Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,282,361 | T→G | 10.1% | E290A (GAG→GCG) | PP_3753 ← | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,282,361 | 0 | T | G | 10.1% | 167.9 / 9.1 | 59 | E290A (GAG→GCG) | PP_3753 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/25); new base G (2/4); total (30/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
GGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAGCGCAATGCC > NC_002947/4282213‑4282507 | ggTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCt > 6:213267/1‑149 (MQ=255) gTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTc > 1:37991/1‑149 (MQ=255) gTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTc > 2:13862/1‑149 (MQ=255) gTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTc > 2:19649/1‑149 (MQ=255) gTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTc > 5:376521/1‑149 (MQ=255) aaCGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAg < 5:319864/149‑1 (MQ=255) aGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGTTCCACTTCTGGAACGCCCGGTGGTAGGCACTCGGCTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAAAGCTCAACGCGCCTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGcgcg < 4:336186/149‑4 (MQ=255) aGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCAt > 5:216014/1‑149 (MQ=255) aGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCGGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGcgcg < 3:246848/149‑4 (MQ=255) gACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGAAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGAGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGccc > 6:351175/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCa > 4:137711/1‑149 (MQ=255) cccGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCa < 7:119965/149‑1 (MQ=255) cccGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCa > 6:313273/1‑149 (MQ=255) tAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCtt < 1:189349/149‑1 (MQ=255) tAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCtt < 6:216014/149‑1 (MQ=255) gCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTg < 1:13862/148‑1 (MQ=255) gCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTg < 1:19649/148‑1 (MQ=255) tCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATc > 7:305945/1‑149 (MQ=255) tCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATc > 4:251984/1‑149 (MQ=255) cccTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATct > 1:65360/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCAc < 5:44218/134‑1 (MQ=255) ccTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCAc > 6:44218/1‑134 (MQ=255) cTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATctgc > 5:164311/1‑149 (MQ=255) cccGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGaa < 2:65360/148‑1 (MQ=255) cccGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGaa < 6:164311/148‑1 (MQ=255) ggTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGcc < 8:305945/149‑1 (MQ=255) cACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTc > 6:156188/1‑149 (MQ=255) cttcttGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTccc > 6:317419/1‑149 (MQ=255) cttGAACGCCCTGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCGGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGc < 7:118240/148‑1 (MQ=255) gAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTc < 5:156188/147‑1 (MQ=255) aaCGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCaa > 1:329361/1‑149 (MQ=255) gAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGaa < 4:351883/149‑1 (MQ=255) gAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGa > 3:351883/1‑148 (MQ=255) aaGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGaaa < 5:213267/149‑1 (MQ=255) aGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAg < 3:251984/149‑1 (MQ=255) aGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAg > 3:175047/1‑149 (MQ=255) aCTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTAc < 4:175047/149‑1 (MQ=255) cTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCTCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTcc < 1:158750/129‑1 (MQ=255) cTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTcc > 2:158750/1‑129 (MQ=255) cTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCAGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACt > 4:152917/1‑149 (MQ=255) tGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGAt > 2:26366/1‑149 (MQ=255) gAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATc > 1:270810/1‑149 (MQ=255) aaaCCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCAGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATc < 3:152917/148‑1 (MQ=255) aaaCCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCCCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGAt < 5:317419/147‑1 (MQ=255) aaCCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGAGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATccc < 2:329361/149‑1 (MQ=255) ccTGCTCGGCAATTTCGGAAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCTAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTtgc < 5:351175/149‑1 (MQ=255) aaTGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATg > 6:287414/1‑149 (MQ=255) aaTGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATg > 6:226217/1‑149 (MQ=255) aaTGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATg > 2:348207/1‑149 (MQ=255) aaTGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATATGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTAc > 3:266650/1‑110 (MQ=255) aaTGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATATGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTAc < 4:266650/110‑1 (MQ=255) aaCGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTg > 7:182956/1‑119 (MQ=255) aaCGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTg < 8:182956/119‑1 (MQ=255) ccTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCaa > 6:17890/1‑134 (MQ=255) ccTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCaa < 5:17890/134‑1 (MQ=255) cTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTtgc < 3:221429/116‑1 (MQ=255) cTTCGAGCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTtgc > 4:221429/1‑116 (MQ=255) cgcAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAgcg < 1:348207/149‑1 (MQ=255) cAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAGCGCa < 2:270810/149‑1 (MQ=255) gCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAGCGCAATGcc > 5:366319/1‑149 (MQ=255) | GGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAGCGCAATGCC > NC_002947/4282213‑4282507 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |