| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,215,672 | C→G | 5.4% | L529L (CTC→CTG) | mexD → | multidrug RND transporter MexD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,215,672 | 0 | C | G | 5.4% | 285.7 / 3.8 | 87 | L529L (CTC→CTG) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/43); new base G (2/3); total (41/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCTCCGGCTTCCTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTGCGCTTGCCGGAGGCCTTCGTGCCGGCCGAGGACCTTGGCTATAGCGTCGTGGATGTGCAGTTGCCA > NC_002947/3215526‑3215819 | ttCTCCGGCTTCCTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCaa > 6:363975/1‑149 (MQ=255) ctcCGGCTTCCTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCaa > 3:30035/1‑147 (MQ=255) tcCGGCTTCCTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAg > 5:276213/1‑149 (MQ=255) gCTTCCTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGaa < 8:222525/149‑1 (MQ=255) gCTTCCTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGaa < 3:349427/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGTTGAGCAGCGaata < 2:161471/147‑3 (MQ=255) ccTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACtgg > 6:366397/1‑149 (MQ=255) cTGGCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCGGCTCAACAGCGAACtggt < 6:266863/149‑1 (MQ=255) gCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACtggtgg > 7:318120/1‑148 (MQ=255) gCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACtggtgg > 4:266751/1‑148 (MQ=255) gCCCTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGc < 5:366397/149‑1 (MQ=255) cccTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACtggt < 4:267868/145‑1 (MQ=255) cccTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTAGCTGCTCAACAGCGAACtggt > 3:267868/1‑145 (MQ=255) ccTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCAc > 6:52995/1‑149 (MQ=255) ccTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCAc < 7:289973/149‑1 (MQ=255) ccTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCAc < 4:30035/149‑1 (MQ=255) cTGACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACg > 4:353494/1‑149 (MQ=255) gACCTTCACCCCGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTg > 7:4846/1‑149 (MQ=255) ccccGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGc > 8:16147/1‑149 (MQ=255) cccGGCGCTGTGCGCCTCGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCt < 1:321466/149‑1 (MQ=255) cGGCGCTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTg > 2:173865/1‑148 (MQ=255) cTGTGCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCt > 1:17866/1‑149 (MQ=255) tgCGCCACGCTGCTCAAGCTGGTGCGTCATGGCCTACATGTTAATGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCTACCGTGGCTTCGCCCGTGTCAGAGAATGCTATTCGCTGCTGAACAGCGAACTTGTGGGACGAGCCGTCCGCTGGATGCTGGc < 8:154457/149‑1 (MQ=255) tgCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTg < 8:4846/147‑1 (MQ=255) tgCGCCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGc < 6:281189/149‑1 (MQ=255) cgcCACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGt < 8:318120/149‑1 (MQ=255) cACGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTAtg > 5:294241/1‑149 (MQ=255) aCGCTGCTCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTAtgt < 2:161408/149‑1 (MQ=255) gctgctCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGt > 7:131375/1‑143 (MQ=255) gctgctCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGt < 8:131375/143‑1 (MQ=255) gctgctCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTgg < 3:266751/149‑1 (MQ=255) gctgctCAAGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTgg < 2:143250/149‑1 (MQ=255) aaGCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCt > 4:215371/1‑149 (MQ=255) gCCGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCtgg < 4:275678/149‑1 (MQ=255) ccGGTGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCtggt < 5:201921/149‑1 (MQ=255) tGCCCCATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGgtggtg < 3:353494/149‑1 (MQ=255) cccATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTg < 5:328537/149‑1 (MQ=255) cccATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTg < 5:52995/149‑1 (MQ=255) ccATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTgg > 6:8623/1‑149 (MQ=255) ccATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTgg < 6:294241/149‑1 (MQ=255) ccATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTgg > 3:221468/1‑149 (MQ=255) cttGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTggg > 3:288491/3‑149 (MQ=255) cATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCtggtg > 6:286/1‑141 (MQ=255) cATGGCCACCATGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCtggtg < 5:286/141‑1 (MQ=255) caccaTGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTg > 2:2518/1‑114 (MQ=255) caccaTGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTg < 1:2518/114‑1 (MQ=255) caTGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGACTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTa > 1:251854/1‑149 (MQ=255) aTGAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACAGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGAATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTAc > 7:327733/1‑149 (MQ=255) gAAAAGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGACGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCt > 7:327081/1‑149 (MQ=255) aaaaGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTg > 8:280545/1‑149 (MQ=255) aaaGGCCGGTTTCTTCGGCGCCTTCAACCGTGGCTTCGCCCGTGTCACCGAACGCTATTCGCTGCTCAACAGCGAACTGGTGGCACGTGCCGGCCGCTGGATGCTGGCGTATGTGGGCATCCTGGTGGTGCTGGGCTATTCCTACCTgc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |