| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 85.2% | 72.6 / 8.6 | 27 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (8/15); total (10/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
TTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTG‑C‑GGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAC > NC_002947/4585914‑4586194 | ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGA‑ccgtg > 5:91978/1‑145 (MQ=39) gCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGTCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATg‑cgg < 1:111571/149‑1 (MQ=39) tGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGcccc < 6:91978/149‑1 (MQ=39) tGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGcccc < 3:231602/149‑1 (MQ=39) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTAGCC‑GGTAAAACCCCGACTACCACGGGC‑C‑CTGCCCGCCGTGAAAT‑GGGCGCGGCCCCAgg > 1:11287/1‑149 (MQ=255) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGt < 3:228999/149‑1 (MQ=39) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGt < 5:353489/149‑1 (MQ=39) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGG‑CAGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCgg < 5:275710/146‑1 (MQ=14) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGG‑CAGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCgg < 3:277775/146‑1 (MQ=14) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGc < 5:362076/144‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 3:292188/146‑1 (MQ=38) cggctCCATTGAAAGGGTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTg < 7:239085/132‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAcct < 8:329340/149‑2 (MQ=38) ccATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGA‑ccg > 5:157928/1‑98 (MQ=37) ccATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGA‑ccg < 6:157928/100‑3 (MQ=37) aTTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTTAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGa < 4:143082/149‑1 (MQ=38) gAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTTAACCCCCAACAAACACGGGC‑C‑GGGGCGGGCGTGAATG‑GCGCGCGGCCCCAGGTATGAGCGGGGTTTCCCGCCaa > 3:254317/1‑147 (MQ=255) gTTGAGGAGTACGGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGAGCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAACCCCGCTCCTACCT‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCGGCCCCTGGTAGGTGCGGGTTTACCCGCGAAGAggcc < 4:254317/148‑1 (MQ=25) gCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGcccc < 4:272879/100‑1 (MQ=25) gCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGcccc > 3:272879/1‑100 (MQ=25) cTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCCCACCAAACA‑CGGACC‑GTGCCGGCCGTGAAAG‑CGGCGCGGCCCCAGGTAGGAGCGGGTGTACCCGCGAAGCGGCCGGCCGCGCCACCACAAAAAACCCCAGATGCAggccc > 8:271087/1‑145 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCgg > 8:326896/1‑148 (MQ=255) ccGCTCCTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt > 2:200749/1‑149 (MQ=255) cTACCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCAGCGAAGAGGCCGGCCGCGACAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAc > 5:257012/1‑149 (MQ=255) aCCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCa > 2:153786/1‑146 (MQ=255) aCCA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCa < 1:153786/146‑1 (MQ=255) ccA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCgg < 7:342648/135‑1 (MQ=255) ccA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCAAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCgg > 8:342648/1‑135 (MQ=255) cA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAc < 8:223656/126‑1 (MQ=255) cA‑GGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCAc > 7:223656/1‑126 (MQ=255) | TTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTG‑C‑GGTAAACCCGCTCCTACCA‑GGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAC > NC_002947/4585914‑4586194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |