Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,549,921 | A→T | 6.3% | H418L (CAC→CTC) ‡ | PP_3133 → | oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,549,921 | 0 | A | T | 6.3% | 193.5 / 3.0 | 63 | H418L (CAC→CTC) ‡ | PP_3133 | oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/29); new base T (2/2); total (32/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
TGCTTAGCGCCGAAGACCGGCACACCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAGGGCGGCGCCTCCAACCCGACCATGCCGCTGT > NC_002947/3549774‑3550064 | tGCTTAGCGCCGAAGACCGGCACACCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATca > 2:366848/1‑148 (MQ=255) tAGCGCCGAAGACCGGCACACCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATgg > 1:114400/1‑149 (MQ=255) gcgcCGAAGACCGGCACACCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGc < 2:127640/149‑1 (MQ=255) ccGAAGACCGGCACACCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGcac > 6:59560/1‑148 (MQ=255) cGGCACCCCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGATCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCCCTGCGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACAAAGCGCAt > 5:308758/1‑149 (MQ=255) cGGCACACCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCCCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCAt > 3:97357/1‑149 (MQ=255) acacCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGgcc > 5:219704/1‑149 (MQ=255) acCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGca < 4:305087/133‑1 (MQ=255) acCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGca > 3:305087/1‑133 (MQ=255) acCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGgccgc > 3:75656/1‑149 (MQ=255) tGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCa < 5:59560/149‑1 (MQ=255) ggCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCg < 2:60365/148‑1 (MQ=255) gCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGgt < 3:309520/149‑1 (MQ=255) aaCTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTc > 8:83170/1‑149 (MQ=255) ccAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGcc < 1:366848/149‑1 (MQ=255) ctaGCAGTTAGCCGACCTGGACCTTGGGTTCGTCAAGCTCAACGAGTTCGTTTTCGAAACCT‑CTATACCTCTGAGAATGGCACCCGATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCGGCCTCGCCGCAGTTCTGTGTgg < 4:324002/138‑1 (MQ=255) cAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATGTGATGGGcatggg < 6:48046/108‑5 (MQ=255) cAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATGTGATGGGcatggg > 5:48046/1‑104 (MQ=255) cAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGcc > 5:1832/1‑148 (MQ=255) cAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACAGCTGAGAATGGAACCCCATGCCCATCACAAGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGAGTgg > 3:324002/1‑140 (MQ=255) cAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTg < 2:114400/149‑1 (MQ=255) gTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGc > 2:165190/1‑148 (MQ=255) cGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAg < 5:19055/148‑1 (MQ=255) aCATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTc < 6:1832/149‑1 (MQ=255) ccTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAg > 3:181238/1‑136 (MQ=255) ccTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAg < 4:181238/136‑1 (MQ=255) ttCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCt < 7:83170/149‑1 (MQ=255) cGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTTTTCGGTACCGAACACCtt < 3:370186/148‑2 (MQ=255) cGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTg < 3:281078/148‑1 (MQ=255) gTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGt < 6:219704/148‑1 (MQ=255) gTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTa < 6:87100/149‑1 (MQ=255) aaGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCTGCGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCAAATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAACCCTGTATg > 1:210679/1‑149 (MQ=255) tCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGcc > 6:290069/1‑149 (MQ=255) aaCGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTcgc > 7:14964/1‑85 (MQ=255) aaCGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTcgc < 8:14964/85‑1 (MQ=255) aaCGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCaa < 7:251791/116‑1 (MQ=255) aaCGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCaa > 8:251791/1‑116 (MQ=255) tttCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGgcagca < 4:75656/149‑1 (MQ=255) ttagTTTACGACACCT‑CGATTCCTCTGAGTATGGCACCCCATGCCCATCAGATGGGCACCACGCGCATGTCCGCCTCGACTCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCTAGTTGTTCGTTACCGAAAACCTGTATGTCGGCGgcagca < 2:312663/145‑1 (MQ=255) gTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCAt > 5:79064/1‑149 (MQ=255) ccacacCT‑CGATACGGCTGAGAATGGCACCCGATGCCCATGACCTCGGCTCGACGCGCATGGCCGCCTGGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCCAGGTGTTCGGTACCGAAAAGCTGTATGTCGCCGGCAGCTGCAttttt < 4:97357/146‑1 (MQ=255) gACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGc > 4:200541/1‑149 (MQ=255) acCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGtt > 4:235350/1‑104 (MQ=255) acCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGtt < 3:235350/104‑1 (MQ=255) ccT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGt < 5:378734/120‑1 (MQ=255) ccT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGt > 6:378734/1‑120 (MQ=255) cT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAgg > 6:160667/1‑149 (MQ=255) cT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAgg > 2:173273/1‑149 (MQ=255) gATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTGGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCAttttt < 7:122165/139‑1 (MQ=255) gATACCGCTGAGAATGGCACCCCATCCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTAGGTACCGAAAACCTGTATGTCTCCGCCAGCAGCAttttt > 8:122165/1‑139 (MQ=255) cGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAGGGCGGCGcc > 2:78683/1‑149 (MQ=255) gCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGt < 3:70492/110‑1 (MQ=255) gCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGt > 4:70492/1‑110 (MQ=255) gCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAGggcg < 5:63747/143‑1 (MQ=255) gCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAGggcg > 6:63747/1‑143 (MQ=255) cTGAGAATGGCACCACATGCCCATCACATGGGCACCACGCTCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGAGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTATTGCCAAGGGCGGCGCCTc > 5:323176/1‑149 (MQ=255) gCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAGGGCGGCGCCTCCAACCCGAc > 5:160718/1‑149 (MQ=255) ggtGCCCATGTGATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAgg > 4:269029/3‑124 (MQ=255) ggtGCCCATGTGATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAgg < 3:269029/122‑1 (MQ=255) ccATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAGGGCGGCGCCTCCAACCCGACCATGCCGCTGt > 1:265781/1‑149 (MQ=255) ccATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAGGGCGGCGCCTCCAACCCGACCATGCCGCTGt < 1:165190/149‑1 (MQ=255) ccATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAGGGCGGCGCCTCCAACCCGACCATGCCGCTGt < 2:210679/149‑1 (MQ=255) cATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAGGGCGgcgc < 2:117506/125‑1 (MQ=255) cATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAGGGCGgcgc > 1:117506/1‑125 (MQ=255) | TGCTTAGCGCCGAAGACCGGCACACCATCAAGTGCATTGGCAGCGAACTGGCCAAGCAGTTCGCCGACATGGACCTGGGGTTCGTCAAGCTCAACGATTTCGTTTACGACACCT‑CGATACCGCTGAGAATGGCACCCCATGCCCATCACATGGGCACCACGCGCATGGCCGCCTCGCCGCAGTTCGGTGTGGTCGATGCCAATTGCAAGGTGTTCGGTACCGAAAACCTGTATGTCGCCGGCAGCAGCATTTTTGCCAAGGGCGGCGCCTCCAACCCGACCATGCCGCTGT > NC_002947/3549774‑3550064 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |