| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 95.0% | 63.6 / ‑2.8 | 20 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (5/14); total (6/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126498‑1126784 | tGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACAGGTGGACCTCCTGCCAGGGTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTa‑aa < 7:72886/148‑1 (MQ=255) ttGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGGTTTACCC‑CGCATGCGGAGGGATAGGCCCCCTCGCCTTAGCGGGGATAC‑CCGCGCCGACACAGCGccc > 3:108283/1‑148 (MQ=255) gCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCTAATGCGGCGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTg < 3:38251/148‑1 (MQ=255) gCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGTTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTg < 3:36450/148‑1 (MQ=255) aGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTGGTTGGGTGGACATTGCGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATACCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCgg < 5:97528/148‑1 (MQ=38) ggACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTAt < 4:47444/148‑1 (MQ=255) cctcctGCCAGGTTGTGGGGGGGACATTGAGCCCTGTCGGCGC‑GGGTGTCCCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATGCGCGTGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAg < 7:7747/148‑1 (MQ=255) tcctGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGc < 4:130172/148‑1 (MQ=255) tGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTc < 3:115330/148‑1 (MQ=255) ggggggACTTTGCCCCCTGTCGGGGG‑GGGTTTCCCCGCTAATGCGGTGGTATCGCCACCCTCGCATGGGGGGTTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCtctc < 2:60503/148‑1 (MQ=255) gTGGACATTGAGCCCTGTCGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGAGCTATCAGGACGCCTGATAGCcctcc < 7:120984/147‑2 (MQ=37) ccTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCTAATGCGTAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGgc < 2:37977/148‑1 (MQ=255) gcgc‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACAcc < 3:15984/148‑1 (MQ=255) cgc‑gGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCa < 4:105666/148‑1 (MQ=255) ggTTTACCCGCGAAGGCGGAGGTATAGCCACCCTCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAgggt < 3:71369/148‑3 (MQ=255) tGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAaca > 1:60029/1‑148 (MQ=255) ggAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGt > 3:106051/1‑148 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAccc < 4:91901/147‑1 (MQ=255) aTCGCATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGa > 7:2079/1‑148 (MQ=255) cATTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcgg > 1:65091/1‑148 (MQ=255) gggTA‑AACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCa > 7:51263/1‑147 (MQ=255) | TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTA‑AA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126498‑1126784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |