Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,652,702 | T→A | 7.4% | H196Q (CAT→CAA) | PP_3218 → | NtaA/SnaA/SoxA family monooxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,652,702 | 0 | T | A | 7.4% | 160.4 / 3.2 | 54 | H196Q (CAT→CAA) | PP_3218 | NtaA/SnaA/SoxA family monooxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/22); new base A (2/2); total (30/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 |
CCGTTACGCCCGTGCCGAGGAGCATGTGCAAGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGAGCGCTCGGGGCCGCCACGGCTGATGTGGTGTTCACCCACGCCGCCAGCATCGAG > NC_002947/3652558‑3652843 | ccGTTACGCCCGTGCCGAGGAGCATGTGCAAGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTtct > 3:194503/1‑149 (MQ=255) ccGTTACGCCCGTGCCGAGGAGCATGTGCAAGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTtct > 8:154126/1‑149 (MQ=255) gTTACGCCCGTGCCGAGGAGCATGTGCAAGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCg > 6:216442/1‑149 (MQ=255) gTTACGCCCGTGCCGAGGAGCATGTGCAAGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCg < 2:187094/149‑1 (MQ=255) cGCCCGTGCCGAGGAGCATGTGCAAGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGgtc < 3:174174/148‑1 (MQ=255) ccGTGCCGAGGAGCATGTGCAAGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGtcgtcg > 1:145763/1‑149 (MQ=255) gaggagCATGTGCAAGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCt > 5:326289/1‑149 (MQ=255) aggagCATGTGCAAGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCt > 3:328516/1‑148 (MQ=255) aTGTGCAAGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATc < 4:328516/149‑1 (MQ=255) aaGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAgcgc > 1:27071/1‑149 (MQ=255) tGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGccc < 2:265898/149‑1 (MQ=255) cAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGccc > 1:126104/1‑147 (MQ=255) aGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAg > 4:151130/1‑149 (MQ=255) aGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAg < 8:172763/149‑1 (MQ=255) 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tGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCAATTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCa > 7:289331/1‑141 (MQ=255) tGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCAATTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCa > 7:284082/1‑141 (MQ=255) tCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTc < 4:194503/148‑1 (MQ=255) ccGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTcc > 3:190000/1‑145 (MQ=255) ccGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTcc < 4:190000/145‑1 (MQ=255) ccGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGaa > 1:73027/1‑148 (MQ=255) ccGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAAc < 5:216442/149‑1 (MQ=255) gTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACaa < 2:73027/149‑1 (MQ=255) gggCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGa < 5:238857/149‑1 (MQ=255) gCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGTATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGa < 1:114659/147‑1 (MQ=255) 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cATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGAGCGCTCGGGGCCGCCACGGCTGATGTGGTGTTCa < 6:326289/148‑1 (MQ=255) cgcTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGAGCGCTCGGGGCCGCCACGGCTGATGTGGTGTTCACCCAc < 7:90823/149‑1 (MQ=255) tCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGAGCGCTCGGGGCCGCCACGGCTGATGTGGTGTTCACCCAcgcc > 1:180360/1‑149 (MQ=255) aCCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGAGCGCTCGGGGCCGCCACGGCTGATGTGGTGTTCACCCAcgccgc > 6:31960/1‑148 (MQ=255) ccACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGAGCGCTCGGGGCCGCCACGGCTGATGTGGTGTTCACCCACGCCGCCa < 3:210246/149‑1 (MQ=255) acaAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGAGCGCTCGGGGCCGCCACGGCTGATGTGGTGTTCACCCACGCCGCCAg > 4:214516/1‑148 (MQ=255) caAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGCTTCCGAACAAGGCCGAGCGCTCGGGGCCGCCACGGCTGATGTCGTGTTCACCCACTCCGCCAGCa > 7:179871/1‑149 (MQ=255) gggTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGAGCGCTCGGGGCCGCCACGGCTGATGTGGTGTTCACCCACGCCGCCAGCATc > 8:325445/1‑148 (MQ=255) tAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGAGCGCTCGGGGCCGCCACGGCTGATGTGGTGTTCACCCACGCCGCCAGCATCGAg > 5:101637/1‑148 (MQ=255) | CCGTTACGCCCGTGCCGAGGAGCATGTGCAAGTCGTGCAGGGGCTGTGGCAGTCGTACGAAGACGATGCTTTCCCCCGTGATCGGGCCAGTGGCCGGTTCCTCGACCCGACCAAGCTGCATGCGCTCAACCACAAGGGTAAGCATTTCTCGGTCGTCGGCCCGCTCAACATCCAGCGCTCGCCCCAGGGGCAGCCGGTGATCTTCCAGGCGGGCGATTCCGAACAAGGCCGAGCGCTCGGGGCCGCCACGGCTGATGTGGTGTTCACCCACGCCGCCAGCATCGAG > NC_002947/3652558‑3652843 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |