Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,166,531 | A→G | 7.7% | L450P (CTG→CCG) ‡ | hrpA ← | ATP‑dependent helicase HrpA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,166,531 | 0 | A | G | 7.7% | 145.7 / 2.6 | 52 | L450P (CTG→CCG) ‡ | hrpA | ATP‑dependent helicase HrpA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/26); new base G (2/2); total (24/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 |
GATCGGCAAGCGCGCCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGACGCACGCAAATGCCCGGCTCGACCCGGCCGCAACGGCCTTTAC > NC_002947/5166386‑5166678 | gATCGGCAAGCGCGCCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGgc < 3:142761/149‑1 (MQ=255) aTCGGCAAGCGCGCCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGgcg < 4:127566/149‑1 (MQ=255) aTCGGCAAGCGCGCCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGgcg > 8:220998/1‑149 (MQ=255) ggCAAGCGCGCCAACTGGCGGCCAATCGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAg < 1:55625/149‑1 (MQ=255) gCAAGCGCGCCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCTGGGCGCaat > 5:210458/1‑147 (MQ=255) gCAAGCGCGCCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAgg > 7:172579/1‑149 (MQ=255) cAAGCGCGCCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGt < 6:130366/149‑1 (MQ=255) aaGCGCGCCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCTGGGCGCaatcg < 6:210458/149‑5 (MQ=255) gcgcCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCaa > 3:113827/1‑148 (MQ=255) gcCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGc > 3:234740/1‑144 (MQ=255) gcCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGc < 4:234740/144‑1 (MQ=255) gcCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACAt < 7:186228/149‑1 (MQ=255) cAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCt < 7:174020/149‑1 (MQ=255) aCTGGCTGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTTATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGc < 5:15426/149‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGc < 2:321878/149‑1 (MQ=255) aaTTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCAccg > 7:869/1‑149 (MQ=255) gCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCgccgcc < 8:172579/149‑1 (MQ=255) gTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTgc < 7:220998/149‑1 (MQ=255) ctcGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGt < 3:272705/140‑1 (MQ=255) ctcGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGt > 4:272705/1‑140 (MQ=255) tcGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTgcg > 8:4230/1‑146 (MQ=255) cgcgGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAg > 7:223955/1‑148 (MQ=255) gcgGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCTGCCAg > 2:47235/1‑135 (MQ=255) gcgGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCTGCCAg < 1:47235/135‑1 (MQ=255) aCCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCgg > 3:261629/1‑149 (MQ=255) cgccgAAAGCTCCTGCAACAGCGTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGt < 8:278360/149‑1 (MQ=255) ccgAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCg > 6:313226/1‑149 (MQ=255) cAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGcc > 1:23718/1‑149 (MQ=255) gTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGt > 1:115860/1‑149 (MQ=255) ttGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGtt > 4:96047/1‑149 (MQ=255) gAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTg > 2:303156/1‑148 (MQ=255) aaGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGaa < 7:4230/149‑1 (MQ=255) ccGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTc > 3:9051/1‑149 (MQ=255) ccGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTc < 2:115860/149‑1 (MQ=255) tGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCAc < 8:25633/82‑1 (MQ=255) tGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCAc > 7:25633/1‑82 (MQ=255) tGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCctct < 4:113827/146‑1 (MQ=255) gCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTa < 8:869/149‑1 (MQ=255) gCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTa < 3:96047/149‑1 (MQ=255) gCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTa < 1:303156/149‑1 (MQ=255) aTCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTg < 1:286605/124‑1 (MQ=255) aTCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTg > 2:286605/1‑124 (MQ=255) tGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGACGCACGCAAATGCCCGGc > 7:98193/1‑149 (MQ=255) ggAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGACGCACGCAAATGCCCGGCTCGAcc < 8:98193/149‑1 (MQ=255) gCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGACGCACGCAAATGCCCGGCTCGACCCGGcc < 2:23718/149‑1 (MQ=255) cATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGT‑AACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGACGCACGCAAATGCCCGGCTCGACCCGGCCg > 8:265926/1‑148 (MQ=255) aTCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGACGCACGCAAATGCCCGGCTCGACCCGGCCg > 3:55554/1‑148 (MQ=255) tCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGACGCACGCAAATGCCCGGCTCGACCCGGCCGc > 7:196493/1‑148 (MQ=255) acctGCGCCTGGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGac < 8:16422/113‑1 (MQ=255) acctGCGCCTGGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGac > 7:16422/4‑116 (MQ=255) gcgcCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGACGCACGCAAATGCCCGGCTCGACCCGGCCGCAACGGc < 4:9051/148‑1 (MQ=255) cAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGACGCACGCAAATGCCCGGCTCGACCCGGCCGCAACGGCCTTTAc < 4:261629/149‑1 (MQ=255) | GATCGGCAAGCGCGCCAACTGGCGGCCAATTGGCGTCAGCTGGTTCTCGCGGTTAACCGCCGAAAGCTCCTGCAACAGGTTGAAGCCGTCGCTGATGGCTTTGCCATCCGGCGGCTCGATGAACGGGAAGGCATCGATTGCGCCCAGGCGCAGGTGCAACATCTGCAGGATCACCGCCGCCAGGTTGGTGCGCAGAATCTCCGGGTCGGTAAACGCTGGCCGGCTGTTGAAGTCCTCTTCGCTGTAGAGACGCACGCAAATGCCCGGCTCGACCCGGCCGCAACGGCCTTTAC > NC_002947/5166386‑5166678 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |