| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,679,147 | C→T | 5.7% | A258V (GCC→GTC) | bioA → | adenosylmethionine‑‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase BioA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,679,147 | 0 | C | T | 5.7% | 266.7 / 3.6 | 88 | A258V (GCC→GTC) | bioA | adenosylmethionine‑‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase BioA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/42); new base T (2/3); total (43/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
GCCGAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACAAGGTGTACCAGGCGTTCTA > NC_002947/5678999‑5679294 | gCCGAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGc < 2:237814/149‑1 (MQ=255) ccGAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGcc < 7:18506/149‑1 (MQ=255) cGAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCg > 8:44885/1‑149 (MQ=255) gAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCTAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGt < 3:172709/149‑1 (MQ=255) gAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGt > 1:9633/1‑149 (MQ=255) acacCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGGCGATCTCGTCGTgg < 7:83396/149‑1 (MQ=255) cacGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGGCGATCTCGTCGTggat > 5:272878/1‑145 (MQ=255) cacGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCATGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCtt > 6:262500/1‑149 (MQ=255) acGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATTGCCGTGGGCTTc > 2:295649/1‑149 (MQ=255) acGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTc < 6:7628/149‑1 (MQ=255) acGCCTCGACCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCtgc > 4:75180/1‑147 (MQ=255) cGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCg < 8:31729/149‑1 (MQ=255) gCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGGCGATCTCGTCGTggataaggt < 6:272878/149‑8 (MQ=255) gATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCa > 1:242311/1‑149 (MQ=255) aTCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCAc > 4:215374/1‑149 (MQ=255) tCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGCCTTCGGCCGCAcc > 3:281801/1‑149 (MQ=255) ccGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACg < 6:163352/149‑1 (MQ=255) tcgtcgAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTc < 7:119726/149‑1 (MQ=255) 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gCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAg > 3:292602/1‑148 (MQ=255) cTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGc > 5:100644/1‑148 (MQ=255) aTACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAg < 3:215374/148‑1 (MQ=255) aTACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGc > 3:278418/1‑149 (MQ=255) tACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGTGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGcc > 6:129148/1‑149 (MQ=255) tACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGc < 5:230911/140‑1 (MQ=255) tACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGc > 6:230911/1‑140 (MQ=255) cAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCg < 8:126550/148‑1 (MQ=255) gggTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCa > 7:11079/1‑149 (MQ=255) gggTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCa > 5:198977/1‑149 (MQ=255) 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cTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGAc > 2:314127/1‑147 (MQ=255) aTCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACAAg < 8:11079/147‑1 (MQ=255) cACGGCGATCTCGTCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAgg > 6:283288/1‑94 (MQ=255) cACGGCGATCTCGTCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAgg < 5:283288/94‑1 (MQ=255) cACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACcggcg < 2:264572/106‑1 (MQ=255) cACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACcggcg > 1:264572/1‑106 (MQ=255) acgacgAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACaa < 2:207759/142‑1 (MQ=255) acgacgAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACaa > 1:207759/1‑142 (MQ=255) gacgaGATTGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACAAGGTGTACCa < 1:295649/149‑1 (MQ=255) gCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACAAGGTGTACCAGGCGTTCTa < 7:8458/149‑1 (MQ=255) gCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACAAGGTGTACCAGGCGTTCTa > 8:63707/1‑149 (MQ=255) | GCCGAACACCACGCCTCGATCAGCGCCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCCGGATTTCCTGTGCCTGTCCAAGGCCCTGACCGGCGGCTACCTGCCGCTGGCCGCCTGCCTGACCACCGACAAGGTGTACCAGGCGTTCTA > NC_002947/5678999‑5679294 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |