Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,277,005:1 | +C | 100% | intergenic (‑309/‑35) | cioA ← / → PP_4652 | cyanide insensitive ubiquinol oxidase subunit I/membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,277,005 | 1 | . | C | 97.7% | 146.1 / ‑3.5 | 44 | intergenic (‑309/‑35) | cioA/PP_4652 | cyanide insensitive ubiquinol oxidase subunit I/membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (24/19); total (25/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
GAATGCTAGGAAGCATAGTCCCGAATGGCCCGGTGGGCCGTGTGGTGGATTGCCGCGTGACCTGTTGCCTCACCCTCTTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCG‑‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTCCGCACCGCAGTTGTTGCGTCACCATCGTCCTTTTCTGGCCTTCTGGCTGGCCCGCGTGTTCACCGCCAGCGGCTTCCAGATGCTCACCGTGGCCATC > NC_002947/5276857‑5277147 | gaatgCTAGGAAGCATAGTCCCGAATGGCCCAATGGGCCGTGTGGTGGATTACCGCGTGACCTGTTGCCTCACCCTCTTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGAAAAAAGTAACCGCTTGTTACAAAAAGATGATACGCTgcg > 8:204967/1‑149 (MQ=255) aatgCTAGGAAGCATAGTCCAGAATGGCCCGGTGGGCCGTGTGGTGGATTGCCGCGTGACCTGTTGCCTCACCCTCTTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCCCTTGTAACAAACAGATGATACGCTgcg‑‑c > 8:70522/1‑149 (MQ=255) tCCCGAATGGCCCGGTGGGCCGTGTGGTGGATTGCCGCGTGACCTGTTGCCTCACCCTCTTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCGC‑CCC‑CCCTCTACTGCGcc > 1:302528/1‑149 (MQ=255) 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7:15307/1‑143 (MQ=255) tCACCCTCTTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCGC‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTccgcaccgca > 5:88659/1‑135 (MQ=255) tCACCCTCTTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCGC‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTccgcaccgca < 6:88659/135‑1 (MQ=255) ccTCTTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCGC‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTCCGCACCGCAgttgtt > 8:141170/1‑137 (MQ=255) ccTCTTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCGC‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTCCGCACCGCAgttgtt < 7:141170/137‑1 (MQ=255) ccTCTTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCGC‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTCCGCACCGCAGTTGTTGCGTCACCATCg > 2:37990/1‑149 (MQ=255) tctTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCGC‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTCCGCACCGCAgttgt > 8:30389/1‑134 (MQ=255) tctTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCGC‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTCCGCACCGCAgttgt < 7:30389/134‑1 (MQ=255) tGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCGC‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTCCGCACCGCAGTTGTTGCGTCACCATCGTCCttt > 5:36968/1‑149 (MQ=255) aTTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCG‑‑CCCACCCTCTACTGCGCCGAGGCCACTGGTTTCCGATGTCCGATTCCGCACCGCAGTTGTTGCGTCACCATCGTCCTTTTc > 8:233480/1‑149 (MQ=255) ttAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCGC‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTCCGCACCGCAGTTGTTGCGTCACCATCGTCCTTTTCt < 1:37990/149‑1 (MQ=255) tGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCGC‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTCCGCACCGCAGTTGTTGCGTCACCATCGTCCTTTTCTGGCCTTc > 2:215517/1‑149 (MQ=255) 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5:52542/1‑149 (MQ=255) | GAATGCTAGGAAGCATAGTCCCGAATGGCCCGGTGGGCCGTGTGGTGGATTGCCGCGTGACCTGTTGCCTCACCCTCTTTGATTAGCAGTGGAAAAGTGCCGACCTGAGCAAACAGTAACCGCTTGTTACAAACAGATGATACGCTGCG‑‑CCC‑CCCTCTACTGCGCCGAGGCCCCTGGTTTCCGATGTCCGATTCCGCACCGCAGTTGTTGCGTCACCATCGTCCTTTTCTGGCCTTCTGGCTGGCCCGCGTGTTCACCGCCAGCGGCTTCCAGATGCTCACCGTGGCCATC > NC_002947/5276857‑5277147 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |