| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,617,003 | G→A | 10.3% | A153V (GCC→GTC) | msbA ← | lipid A export ATP‑binding/permease MsbA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,617,003 | 0 | G | A | 10.3% | 156.1 / 7.1 | 58 | A153V (GCC→GTC) | msbA | lipid A export ATP‑binding/permease MsbA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/29); new base A (3/3); total (26/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
TTGCTGGCGATGCTGACCATAACCGCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAATGCCACCCGCAGGTCATGCACCAGGCTCAGAGA > NC_002947/5616856‑5617139 | ttGCTGGCGATGCTGACCATAACCGCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAAGTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAgcggc > 1:103749/1‑149 (MQ=255) gCGATGCTGACCATAACCGCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCgg < 6:244866/148‑1 (MQ=255) gCGATGCTGACCATAACCGCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCgg < 3:113262/148‑1 (MQ=255) gATGCTGACCATAACCGCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGCCGCTACCGACGccat > 5:122854/1‑144 (MQ=255) gATGCTGACCATAACCGCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGCCGCTACCGACGccat < 6:122854/146‑3 (MQ=255) aCCATAACCGCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATgg < 4:89144/148‑1 (MQ=255) aCCATAACCGCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATg < 3:219888/147‑1 (MQ=255) ccataCCGCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTca > 6:184146/5‑149 (MQ=255) cGCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGTAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACATTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTg > 2:197799/1‑148 (MQ=255) gCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGaa < 2:181901/149‑1 (MQ=255) cACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGCCGCTACCGACGccatcaag < 4:207725/129‑7 (MQ=255) cACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGCCGCTACCGACGccatcaag > 3:207725/1‑123 (MQ=255) cGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATgc < 5:303307/149‑1 (MQ=255) ggCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATgcg > 3:222825/1‑149 (MQ=255) gCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAg < 3:51904/149‑1 (MQ=255) gACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGt > 3:7315/1‑149 (MQ=255) ccATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGc < 5:184146/149‑1 (MQ=255) cATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATgc > 3:163627/1‑134 (MQ=255) cATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATgc < 4:163627/134‑1 (MQ=255) cATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGcc > 3:239323/1‑149 (MQ=255) cATCACCAGGGGCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGcc < 2:103749/149‑1 (MQ=255) cAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACCTTGAAGGTGATGAGCGAAATCAGGTGCCCGGAGt > 3:292885/1‑149 (MQ=255) cAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGAGCGAAATCAGGTGCCCGGAGt > 3:288255/1‑149 (MQ=255) ggTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTtgt > 7:116038/1‑149 (MQ=255) ggTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTtgt > 7:3904/1‑149 (MQ=255) gTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGt < 8:3904/149‑1 (MQ=255) ccAGTTGATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCg > 8:114447/1‑133 (MQ=255) ccAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCg < 7:114447/133‑1 (MQ=255) gTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAg > 3:58769/1‑148 (MQ=255) tCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCgg > 6:213779/1‑149 (MQ=255) tCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCgg > 2:79850/1‑149 (MQ=255) cAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGtt > 6:278017/1‑149 (MQ=255) aaaGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTg < 4:239323/149‑1 (MQ=255) aaGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTgg < 4:222825/149‑1 (MQ=255) aGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTggg < 8:116038/149‑1 (MQ=255) aGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCaa < 5:278017/149‑1 (MQ=255) gCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGAGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACcag < 4:292885/149‑1 (MQ=255) cAAACAGGCACACCAAGGTCAGGCCTTCGCTGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGTTTACCATGGTCAAATTGAAGGTGATGAGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACcag < 4:288255/148‑1 (MQ=255) aaaCAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACcag > 6:6620/1‑147 (MQ=255) aCAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATc > 1:126965/1‑98 (MQ=255) aCAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATc < 2:126965/98‑1 (MQ=255) aGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTgg > 6:104509/1‑133 (MQ=255) aGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTgg < 5:104509/133‑1 (MQ=255) aaCACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCttgtt < 5:213779/149‑1 (MQ=255) cacGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCg > 1:161096/1‑120 (MQ=255) cacGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCg < 2:161096/120‑1 (MQ=255) tCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAATGc > 4:268016/1‑148 (MQ=255) aGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAATGCCa < 1:79850/148‑1 (MQ=255) aTCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAATGCCACCCGCAGGTCATg < 6:288036/149‑1 (MQ=255) tCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAATGCCACCCGCAGGTCATGc < 3:268016/149‑1 (MQ=255) accTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAATGCCACCCGCAGGTCATGCACCAg > 8:224976/1‑149 (MQ=255) ccTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAATGCCACCCGCAGGTCATGCACCAgg < 7:224976/149‑1 (MQ=255) ccTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAATGCCACCCGCAGGTCATGCACCAgg < 5:6620/149‑1 (MQ=255) ttGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAATGCCACCCGCAGGTCATGCACCAGGCt > 8:137545/1‑149 (MQ=255) gATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAAt > 2:182852/1‑121 (MQ=255) gATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAAt < 1:182852/121‑1 (MQ=255) cggCGCCGCTACCGACGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTgg > 6:58935/2‑93 (MQ=255) cggCGCCGCTACCGACGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTgg < 5:58935/92‑1 (MQ=255) gCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAATGCCACCCGCAGGTCATGCACCAGGCTCagaga < 4:58769/149‑1 (MQ=255) | TTGCTGGCGATGCTGACCATAACCGCAATCACCGGCAAGATGGCGACCATCACCAGGGTCAGGTGCCAGTTCATCCAAAGCAGGTAGGCAAACAGGAACACCACGGTCAGGCCTTCGCGGATCACCACCTTGATGGCGTCGGTAGCGGCGCCGGTGACCATGGTCACATTGAAGGTGATGCGCGAAATCAGGTGCCCGGAGTTGTGGTTGTCGAAGTAGCGGTTGGGCAACACCAGCAGCTTGTTGAACAATGCCACCCGCAGGTCATGCACCAGGCTCAGAGA > NC_002947/5616856‑5617139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |