Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,802,993 | G→T | 10.9% | K459N (AAG→AAT) ‡ | rbsA‑I → | ribose ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,802,993 | 0 | G | T | 10.9% | 131.5 / 7.4 | 46 | K459N (AAG→AAT) ‡ | rbsA‑I | ribose ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/18); new base T (3/2); total (26/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 |
GCGGTAACCAGCAGAAGGTGGTGATCGGCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCG > NC_002947/2802848‑2803135 | gCGGTAACCAGCAGAAGGTGGTGATCGGCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCcaaggcaag < 4:115324/146‑1 (MQ=255) aCCAGCAGAAGGTGGTGATCGGCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTtggt < 7:196640/148‑1 (MQ=255) cagcagAAGGTGGTGATCGGCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTtggtggt > 6:155846/1‑149 (MQ=255) cagcagAAGGTGGTGATCGGCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTtggtggt > 2:270086/1‑149 (MQ=255) aaGGTGGTGAGCGTCGGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACGCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTTTGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGTCCTTGGTGGTGgtgt < 2:196920/148‑1 (MQ=255) tggtgATCGGCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGt < 7:47229/149‑1 (MQ=255) gtgATCGGCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTg < 5:75704/148‑1 (MQ=255) gtgATCGGCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGa > 3:301546/1‑149 (MQ=255) gtgATCGGCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCACCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGa > 7:80684/1‑149 (MQ=255) cGGCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTgc > 4:194022/1‑149 (MQ=255) ggCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCACCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTgcg < 8:80684/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCCTTGCCTtggcg < 3:290425/128‑3 (MQ=255) ctggAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGAt < 3:194022/149‑1 (MQ=255) gAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCTCGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCt < 4:114450/149‑1 (MQ=255) gcgcGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTtg > 3:256948/1‑112 (MQ=255) gcgcGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTtg < 4:256948/112‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGCTGTTCGACGAAACCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCg > 2:284248/1‑149 (MQ=255) ctgTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGcc < 5:221021/147‑1 (MQ=255) gacgaACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGcagg > 1:316708/1‑145 (MQ=255) gacgaACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTc > 3:15221/1‑149 (MQ=255) acgaACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTcc > 5:191706/1‑149 (MQ=255) aCGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTGCCTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGgcc > 1:263175/1‑149 (MQ=255) aCGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGgccg > 2:79200/1‑149 (MQ=255) aCGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGgccg > 8:267993/1‑149 (MQ=255) gCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGTCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGAt < 4:301546/148‑1 (MQ=255) gCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGAt < 1:270086/148‑1 (MQ=255) gCATCGATGGGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATc < 7:267993/149‑1 (MQ=255) aTCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGa > 2:80637/1‑149 (MQ=255) aaGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGa > 8:295209/1‑149 (MQ=255) ttCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGgccgcc < 8:338166/124‑1 (MQ=255) ttCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGgccgcc > 7:338166/1‑124 (MQ=255) gACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTg > 1:214414/1‑149 (MQ=255) cATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACGGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGGCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGa < 1:284248/149‑1 (MQ=255) aTTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAg > 7:355184/1‑149 (MQ=255) tttATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGc < 8:355184/149‑1 (MQ=255) g‑ctgGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGt > 7:303897/1‑149 (MQ=255) ccGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGttgctt < 5:155846/149‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTgcc > 6:132312/1‑149 (MQ=255) tGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCa > 1:25833/1‑130 (MQ=255) tGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCa < 2:25833/130‑1 (MQ=255) gcgcgcCAAGGCAAGGCCTTGGTGCTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCAGATCTACACCATCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTAgccgccgc > 1:290689/1‑149 (MQ=255) caccAAGGCCTTGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGttgctt > 4:7421/3‑138 (MQ=255) caccAAGGCCTTGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGttgctt < 3:7421/136‑1 (MQ=255) caccAAGGCCTTGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCtt > 2:355320/3‑149 (MQ=255) gcCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCAtt > 6:141404/1‑117 (MQ=255) gcCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCAtt < 5:141404/117‑1 (MQ=255) accAAGGCCTTGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGCTCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCATGCCGCCGCCGTc > 7:14164/2‑149 (MQ=255) caaggcaaggCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGCCACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGc > 8:83546/1‑149 (MQ=255) aggcaaggcCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCAGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCg > 6:220614/1‑149 (MQ=255) | GCGGTAACCAGCAGAAGGTGGTGATCGGCCGCTGGCTGGAGCGCGATTGCCAGGTGCTGCTGTTCGACGAACCCACGCGTGGCATCGATGTGGGCGCCAAGTTCGACATTTATGGCCTG‑CTGGCCGAGCTGGCGCGCCAAGGCAAGGCCTTGGTGGTGGTGTCCAGTGACCTGCGCGAACTGATGCTGATTTGCGACCGCATCGCCGTGCTGTCCGCTGGCCGCCTGATCGACACCTTCGCGCGTGATCATTGGAGCCAGGACCAGTTGCTTGCCGCCGCCTTCGCCG > NC_002947/2802848‑2803135 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |