| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,679,143 | A→C | 5.3% | I257L (ATC→CTC) | bioA → | adenosylmethionine‑‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase BioA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,679,143 | 0 | A | C | 5.3% | 278.6 / 4.4 | 89 | I257L (ATC→CTC) | bioA | adenosylmethionine‑‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase BioA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/43); new base C (2/3); total (42/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
GCCGAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACAAGGTGTACCA > NC_002947/5678999‑5679285 | gCCGAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATc < 5:222213/147‑1 (MQ=255)gCCGAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGc < 2:237814/149‑1 (MQ=255) ccGAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGcc < 7:18506/149‑1 (MQ=255) cGAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCg > 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acGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATTGCCGTGGGCTTc > 2:295649/1‑149 (MQ=255) acGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTc < 6:7628/149‑1 (MQ=255) acGCCTCGACCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCtgc > 4:75180/1‑147 (MQ=255) cGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCg < 8:31729/149‑1 (MQ=255) gCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGGCGATCTCGTCGTggataaggt < 6:272878/149‑8 (MQ=255) 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2:207759/142‑1 (MQ=255) acgacgAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACaa > 1:207759/1‑142 (MQ=255) gacgaGATTGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACAAGGTGTACCa < 1:295649/149‑1 (MQ=255) | GCCGAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACAAGGTGTACCA > NC_002947/5678999‑5679285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |