| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,137,425:1 | +C | 100% | coding (177/894 nt) | PP_4522 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,137,425 | 1 | . | C | 80.3% | 170.4 / 38.2 | 61 | coding (177/894 nt) | PP_4522 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/5); new base C (21/28); total (28/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
CCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCA > NC_002947/5137279‑5137570 | ccGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑cc > 2:90993/1‑149 (MQ=255) cGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑cc‑c > 3:19796/1‑149 (MQ=255) ggTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑cc‑ccccc < 2:293024/149‑1 (MQ=255) aGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑GACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑cc‑ccccccgacc > 1:92684/1‑144 (MQ=255) tCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTg < 7:184740/149‑1 (MQ=255) aCCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GCCCC‑CCCCCGACCCCGGTgg < 4:48713/149‑1 (MQ=255) cccAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGca > 6:120323/1‑148 (MQ=255) cccAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGcac > 3:54258/1‑148 (MQ=255) cAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCacaa > 8:72149/1‑149 (MQ=255) aGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCacaaca < 7:72149/149‑1 (MQ=255) ggTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAacac > 3:188281/1‑149 (MQ=255) gTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGGCAACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAacac < 1:90993/149‑1 (MQ=255) gTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGCCCCCGGTGGCACACCACg > 4:306428/1‑149 (MQ=255) ttGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGa > 4:235325/1‑149 (MQ=255) gggTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATAcc < 8:48319/149‑1 (MQ=255) gggTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATAcc > 8:301885/1‑149 (MQ=255) ccACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGCCCCCGGTGGCACAACCCGATACCCAAgg > 5:12747/1‑149 (MQ=255) cACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGgc < 3:235325/149‑1 (MQ=255) aCGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGgcg > 5:157995/1‑149 (MQ=255) gCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGcc > 8:173657/1‑149 (MQ=255) ccgccGCCCTGAAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCt > 5:129635/5‑149 (MQ=255) cgccGCCCTGAAGGGCGGCGGCAAACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGCCCCCGGTGGCACAACCCGAAACCCAAGGCGCCCTc > 8:186093/4‑149 (MQ=255) cGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAg > 5:219112/1‑149 (MQ=255) gCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGc < 7:301885/149‑1 (MQ=255) cccTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTg > 6:156706/1‑149 (MQ=255) cTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑GACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTgg < 2:92684/149‑1 (MQ=255) ggcggcggcATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATg < 7:18286/149‑1 (MQ=255) cggcATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCg < 6:117216/101‑1 (MQ=255) ggcATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTAc > 2:182864/1‑149 (MQ=255) tACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGa < 4:188281/149‑1 (MQ=255) gCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAg > 8:14731/1‑125 (MQ=255) gCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAg < 7:14731/125‑1 (MQ=255) cTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCCCCCACCAGCTGGCGCATGTAGGTACTGATGccc > 2:298240/1‑149 (MQ=255) cTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGcc > 3:86864/1‑148 (MQ=255) gAAACGGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAg < 1:298240/149‑1 (MQ=255) gAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCTACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAg < 3:306428/149‑1 (MQ=255) gAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTTGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATTGCCGAg < 4:50690/149‑1 (MQ=255) aCCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCg < 5:156706/149‑1 (MQ=255) ccAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTGTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGGCAGGCTGAC‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAg < 2:103713/149‑1 (MQ=255) aGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGt < 6:157995/149‑1 (MQ=255) aGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CCACCCCCGCCCCCGGTGGCACAACACGATCCCCAAGCCGCCCGCCAGCTGGCTCATGTTGGTACTGTTGGCCGCGGTGGACAGGt > 3:77106/1‑149 (MQ=255) gCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGtt < 5:120323/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCa < 6:219112/147‑1 (MQ=255) agcagGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTcgc < 4:19796/149‑1 (MQ=255) gATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTGGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGTGTTGGCAAAGcc > 8:80204/1‑149 (MQ=255) ttGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCg < 7:283495/136‑1 (MQ=255) g‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCtg < 7:173657/148‑1 (MQ=255) g‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCtg < 6:129635/148‑1 (MQ=255) g‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGt > 2:225617/1‑89 (MQ=255) aaCAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCtggtg < 4:54258/149‑1 (MQ=255) cTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTc > 6:160545/1‑118 (MQ=255) cTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTc < 5:160545/118‑1 (MQ=255) cTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTc < 6:273996/117‑1 (MQ=255) cTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTc > 5:273996/1‑117 (MQ=255) tCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGCCCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCCGCTGGCTCATGTAGGTACTCATGGCCGAGGTCGACAGGTTCCGCGCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGgcgcg > 8:31629/1‑148 (MQ=255) cGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACACCACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGcac > 7:285878/1‑149 (MQ=255) gCCCTTGCTGGTCAGGCTGAAGG‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGca < 7:186093/147‑1 (MQ=255) gCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGcacc < 7:31629/149‑1 (MQ=255) gCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGcacca > 5:252877/1‑144 (MQ=255) gCTGGTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGcacca < 6:252877/144‑1 (MQ=255) gTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGcaccac > 1:81439/1‑141 (MQ=255) gTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGcaccac < 2:81439/141‑1 (MQ=255) gTCAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCtgatg > 6:71214/1‑148 (MQ=255) cAGGCTGAA‑GC‑CC‑CCCCCGACCCCGGGGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAg < 6:12747/149‑1 (MQ=255) aa‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCgca < 1:182864/148‑1 (MQ=255) | CCGACGGTGGAGTCGATCACCCCAAGGTTGAGGGTGCCACGCAGTTCGCCCTTCAGGGCGGCGGCATACTGCTCGAAACCGTCCAGCTCGGCCAGCAGGCGCAGGGTTTCCTGATGG‑AACAGCTCGCCCTTGCTGGTCAGGCTGAA‑G‑‑CC‑CCCCCGACCCCGGTGGCACAACACGATACCCAAGGCGCCCTCCAGCTGGCTCATGTAGGTACTGATGGCCGAGGTCGACAGGTTCAGCTCGCGCTGGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCA > NC_002947/5137279‑5137570 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |