| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,515,107 | C→G | 8.2% | E307Q (GAG→CAG) ‡ | cbpA ← | curved DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,515,107 | 0 | C | G | 8.2% | 180.1 / 6.2 | 61 | E307Q (GAG→CAG) ‡ | cbpA | curved DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/26); new base G (3/2); total (33/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
CCGTGCTCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAGGCGCTGGCCGCTCTGGCTGT > NC_002947/5514969‑5515253 | ccGTGCTCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCtt < 5:93508/148‑1 (MQ=255)ccGTGCTCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTg < 2:281154/149‑1 (MQ=255)ccGTGCTCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTg < 7:57228/149‑1 (MQ=255)ccGTGCTCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCCGAGAAAGCtg < 8:58797/148‑2 (MQ=255) cGTGCTCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTATTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTgg < 1:68041/149‑1 (MQ=255) cGTGCTCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTgg > 2:59552/1‑149 (MQ=255) cGTGCTCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTgg < 1:78711/149‑1 (MQ=255) gTGCTCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGt < 8:141945/149‑1 (MQ=255) tCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGaaa > 8:61427/1‑138 (MQ=255) tCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGaaa < 7:61427/138‑1 (MQ=255) gacgaTTTCGATCACTCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTTCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCaga < 7:269714/148‑1 (MQ=255) gacgaTTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCagag < 6:119818/149‑1 (MQ=255) gacgaTTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCagag > 5:119818/1‑149 (MQ=255) gacgaTTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCagag > 5:115707/1‑149 (MQ=255) 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acacAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCCGAGAAAGCtgcgtt > 5:330903/1‑97 (MQ=255) aGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCAt < 1:240765/136‑1 (MQ=255) aGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCAt > 2:240765/1‑136 (MQ=255) gTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTgc < 1:59552/149‑1 (MQ=255) cATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCAt > 5:309318/1‑148 (MQ=255) aTGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATa > 8:136053/1‑148 (MQ=255) tcaaGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTAACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCATTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAgg > 2:273487/4‑149 (MQ=255) tCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAg < 6:115707/148‑1 (MQ=255) tCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTAGAAACGCAGATTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAg > 1:91688/1‑149 (MQ=255) gAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGAAGATTCGTCCGACGCTGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCcgc > 3:296582/1‑149 (MQ=255) aaCGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCcgc < 8:292151/148‑1 (MQ=255) cGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGct > 5:259468/1‑149 (MQ=255) tCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTgcgc < 7:200068/129‑1 (MQ=255) tCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTgcgc > 8:200068/1‑129 (MQ=255) aGGGTGCTGCTCATGATCACTTTCTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTcc < 2:163972/148‑1 (MQ=255) ggTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTg < 8:17/66‑1 (MQ=255) ggTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTg > 7:17/1‑66 (MQ=255) ctgctCATCCTCACTTACTCCATTGTGTCCGCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGTGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCtgttt < 4:219398/148‑1 (MQ=255) tgctCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGt > 4:251583/1‑128 (MQ=255) tgctCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGt < 3:251583/128‑1 (MQ=255) tCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGc > 6:162494/1‑149 (MQ=255) ttACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCtt > 4:123054/1‑149 (MQ=255) ccATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCg > 8:129058/1‑149 (MQ=255) cATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACTCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCTGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAATGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCgg < 2:91688/149‑1 (MQ=255) cATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGccc < 6:259468/147‑1 (MQ=255) cATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCgg < 7:136053/149‑1 (MQ=255) ttGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTa > 2:133452/1‑149 (MQ=255) tCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAgg > 7:175132/1‑149 (MQ=255) gTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCGGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAGGCGCt > 8:125375/1‑149 (MQ=255) g‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCGCCCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAGGCGCTg < 1:202466/148‑1 (MQ=255) cGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAGGCGCTGGCCGc > 4:134293/1‑149 (MQ=255) gCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAGGCGCTGGCCGct > 6:290360/1‑149 (MQ=255) gCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAGGCGCTGGCCGct > 7:116016/1‑149 (MQ=255) gCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCAGAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCGGTTTGGTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTCCCCGCAGGCGATGGCCGct > 6:10159/1‑149 (MQ=255) caaGCTTTCCGAGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAGGCGCTGGCCGct > 1:240147/3‑149 (MQ=255) caaGCTTTCCGAGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAGGCGCTGGCCGct > 5:137961/3‑149 (MQ=255) tctcGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAGGCGCTGGCCGCTCTGGCt < 3:134293/148‑1 (MQ=255) cGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAGGCGCTGGCCGCTCTGGCTGt > 6:304078/1‑147 (MQ=255) | CCGTGCTCGACGATTTCGATCACGCATTCAGCCGTGACATCGGCTTCCTGACACAGGGTACGCATGTCCAGTTGAACGATCAGGGTGCTGCTCATGATCACTTACTCCATTGTGTCCTCGGGTTG‑AACGCAGCTTTCTCGGAAAGCTTGGTCCAGAGTTCGCGGGCAGATTCGTCCGACGCGGGCGGCATGACCACCTTGAGCTGCGCATAAAGGTTGCCGCGCTCTCCCTGTTTGTTCG‑CCAGGCCCTTGCCCGGTACACGCAGGCGCTGGCCGCTCTGGCTGT > NC_002947/5514969‑5515253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |