Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,633,987 | C→G | 6.5% | P129A (CCG→GCG) | PP_3202 → | transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,633,987 | 0 | C | G | 6.5% | 199.4 / 3.3 | 61 | P129A (CCG→GCG) | PP_3202 | transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/24); new base G (2/2); total (35/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 |
GCCTGGGCAACGCGGTGCGCATCGCCGTGGCCAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTGGTCAACTGGTGGCCTTC > NC_002947/3633841‑3634133 | gCCTGGGCAACGCGGTGCGCATCGCCGTGGCCAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCg > 4:50856/1‑149 (MQ=255) tGGGCAATGCGGTGCGCATCGCCGTGGCCAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTc > 2:294557/1‑148 (MQ=255) ggCTACGCGGTGCGCATCGCCGTGGCCAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTcc < 1:68386/147‑1 (MQ=255) actcgGTGCGCATCGCCGTGGCCAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGc < 5:56256/146‑1 (MQ=255) ggTGCGCATCGCCGTGGCCAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGa > 1:274901/1‑149 (MQ=255) cgcATCGCCGTGGCCAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCg < 4:151787/148‑1 (MQ=255) cATCGCCGTGGCCAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATGAAAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGa < 1:59694/149‑1 (MQ=255) aTCGCCGTGGCCAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGTGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGt > 1:17702/1‑149 (MQ=255) tCGCCGTGGCCAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTc < 2:274901/149‑1 (MQ=255) cAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGaggagg > 5:320916/1‑149 (MQ=255) gcgcgGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTg > 8:225631/1‑148 (MQ=255) tCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCg > 1:85394/1‑149 (MQ=255) cAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGc < 3:50856/149‑1 (MQ=255) aaGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGcc > 8:44438/1‑149 (MQ=255) cTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACg > 3:252200/1‑149 (MQ=255) tACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTg > 3:136821/1‑130 (MQ=255) tACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTg < 4:136821/130‑1 (MQ=255) ccTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGc > 6:194215/1‑148 (MQ=255) ccTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGc > 3:139845/1‑148 (MQ=255) cacaGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGa < 2:85394/149‑1 (MQ=255) acaGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGAt > 7:120957/1‑149 (MQ=255) aGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATgg < 3:196708/149‑1 (MQ=255) gCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGgc < 4:252200/149‑1 (MQ=255) agcTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGc > 5:333904/1‑148 (MQ=255) agcTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCt < 1:294557/149‑1 (MQ=255) tCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGc > 8:249045/1‑149 (MQ=255) aaCGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACTCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTg > 6:225831/1‑106 (MQ=255) aaCGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACTCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTg < 5:225831/106‑1 (MQ=255) aaCGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCt > 2:143058/1‑149 (MQ=255) gacgCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGa < 6:73918/78‑1 (MQ=255) gacgCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGa > 5:73918/1‑78 (MQ=255) tataCCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTc < 7:249045/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATgg < 3:355943/120‑1 (MQ=255) ccTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATgg > 4:355943/1‑120 (MQ=255) ctgctgCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAgcg > 4:47478/1‑149 (MQ=255) ctgctgCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATA‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGATGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGAGCTCAAgcg > 1:216062/1‑149 (MQ=255) gctgcCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGa > 3:273918/1‑105 (MQ=255) gctgcCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGa < 4:273918/105‑1 (MQ=255) ccTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAAc < 7:225631/147‑1 (MQ=255) ccTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGt > 5:71766/1‑149 (MQ=255) cGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAAc > 4:116712/1‑149 (MQ=255) gACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTg > 4:48670/1‑141 (MQ=255) gACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTg < 3:48670/141‑1 (MQ=255) gACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTc > 5:283876/1‑149 (MQ=255) cGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGCAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCaa > 2:292175/1‑149 (MQ=255) cggcgATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAAc > 6:144557/1‑146 (MQ=255) gcgATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGAt < 1:188867/149‑1 (MQ=255) gcgATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGAt > 1:343906/1‑149 (MQ=255) gATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTg < 6:333904/149‑1 (MQ=255) tG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGaa < 6:55503/110‑1 (MQ=255) tG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGaa > 5:55503/1‑110 (MQ=255) gTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTGGTCAAc < 4:139845/149‑1 (MQ=255) cgggtgGACGGCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTg < 4:227850/137‑1 (MQ=255) cgggtgGACGGCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTg > 3:227850/4‑140 (MQ=255) gggtgGACGGCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTGGTCAACtggt < 6:142602/147‑1 (MQ=255) gggtgGACGGCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTGGTCAACtggt > 5:142602/3‑149 (MQ=255) tgtgGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTGGt < 7:336877/140‑1 (MQ=255) tgtgGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTGGt > 8:336877/1‑140 (MQ=255) gACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTGGTCAACTGGTGGc > 7:5282/1‑147 (MQ=255) gACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTGGTCAACTGGTGGc < 8:5282/147‑1 (MQ=255) cGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTGGTCAACTGGTGGCCTTc > 1:342095/1‑149 (MQ=255) | GCCTGGGCAACGCGGTGCGCATCGCCGTGGCCAATCCGCGCGGTAGCATCTACGACAAGGACTACCTGCACAGCCTGCAGCAGCTCAACGACGCGGTATACCTGCTGCCTGGCGTCGACCGTGCGGCGATG‑AAGTCGCTGTGGACGCCGTCCACCCGCTGGACCGGAGTCACCGAGGAGGGCCTGGAAGGTGGCCCGGTGGTGCCCGACGGCTACGATGGCGCTGCCGCTAGCCTGGAAGCGCTCAAGCGCAACGTGGAACGCTCCAACGAGATTGGTCAACTGGTGGCCTTC > NC_002947/3633841‑3634133 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |