Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,579,071 | T→A | 7.6% | F142Y (TTT→TAT) ‡ | PP_5589 → | rhs repeat‑associated core domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,579,071 | 0 | T | A | 7.6% | 202.7 / 5.1 | 66 | F142Y (TTT→TAT) ‡ | PP_5589 | rhs repeat‑associated core domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/32); new base A (3/2); total (32/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 |
ACCGCCGCAGGATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGCTGAACGTGAAA > NC_002947/3578928‑3579217 | aCCGCCGCAGGATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATc > 5:3045/1‑148 (MQ=255) cgccgcAGGATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAg > 7:39184/1‑149 (MQ=255) gcctcATGATATAATTCAGTCCAGAGCTTAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTTACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGTGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGTATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCaatc < 4:117124/149‑3 (MQ=255) gcAGGATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATAAAATCAAGcact < 8:13677/149‑4 (MQ=255) aGGATATAATTGAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGTACGTAATTCGTAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTTAGGGGGTCGCCTTCTTCTAGCAGAAATATATTACAGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCgtgt < 1:18928/148‑1 (MQ=255) gATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGtgttgt > 8:235157/1‑149 (MQ=255) tataATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCC‑TTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGc > 7:323833/1‑149 (MQ=255) ataATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGc > 4:60005/1‑149 (MQ=255) ttCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCcct > 2:335659/1‑149 (MQ=255) cAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCcctc < 3:60005/148‑1 (MQ=255) tCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTg > 7:35647/1‑148 (MQ=255) tCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGt > 2:306013/1‑149 (MQ=255) cTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACggg < 6:3045/149‑1 (MQ=255) aGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACgggg < 3:27101/147‑1 (MQ=255) aGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCCGTCGACGGGggt > 8:318190/1‑149 (MQ=255) gTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGggtg < 3:49295/149‑1 (MQ=255) gTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGggtg < 7:41773/149‑1 (MQ=255) ttAAGGCCTTTTGTATAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCGCGCTTGCGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGggtg < 3:247159/148‑1 (MQ=255) ttAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCCGTCGACGGGggtgg < 7:318190/149‑1 (MQ=255) 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ttttGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAgat > 3:217101/1‑148 (MQ=255) aGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTCTCGACGGGGGTGGTGTATATTAttgtt > 4:577/1‑149 (MQ=255) aaCGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGAttgtttg > 6:54490/1‑149 (MQ=255) aTTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTTTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTtgct < 1:80849/149‑1 (MQ=255) ttCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACggggg > 3:33715/1‑123 (MQ=255) ttCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACggggg < 4:33715/123‑1 (MQ=255) ttCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATAAAATCAAGcactt > 5:266681/1‑95 (MQ=255) ttCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATAAAATCAAGcactt < 6:266681/99‑5 (MQ=255) aCTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTa < 8:87025/148‑1 (MQ=255) tgtgCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGt > 4:102182/1‑148 (MQ=255) ttgctCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATAtt > 7:51295/1‑149 (MQ=255) gctCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGAttgtttgt > 4:215759/1‑124 (MQ=255) 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> 7:295267/1‑149 (MQ=255) aGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGt < 8:39184/148‑1 (MQ=255) aaTATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTtgatga < 4:217101/148‑1 (MQ=255) ttACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTAc < 1:306013/149‑1 (MQ=255) gaTCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTa > 3:38378/1‑139 (MQ=255) gaTCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTa < 4:38378/139‑1 (MQ=255) tCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGaaa > 1:323014/1‑133 (MQ=255) tCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGaaa < 2:323014/133‑1 (MQ=255) tCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGAt > 6:5436/1‑147 (MQ=255) ggAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGt > 4:305675/1‑132 (MQ=255) ggAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGt < 3:305675/132‑1 (MQ=255) gAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAggg < 3:102182/148‑1 (MQ=255) 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cTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTg > 4:252037/1‑134 (MQ=255) cTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTg < 3:252037/134‑1 (MQ=255) cTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGCTGAACg > 4:169844/1‑149 (MQ=255) ttGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGAtt > 5:234396/1‑137 (MQ=255) ttGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGAtt < 6:234396/137‑1 (MQ=255) gATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGCTGAACGt < 8:323833/147‑1 (MQ=255) ttttATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGCTGAACGTGaaa > 2:102565/1‑149 (MQ=255) | ACCGCCGCAGGATATAATTCAGTCCAGCCCTGAGTTAAGGCCTTTTGTAGAACGTAATTCGAAGTTGACTGTGCTTGCTCGCTTGAGGGGGTCGCCTTCATCTAGCAGAAATATATTACCGGAGGATCTGGAAGTGCTTGATTTTATCAAGCGTGTTGTCGCCCCTCCTGTCGACGGGGGTGGTGTAGATGATTGTTTGTTTGCTGCTTATGCTAGTAATATTGCCTCTGGCAGCGCTAGAATTCCTGAGTTGATGAAAGTTACTGCTTGGATTAGGGCTGAACGTGAAA > NC_002947/3578928‑3579217 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |