| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,134,564:1 | +C | 100% | coding (376/600 nt) | PP_4520 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,134,564 | 1 | . | C | 88.9% | 134.6 / 11.3 | 45 | coding (376/600 nt) | PP_4520 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/4); new base C (17/23); total (18/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
AGTGCATCGAAGCAGGCCGGTTGCTCCAGCGTGTTCAATGCCCCGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAG‑‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATAAGCTGTCAGCACCTGGGCGTCATCACCCGG > NC_002947/5134425‑5134693 | agTGCATCGAAGCAGGCCGGTTGCTCCAGCGTGTTCAATGCCCCGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAG‑‑cc‑c‑cccc > 8:81699/1‑147 (MQ=255) cATCGAAGCAGGCCGGTTGCTCCAGCGTGTTCAATGCCCCGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCaa > 5:273026/1‑149 (MQ=255) tCGAAGCAGGCCGGTTGCTCCAGCGTGTTCAATGCCCCGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAG‑‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACgg < 5:175926/149‑1 (MQ=255) gAAGCAGGCCGGTTGCTCCAGCGTGTTCAATGCCCCGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACggg > 6:95328/1‑149 (MQ=255) gcaggcagGTTGCTCCAGCGTGTTCAATGCCCCGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGtt > 2:73006/1‑148 (MQ=255) cAGACCGGTTGCTCCAGCGTGTTCAATGCCCCGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCa < 6:171120/149‑1 (MQ=255) aGGCCGGTTGCTCCAGCGTGTTCAATGCCCCGACCACCGCCTCGATGGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAg < 3:62142/149‑1 (MQ=255) aGGCCGGTTGCTCCAGCGTGTTCAATGCCCCGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAg < 2:263170/149‑1 (MQ=255) aaTGCCCCGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTgc < 4:87473/149‑1 (MQ=255) ccccGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGcc < 6:19685/148‑1 (MQ=255) ccccGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTACGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGCCCC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGCTACCGCAGCTTGCGCGCCTTGCGcc > 1:314486/1‑149 (MQ=255) ccGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAgg > 2:271788/1‑149 (MQ=255) accGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTTAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTAcag < 2:217821/120‑1 (MQ=255) accGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGt < 6:151400/116‑1 (MQ=255) accGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGt > 5:151400/1‑116 (MQ=255) accGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCCTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTAcag > 1:217821/1‑120 (MQ=255) gCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCgg < 6:273026/149‑1 (MQ=255) tCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCa > 2:209390/1‑149 (MQ=255) aTCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGa < 5:95328/149‑1 (MQ=255) gtcgACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGAt < 3:35957/147‑1 (MQ=255) gACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGCCCC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATca‑gc < 4:290990/149‑1 (MQ=255) gACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATca‑gca < 1:164989/149‑1 (MQ=255) ccaccGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATca‑gcag < 7:279816/145‑1 (MQ=255) cAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATca‑gcag > 4:318065/1‑148 (MQ=255) cGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCATGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑gcagca > 2:327318/1‑147 (MQ=255) 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< 6:36348/119‑1 (MQ=255) gcgcTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCggg > 5:36348/1‑119 (MQ=255) cgcAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCATGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCa < 1:327318/148‑1 (MQ=255) gcAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCAt > 1:3778/1‑148 (MQ=255) cAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATaa < 2:3778/149‑1 (MQ=255) aTAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATAAGCTGTc < 3:318065/149‑1 (MQ=255) tGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAG‑‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATAAGCTGTCAGCAcc > 1:261281/1‑148 (MQ=255) tGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAG‑‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATAAGCTGTCAGCAcc < 2:261281/148‑1 (MQ=255) gCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCACGCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATAAGCTGTCAGCACCTgg < 1:73006/149‑1 (MQ=255) gCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATAAGCTGTCAGCACCTGGGCGt < 7:34339/149‑1 (MQ=255) cTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATAAGCTGTCAGCACCTGGGCGtcatca > 3:167469/1‑149 (MQ=255) cccAGCGTCACCCGTGGCAGCCCC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATaa > 6:10210/1‑122 (MQ=255) cccAGCGTCACCCGTGGCAGCCCC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATaa < 5:10210/122‑1 (MQ=255) ccAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATAAg > 3:272932/1‑121 (MQ=255) ccAGCGTCACCCGTGGCAGC‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATAAg < 4:272932/121‑1 (MQ=255) cAGCGTCACCCGTGGGAG‑‑CC‑CGCCCCGAGCAACGGGATCAGGTACAGCAGCTTGCGCTGCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGGTTGTCGCCCGCCTCGCCATAAGCTGTCAGCACCTGGGCGTCATCACCCgg < 2:314486/149‑1 (MQ=255) | AGTGCATCGAAGCAGGCCGGTTGCTCCAGCGTGTTCAATGCCCCGACCACCGCCTCGATCGTCGACAACGCACCCGCCTCCGGCGCTTTGCGCAACCGATAGCGTGAAGCGGCCACCTGCCCCAGCGTCACCCGTGGCAG‑‑CC‑C‑CCCC‑AGCAACGGGTTCAGGTACAGCAGCTTGCGCGCCTTGCGCCAGGTGCCGTCGGGCACGATCA‑GCAGCAAAGGTTTGTCGCCCGCCTCGCCATAAGCTGTCAGCACCTGGGCGTCATCACCCGG > NC_002947/5134425‑5134693 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |