| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 97.3% | 123.6 / ‑3.3 | 37 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (17/19); total (18/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGTAAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGC‑‑GGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCT‑CTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGA > NC_002947/1126498‑1126774 | tGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGTAAA‑c < 1:94885/149‑1 (MQ=255) gAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGTAAA‑c < 1:108413/147‑1 (MQ=255) ggggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTAAA‑GCGGATTACGATGTATAGCAGCCATCGCATTCGC‑GGGTAAA‑cccgg > 8:347132/1‑146 (MQ=255) ggggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGTAAA‑cccgc 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cATTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGC‑‑GGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCT‑CTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGtt < 4:15595/130‑1 (MQ=255) | TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGTAAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGC‑‑GGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCT‑CTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGA > NC_002947/1126498‑1126774 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |