Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,793,755 | A→C | 18.6% | intergenic (+64/+63) | PP_2445 → / ← PP_2446 | membrane protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,793,755 | 0 | A | C | 18.6% | 99.4 / 17.1 | 43 | intergenic (+64/+63) | PP_2445/PP_2446 | membrane protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/20); new base C (2/6); total (17/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 |
CCATGGCGTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCATGACGCC > NC_002947/2793609‑2793903 | ccATGGCGTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACt < 2:149500/149‑1 (MQ=255) cATGGCGTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTg > 4:263339/1‑149 (MQ=255) aTGGCGTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTgg < 5:220471/149‑1 (MQ=255) ttCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAAcgc < 1:193185/149‑1 (MQ=255) tcGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTgg > 1:137660/1‑140 (MQ=255) tcGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTgg < 2:137660/140‑1 (MQ=255) cGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGaa > 2:5710/1‑148 (MQ=255) gACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGaa < 6:53807/147‑1 (MQ=255) gACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGaa < 3:970/147‑1 (MQ=255) gACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGa < 3:123656/146‑1 (MQ=255) gACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATa < 2:88726/149‑1 (MQ=255) gACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CGCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGa < 4:221215/146‑1 (MQ=255) gACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGGTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCCTCTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTTGCCAGTGCCACGCGAAt < 1:97210/149‑1 (MQ=37) aCGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATAc < 1:5710/149‑1 (MQ=255) ggCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTTGCCAGTGCCACGCGAATACCt < 6:268431/149‑1 (MQ=38) ggCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTTGCCAGTGCCACGCGAATACCt > 5:268431/1‑149 (MQ=38) ggCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTTGCCAGTGCCACGCGAATACCt < 4:103411/149‑1 (MQ=38) ggCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTTGCCAGTGCCACGCGAATACCt < 4:124530/149‑1 (MQ=38) ggCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCt < 5:308621/149‑1 (MQ=255) gCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCtg < 3:263339/149‑1 (MQ=255) cgtCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCtgtg < 7:355821/147‑1 (MQ=255) tCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTGCTGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTTAAGGTTTATTTAAAAAGCCTGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTTGCCAGTGCCACGCGAATACCtgt < 1:114882/148‑1 (MQ=21) tCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCtgtg < 1:245460/147‑1 (MQ=255) gAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTg > 4:226831/1‑127 (MQ=255) gAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTg < 3:226831/127‑1 (MQ=255) tCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAAcgc > 2:83324/1‑127 (MQ=255) tCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAAcgc < 1:83324/127‑1 (MQ=255) gCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTg > 8:172484/1‑149 (MQ=255) cGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCgg < 7:172484/149‑1 (MQ=255) tGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTgg > 5:119571/1‑149 (MQ=255) cacaGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGc < 6:119571/148‑1 (MQ=255) acaGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAg > 3:188703/1‑149 (MQ=255) aGGTATTCGCGTTGCCAGTGCCACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGc > 8:352515/1‑139 (MQ=37) aGGTATTCGCGTTGCCAGTGCCACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGc < 7:352515/139‑1 (MQ=37) aGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAggt > 7:106178/1‑149 (MQ=255) aGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAggt > 2:321035/1‑149 (MQ=255) aGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAAAACCTCTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAggt > 2:253238/1‑149 (MQ=255) gTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAggtgg > 6:368453/1‑149 (MQ=255) ttCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGt < 6:256746/137‑1 (MQ=255) ttCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGt > 5:256746/1‑137 (MQ=255) ttCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGgtgt < 8:106178/149‑1 (MQ=255) ttCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGgtgt > 4:96813/1‑149 (MQ=255) cgcgTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGtgtg > 6:85908/1‑148 (MQ=255) aCTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCATGAcgcc > 6:3205/1‑149 (MQ=255) | CCATGGCGTTCTCGACGGCTATCGAGGTCCTCAACATCCTGGCCCGTCGAGCGCGTTTGAAGCGTGAGGCGGCTGAAGGTTGATGTAAAAAG‑‑GGGCGCCTCGCGCCC‑CTCTTGCGGACAAGCCCGCTGCACAGGTATTCGCGTGGCACTGGCAACGCGAATACCTGTGCAGCGGGCTTGTCAGTCAGTGGGCTTCGGGAAATCCTGAGGTTAGCTCACCCCGGCATGCCGCCGGGGCCGTCTTACTGGCTGTGGCTTGGCGGGTGCCTGCGGTGGCAGGTGGTGTGCATGACGCC > NC_002947/2793609‑2793903 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |