Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 591,082 | T→C | 6.8% | V110A (GTG→GCG) | PP_0501 → | NAD‑dependent epimerase/dehydratase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 591,082 | 0 | T | C | 6.8% | 168.2 / 2.8 | 59 | V110A (GTG→GCG) | PP_0501 | NAD‑dependent epimerase/dehydratase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/29); new base C (2/2); total (28/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.74e-01 |
CTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTG > NC_002947/590940‑591224 | cTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATgg < 5:4748/149‑1 (MQ=255) gTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGt < 1:307548/149‑1 (MQ=255) gTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGt > 6:5891/1‑149 (MQ=255) tCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCACGCGCATGGcttc < 8:260909/149‑4 (MQ=255) aCTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTTCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTgcg > 8:186801/1‑149 (MQ=255) aCTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCACGCGCATGGcttcg < 4:284117/148‑5 (MQ=255) tCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGcc > 8:27595/1‑149 (MQ=255) gCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGGGCATCTGGCGGCGGTAGCGGCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGt < 3:223792/149‑1 (MQ=255) cTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTg < 2:46561/149‑1 (MQ=255) tGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTg > 8:116053/1‑148 (MQ=255) cGGCTGGCTGCCGTGCGGTGGTTCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTTCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAAAGTTTGCGAAGCCATTCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGctc < 7:195515/149‑1 (MQ=255) tgCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTc < 6:222757/149‑1 (MQ=255) gtgCATCTGGCGGCGGTAGCGTCTGTTCAGGCATCGGTCGAAGTCCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCggg < 7:136462/124‑1 (MQ=255) tgCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGAGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGgtg > 7:214311/1‑149 (MQ=255) tGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACgg > 3:91602/1‑148 (MQ=255) cggTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAAt < 6:147015/149‑1 (MQ=255) ggTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATg < 5:5891/149‑1 (MQ=255) tAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGgt < 1:125383/133‑1 (MQ=255) tAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGgt > 2:125383/1‑133 (MQ=255) cGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGcaac > 7:307290/1‑140 (MQ=255) cGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGcaac < 8:307290/140‑1 (MQ=255) cGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATg > 3:19893/1‑144 (MQ=255) cGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATg < 4:19893/144‑1 (MQ=255) gTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTc > 8:246231/1‑108 (MQ=255) gTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAgggg > 7:77950/1‑148 (MQ=255) ggCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTgc > 1:319932/1‑89 (MQ=255) ggCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTgc < 2:319932/89‑1 (MQ=255) gAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCTCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGa < 3:119183/149‑1 (MQ=255) gAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAg > 4:57977/1‑130 (MQ=255) gAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAg < 3:57977/130‑1 (MQ=255) gAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGa > 7:99221/1‑149 (MQ=255) cccGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACGCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGc < 4:311871/149‑1 (MQ=255) ccGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGc > 1:276609/1‑148 (MQ=255) ggTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCaa < 6:7891/149‑1 (MQ=255) gTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGgcg < 8:214311/149‑1 (MQ=255) gTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGgcg < 7:27595/149‑1 (MQ=255) accaGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGcc < 8:76630/145‑1 (MQ=255) accaGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGcc > 7:76630/1‑145 (MQ=255) accaGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGtt > 7:163049/1‑148 (MQ=255) accaGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGtt > 6:122097/1‑148 (MQ=255) gagTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTcc > 4:91737/1‑121 (MQ=255) gagTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTcc < 3:91737/121‑1 (MQ=255) gagTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGAccc < 7:186801/149‑1 (MQ=255) aCTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTAt < 8:77950/149‑1 (MQ=255) tACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGAc > 7:135847/1‑148 (MQ=255) ccTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGc > 5:307607/1‑149 (MQ=255) ccTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGc > 2:281590/1‑149 (MQ=255) tCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTg > 7:53505/1‑149 (MQ=255) aaCGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTCGACAAGCTg < 7:116053/147‑1 (MQ=255) tGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTg < 8:135847/148‑1 (MQ=255) gcacgCCATGCACGCGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAg > 3:185152/5‑148 (MQ=255) cGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAg < 6:307607/148‑1 (MQ=255) acgCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAg > 4:138384/3‑149 (MQ=255) acgCCATGCACGCGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAg > 2:279354/3‑149 (MQ=255) aaGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAg < 8:163049/149‑1 (MQ=255) gCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGt > 7:43012/1‑125 (MQ=255) gCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGt < 8:43012/125‑1 (MQ=255) gCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCACCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACTAGCTGGCCAGTGAGCAGTa > 8:121208/1‑149 (MQ=255) tGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTg < 5:122097/149‑1 (MQ=255) | CTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTG > NC_002947/590940‑591224 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |