2 (MQ=255) gAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGCCCAGGCCgc < 1:247118/149‑2 (MQ=255) gAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGCCCAGGCCgc < 1:241842/149‑2 (MQ=255) aGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGt < 7:296678/149‑1 (MQ=255) 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tCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGAAGGCTCa > 7:62982/1‑147 (MQ=255) aTGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCAGTGACGGCCAGCAGGCTCAgg < 2:288965/147‑1 (MQ=255) aTGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGAAGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCTATTCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATTGTCTCGGCGGCCTTGGCCAGTCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAgg < 4:225360/147‑1 (MQ=255) gCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGTCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAgg > 2:35135/1‑149 (MQ=255) gCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTcagcag < 4:40811/148‑1 (MQ=255) gCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAgg < 1:333837/149‑1 (MQ=255) cTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGgt < 1:341520/149‑1 (MQ=255) gACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGgt < 4:30919/146‑1 (MQ=255) aCGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGttt < 7:200053/149‑1 (MQ=255) aCGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGttt < 4:329161/149‑1 (MQ=255) gTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGAc > 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(MQ=255) gggTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCtt > 8:311412/1‑104 (MQ=255) gggTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCtt < 7:311412/104‑1 (MQ=255) gggTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGcc > 7:84927/1‑145 (MQ=255) gggTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGa < 5:18547/149‑1 (MQ=255) ggTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGTCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGAt < 1:35135/149‑1 (MQ=255) gTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGCCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATc > 8:109441/1‑149 (MQ=255) tCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGttt > 3:64756/1‑77 (MQ=255) tCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGttt < 4:64756/77‑1 (MQ=255) gcgGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTc < 2:156044/149‑1 (MQ=255) cgGTAGCCGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCg < 8:245525/149‑1 (MQ=255) ggTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCgca < 7:82609/78‑1 (MQ=255) gACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGtc > 1:133906/1‑149 (MQ=255) aCGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGtct < 6:321152/149‑1 (MQ=255) aCGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGtct < 6:326798/149‑1 (MQ=255) gTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGtcttc > 2:159566/1‑149 (MQ=255) gTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGTCTTCTCGGGc < 6:136802/148‑1 (MQ=255) tctcGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGTCTTCTCGGGCCt > 7:69475/1‑149 (MQ=255) cgtcaccggcCTGGCCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGTCTTCTCGGGCCt > 3:267009/7‑149 (MQ=255) ctcGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTCTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCTGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGTCTTCTCGGGCCTg > 5:300758/1‑149 (MQ=255) ggcggcCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGTCTTCTCGGGCCTGGtt < 5:213440/149‑1 (MQ=255) gcggcCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGTCTTCTCGGGCCTGGTTg < 3:286645/149‑1 (MQ=255) ccgcccTGGCCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGATTGCGCAGAATGGTGAAGCACTCCTTAAAAAACGCAGGCGGAAACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGCTCGTCGCCGTCTTCTAGGGCCTGGTTg > 8:185665/5‑149 (MQ=255) ccTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGTCTTCTCGGGCCTGGTTGGCAc > 4:126107/1‑149 (MQ=255) ggCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGTCTTCTCGGGCCTGGTTGGCACGCGa < 8:269320/149‑1 (MQ=255) | CGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTCACGCAGGTGGCTGATCCAGGCCTTGCAGCAGCCGCAGTTGGGGTCGCGGTAGACGTCGATGGTCTCGGCGGCCTGGGCCAGGCCGGTGACGGCCAGCAGGCTCAGGGTCAGCAGGTGTTTGCGCAGCATGGTGAAGCACTCCTTTAAAAACGCAGGCGGATACCGGCGACCAGGCGGGTCTGGCCCAGATCTTCGCCGTCTTCTCGGGCCTGGTTGGCACGCGA > NC_002947/2508914‑2509209 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |