| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,579,070 | T→A | 7.5% | F142I (TTT→ATT) ‡ | PP_5589 → | rhs repeat‑associated core domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,579,070 | 0 | T | A | 7.5% | 202.7 / 3.1 | 66 | F142I (TTT→ATT) ‡ | PP_5589 | rhs repeat‑associated core domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/32); new base A (3/2); total (32/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAGATACCGCCGCAGGATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGCTGAACGTGAAA > NC_002947/3578922‑3579217 | aaaGATACCGCCGCAGGATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGAtt > 6:22547/1‑149 (MQ=255)aaaGATACCGCCGCAGGATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGAtt > 4:49295/1‑149 (MQ=255)aaaGATACCGCCGCAGGATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGAtt > 2:123591/1‑149 (MQ=255) aCCGCCGCAGGATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATc 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(MQ=255) ccTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGgtggtg > 4:320238/1‑145 (MQ=255) cTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGTGGGTGGTGTAgat < 5:22547/149‑1 (MQ=255) ttttGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAg < 2:176235/109‑1 (MQ=255) ttttGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAgat > 3:217101/1‑148 (MQ=255) aGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTCTCGACGGGGGTGGTGTATATTAttgtt > 4:577/1‑149 (MQ=255) aaCGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGAttgtttg > 6:54490/1‑149 (MQ=255) aTTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTTTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTtgct < 1:80849/149‑1 (MQ=255) ttCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACggggg < 4:33715/123‑1 (MQ=255) ttCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACggggg > 3:33715/1‑123 (MQ=255) ttCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATAAAATCAAGcactt < 6:266681/99‑5 (MQ=255) ttCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATAAAATCAAGcactt > 5:266681/1‑95 (MQ=255) aCTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTa < 8:87025/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTgg < 3:356494/149‑1 (MQ=255) aTCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCt < 8:51295/148‑1 (MQ=255) tAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGGTAGAATTCCTTAGt > 7:295267/1‑149 (MQ=255) aGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGt < 8:39184/148‑1 (MQ=255) aaTATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTtgatga < 4:217101/148‑1 (MQ=255) 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ggAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGt > 4:305675/1‑132 (MQ=255) ggAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGt < 3:305675/132‑1 (MQ=255) gAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAggg < 3:102182/148‑1 (MQ=255) gAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGc > 8:118256/1‑149 (MQ=255) aaGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGCt < 5:54490/149‑1 (MQ=255) cacgCTTGATAAAATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGCt > 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ttGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGAtt < 6:234396/137‑1 (MQ=255) ttGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGAtt > 5:234396/1‑137 (MQ=255) gATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGCTGAACGt < 8:323833/147‑1 (MQ=255) ttttATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGCTGAACGTGaaa > 2:102565/1‑149 (MQ=255) | AAAGATACCGCCGCAGGATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGCTGAACGTGAAA > NC_002947/3578922‑3579217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |