Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,013,885 | T→C | intergenic (+90/+20) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,013,885 | 0 | T | C | 98.0% | 154.9 / ‑5.3 | 49 | intergenic (+90/+20) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (29/19); minor base A (1/0); total (30/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
GGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGT > NC_002947/6013747‑6014022 | ggCCCGGGTGAAGGCGCTGGAAGGTGGTGGGGTCAGCTTCATCGAATAACCGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCGGCGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGcc < 6:146221/149‑1 (MQ=37) gCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACCCCCGCGCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGCACGGAGTGGCGTACCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCg > 5:311169/1‑149 (MQ=38) gCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACCCCCGCACCCACACGTGCAGCCCAGGGGTGGGACCGGGTGCCCGTCCTGTGGGGCCGGGCGGGCCCCCGCATGGCCg > 3:330268/1‑149 (MQ=255) tCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACACGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCCGGCGTGCCCCCCAATGGCCGCAACCCTTTTa > 7:271246/1‑148 (MQ=39) gCTGGAAGGTGGGGTGGTCAGCTTCAGCGAATAAACGCCACACCTGCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGACCGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCt < 1:145532/149‑1 (MQ=38) gAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTAGCGGGCCCGCCCGCGACCCCAGGTGCAGGACCGGTCGCGGACGCTGTGGCGGTCCTGGGGGAGCGGGCGGGCCCGCGCATGGCCGCGACCCTTTTTTCTGGtt > 1:263014/1‑149 (MQ=255) tCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTGCCGCACAGGTCTCCAACGCGGTGCCGGACCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGCATGGCCGCCACCCGTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCccaccaca > 7:242701/1‑149 (MQ=37) cGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCAGCTCCCACAGGTGCAGCAAAGGTCTCGAACGCTGTGGCGTACCTGTGGGATCGGGCGTGCCAGCGAATGGCCGCAACCCATTTATCTGGTTTACGCAAGCCACGCcaacaaaaa > 5:164589/1‑149 (MQ=255) cacCTGAGTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACATGTCTCGAACGCTCTTCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGt < 7:96697/149‑1 (MQ=38) cTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGACCGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTtcttct < 8:242701/149‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttctt < 5:284142/147‑1 (MQ=255) cgcgTGCACGCCGGCTCCCTCAGGTGCAGCACATGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCttt < 3:308462/148‑1 (MQ=39) ccGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCACCCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg > 5:167493/1‑149 (MQ=18) cGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGc > 5:201834/1‑149 (MQ=255) gCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTaaa < 1:83258/125‑1 (MQ=255) gCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTaaa > 2:83258/1‑125 (MQ=255) gCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTccttct < 7:330847/133‑1 (MQ=255) gCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGCTAAAGttcttat > 8:330847/1‑131 (MQ=255) tCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGc > 3:343515/1‑149 (MQ=255) tCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAAAAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGc > 2:38889/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 3:337402/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 6:152003/1‑149 (MQ=21) cacaGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCCCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 3:89103/1‑148 (MQ=21) caGGTGCAGCACAGGTCTCGACCGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCaa < 6:22050/149‑1 (MQ=255) gTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCGCAACTg > 1:351849/1‑149 (MQ=255) gTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTg > 8:218937/1‑149 (MQ=255) tGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCt < 8:123090/76‑1 (MQ=255) gcagcaCAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCa > 7:24201/1‑149 (MQ=255) acaGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGc < 7:140959/149‑1 (MQ=255) gTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGccc > 5:247787/1‑147 (MQ=255) gTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGccc > 3:41057/1‑147 (MQ=255) gTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGccc > 6:262869/1‑147 (MQ=255) 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tgctgcaCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATa < 5:152003/143‑1 (MQ=255) ccGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAcc > 5:105721/1‑149 (MQ=255) ccGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAc < 8:106566/148‑1 (MQ=255) tgtgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg < 4:208973/104‑1 (MQ=255) tgtgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg > 3:208973/1‑104 (MQ=255) gtgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAcc > 7:147291/1‑141 (MQ=255) gtgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAcc < 8:147291/141‑1 (MQ=255) gtgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGc > 7:191374/1‑149 (MQ=255) tgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGcc > 2:200155/1‑149 (MQ=255) aGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGCCTTTCATACCCCTCCGccc < 3:109650/145‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGCCTTTCATACCCCTCCGGcc > 4:109650/1‑145 (MQ=255) gCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGt < 6:201834/149‑1 (MQ=255) | GGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGT > NC_002947/6013747‑6014022 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |