| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,057:1 | +C | 33.3% | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,057 | 1 | . | C | 33.3% | 20.2 / 41.2 | 30 | intergenic (+140/+75) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/13); new base C (4/6); total (11/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
GGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCC > NC_002947/4585919‑4586200 | ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCACTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGc < 5:323584/149‑1 (MQ=38) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCtt < 3:44002/148‑1 (MQ=39) aCCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcggcg < 7:182735/149‑1 (MQ=39) gTGAACTGCTGTTCTGCGGTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGccc < 7:116497/149‑1 (MQ=38) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg < 6:299356/148‑1 (MQ=39) aggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 2:106313‑M1/56‑1 (MQ=255) aggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctcgcgcggccggcctcttcgcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt > 1:106313‑M1/93‑149 (MQ=255) gCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAATGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg < 6:266035/149‑1 (MQ=38) tGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGa < 4:199528/149‑1 (MQ=39) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg > 7:289150/1‑141 (MQ=38) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg < 8:289150/141‑1 (MQ=38) gcgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATg > 8:58652/1‑123 (MQ=38) gcgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATg < 7:58652/123‑1 (MQ=38) tgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 7:35576/143‑1 (MQ=38) tgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg > 8:35576/1‑143 (MQ=38) atgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg > 6:142044‑M1/76‑131 (MQ=255) atgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 5:142044‑M1/56‑1 (MQ=255) aaaGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg < 3:168119/127‑1 (MQ=38) aaaGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg > 4:168119/1‑127 (MQ=38) ccGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGaa < 2:53518/92‑1 (MQ=25) ccGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGaa > 1:53518/1‑92 (MQ=25) cGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTGGGACC‑GTGCCGGCGTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTTGGAGCGGGGTTAc > 6:151044/1‑123 (MQ=37) ggTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcggcg > 4:134354/1‑96 (MQ=25) ggTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcggcg < 3:134354/96‑1 (MQ=25) cgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg < 2:288190‑M1/59‑1 (MQ=255) cggggtgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCGGCCCCTGGTAg > 1:288190‑M1/36‑94 (MQ=255) gGGTAATCCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAg < 6:256045‑M1/95‑1 (MQ=255) gGGTAATCCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAg > 5:256045‑M1/2‑96 (MQ=255) TCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGc < 2:242253‑M1/149‑1 (MQ=255) ACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 2:167562‑M1/149‑1 (MQ=255) gggacc‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGcc > 7:55903/6‑149 (MQ=255) | GGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCC > NC_002947/4585919‑4586200 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |