| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,399,527 | T→C | 6.9% | E121E (GAA→GAG) | PP_3878 ← | minor capsid protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,399,527 | 0 | T | C | 6.9% | 167.2 / 2.2 | 58 | E121E (GAA→GAG) | PP_3878 | minor capsid protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/31); new base C (2/2); total (25/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
CAGACGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGAT > NC_002947/4399379‑4399670 | cAGACGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATgtgt < 5:326511/149‑1 (MQ=255) aCGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTc > 7:27787/1‑148 (MQ=255) aaTCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTTGAACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGAc > 1:236894/1‑148 (MQ=255) aaTCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAACACATTGTGCTCGAcat < 3:31801/149‑3 (MQ=255) aaTCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAACACATTGTGCTCGAcat > 4:31801/1‑147 (MQ=255) tCAGGTAACGCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATg < 2:280201/149‑1 (MQ=255) aGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATggg < 8:152519/149‑1 (MQ=255) aGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATgg < 5:6111/148‑1 (MQ=255) tAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGt > 3:155926/1‑148 (MQ=255) aCCCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAg < 6:158561/149‑1 (MQ=255) aCCCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGAGCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAg < 4:340259/149‑1 (MQ=255) cccTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGa < 5:316091/149‑1 (MQ=255) cTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATg < 7:267440/149‑1 (MQ=255) 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gTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGgctg > 5:362255/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTc < 7:292203/148‑1 (MQ=255) cAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCg < 2:365911/109‑1 (MQ=255) cAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTc < 6:185695/136‑1 (MQ=255) cAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTc > 5:185695/1‑136 (MQ=255) cAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCa < 8:27787/149‑1 (MQ=255) cAGGCCGGTGATTGGTGTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCa < 4:34578/149‑1 (MQ=255) ggCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGc < 3:65105/149‑1 (MQ=255) aTTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATa < 4:155926/149‑1 (MQ=255) ggTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATggg > 2:238963/1‑104 (MQ=255) tttGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTgg < 2:188849/149‑1 (MQ=255) tttGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTgg > 8:123160/1‑149 (MQ=255) aTCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCAt > 2:235115/1‑149 (MQ=255) ttGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGt > 4:76469/1‑149 (MQ=255) ggTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATg < 4:273153/145‑1 (MQ=255) tCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCg > 8:23616/1‑149 (MQ=255) tCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGt < 7:23616/148‑1 (MQ=255) cgccgcCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGc > 6:297280/1‑149 (MQ=255) cgccgcCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGc > 2:88684/1‑149 (MQ=255) cgccgcCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCAAAGCTGGACATGGTCTCGCAGCCGTTCAAGTGGc > 5:277849/1‑149 (MQ=255) gccgccAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCt < 3:131714/149‑1 (MQ=255) gccgccAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGATGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGTTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCt > 8:121126/1‑149 (MQ=255) cAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCcgc < 4:96646/149‑1 (MQ=255) aGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGt > 4:168282/1‑70 (MQ=255) aGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGt < 3:168282/70‑1 (MQ=255) gTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCcgcta < 2:18076/149‑3 (MQ=255) gTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCcgcta > 1:18076/1‑147 (MQ=255) aGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACaa < 7:123160/149‑1 (MQ=255) aGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACaa < 1:235115/149‑1 (MQ=255) cGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCtt > 5:249495/1‑93 (MQ=255) cGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCtt < 6:249495/93‑1 (MQ=255) cgggcTGGGCTGTTAATGTCGTGCTCATTGTGTTCGAGCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCGTTGATAGCTTGTGTTGGTCTCGCAGGGGTTCAAGTGGCTGCAGCGACTCACAAGAACGCCATGGACgg < 2:273306/144‑1 (MQ=255) cTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATc < 1:88684/149‑1 (MQ=255) cccatggTCGAACACATTGTGCTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCca > 8:36479/7‑149 (MQ=255) aaTGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGc > 6:230091/1‑74 (MQ=255) aaTGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGc < 5:230091/74‑1 (MQ=255) aaTGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCaa > 2:222764/1‑99 (MQ=255) aaTGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCaa < 1:222764/99‑1 (MQ=255) gTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCg > 5:307218/1‑149 (MQ=255) acacaTTGTGCTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTgg < 7:36479/148‑1 (MQ=255) aTGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGAt < 2:201865/149‑1 (MQ=255) | CAGACGCAATCAGGTAACCCCCTGAGTACGCCATGAAGTT‑AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCC‑GAATGTCCGCCGCCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGAT > NC_002947/4399379‑4399670 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |