Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,675,424 | G→A | 11.7% | A237A (GCC→GCT) | PP_2344 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,675,424 | 0 | G | A | 11.7% | 87.2 / 2.8 | 34 | A237A (GCC→GCT) | PP_2344 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/14); new base A (2/2); total (18/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGGTGGCATCGCCCTTGCGCCAGGGCAGGGCCTTGTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTGAGGGGAAGTCGGTCAGCGTGTCGAGCGGAGGCGCGGCGCGC > NC_002947/2675276‑2675571 | gggTGGCATCGCCCTTGCGCCAGGGCAGGGCCTTGTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTgccg < 3:250727/149‑1 (MQ=255) cATCGCCCTTGCGCCAGGGCAGGGCCTTGTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTgccggcgccg < 6:227180/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGGGCAGGGCCTTGTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGTGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGa > 8:238077/1‑149 (MQ=255) gcCAGGGCAGGGCCTTGTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGAt < 1:17261/148‑1 (MQ=255) gcCAGGGCAGGGCCTTGTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGAt > 2:17261/1‑148 (MQ=255) gcCAGGGCAGGGCCTTGTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATg > 3:134895/1‑149 (MQ=255) gcCAGGGCAGGGCCTTGTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATg > 6:230943/1‑149 (MQ=255) gcagggcCTTGTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGTGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTc < 7:238077/149‑1 (MQ=255) gTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTgccggcgc > 4:102060/1‑119 (MQ=255) gTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTgccggcgc < 3:102060/119‑1 (MQ=255) gAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGa < 4:294282/149‑1 (MQ=255) ccAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCa > 1:276242/1‑149 (MQ=255) gCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCggg > 6:43442/1‑120 (MQ=255) gCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCggg < 5:43442/120‑1 (MQ=255) caccTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCCGGTCGTCGCCGCGATAGCGCAGGTCGAGGTGAGAGTCGAGCAGGCCGCCGGCGCGGTAGGTGCCAGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTCTCGAcc > 5:172601/1‑149 (MQ=255) caccTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCAGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGAcc > 5:177970/1‑149 (MQ=255) gTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGGTAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACg < 2:282880/114‑1 (MQ=255) gTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGGTAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACg > 1:282880/1‑114 (MQ=255) gTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAg > 1:254034/1‑149 (MQ=255) gTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAggg > 6:356242/1‑149 (MQ=255) ggggACAGCACCAGGTCGGGGCCGCGATAGGGCAGGGCGAGGGGATAGGCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCAGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCAGGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTg < 6:172601/149‑1 (MQ=255) gggTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCAGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTg < 6:177970/149‑1 (MQ=255) aCCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGAAGTCTTTCACGCCCGGCATGAGCATCGGTAACGACCAGGAAGCGAGCAGTGCGTGGCGCAggat > 7:135432/1‑147 (MQ=255) tcgCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTc < 5:356242/149‑1 (MQ=255) gccgcGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAgg < 6:90203/124‑1 (MQ=255) gccgcGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAgg > 5:90203/1‑124 (MQ=255) gccgcGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTcc < 2:254034/148‑1 (MQ=255) gccgcGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTc > 4:7379/1‑147 (MQ=255) gTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTg > 8:309009/1‑149 (MQ=255) tCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAg < 3:251634/100‑1 (MQ=255) tCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAg < 3:104686/100‑1 (MQ=255) tCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAg > 4:104686/1‑100 (MQ=255) tCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAg > 4:251634/1‑100 (MQ=255) gAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTGAgg > 2:266804/1‑149 (MQ=255) gAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTGAgg < 4:134895/149‑1 (MQ=255) aGCAGGCCGCCGTCGCTGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTTGCGCAGGTTGGTCAAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTGAGGGGAAGTCGGTCAg < 3:70664/149‑1 (MQ=255) gCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTGAGGGGAAGTCGGTCAGc < 5:230943/149‑1 (MQ=255) ccgTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCTAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTGAGGGGAAGTCGGTCAGCGTGTCGAg < 1:266804/149‑1 (MQ=255) atccccggtgccggcGCCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTGAgg < 3:47339/112‑1 (MQ=255) atccccggtgccggcGCCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTGAgg > 4:47339/5‑116 (MQ=255) ccggcgccggcACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTGAGGGGAAGTCGGTCAGCGTGTCGAGCGGAGgcgcggcgcg < 7:309009/149‑1 (MQ=255) cggcgccggcACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTGAGGGGAAGTCGGTCAGCGTGTCGAGCGGAGGCGCGgcgcgc < 2:276242/149‑1 (MQ=255) | GGGTGGCATCGCCCTTGCGCCAGGGCAGGGCCTTGTCGAACCAGCCGGGTACCACCTTGTCGGTGAAGTGCGGGTACAGCACCAGGTCGTCGCCGCGATAGGGCAGGTCGAGGTGATAGTCGAGCAGGCCGCCGTCGCGGTAGGTGCCGGCGCCGGCACCGGGGATGTCTTTCACGCCCTGCATGACCATCGGTATCGACCCGGAAGCGAGCAGGGCGTGGCGCAGGTTGGTCAAGTCCAGCGGCAGGTAGCGTGAGGGGAAGTCGGTCAGCGTGTCGAGCGGAGGCGCGGCGCGC > NC_002947/2675276‑2675571 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |