Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,793,885 | A→G | 7.0% | F1339L (TTT→CTT) | gltB ← | L‑glutamate synthase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,793,885 | 0 | A | G | 7.0% | 162.2 / 2.7 | 58 | F1339L (TTT→CTT) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/29); new base G (2/2); total (27/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
CCAGAACCGAAGTTGTAACCGGTCTTGCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTCGCCTTCCAG > NC_002947/5793737‑5794032 | ccAGAACCGAAGTTGTAACCGGTCTTGCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCaaa < 2:81502/149‑1 (MQ=255) gAAGTTGTAACCGGTCTTGCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTgc > 5:172023/1‑149 (MQ=255) gTTGTAACCGGTCTTGCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTgccgc > 7:209419/1‑149 (MQ=255) aCCGGTCTTGCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTg < 3:275165/148‑1 (MQ=255) cccAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAGCTGTTTgccgca < 6:11039/134‑2 (MQ=255) cccAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAGCTGTTTgccgca > 5:11039/1‑133 (MQ=255) ccAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTAcagg > 1:2959/1‑149 (MQ=255) ccAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTAcagg < 3:132988/149‑1 (MQ=255) cAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTAcaggc < 5:334907/149‑1 (MQ=255) gAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTAcaggcag < 4:85152/149‑1 (MQ=255) gAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCACCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTAcaggcag < 1:191501/149‑1 (MQ=255) gCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTCCAGGCAGgtgt > 8:138845/1‑149 (MQ=255) aGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTCGCACCGTACAGGCAGgtctag > 5:334923/1‑145 (MQ=255) aaGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCcgac > 1:154230/1‑149 (MQ=255) cgccgGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGGCGATg < 2:25741/149‑1 (MQ=255) ttCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGc < 1:187446/108‑1 (MQ=255) ttCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGc > 2:187446/1‑108 (MQ=255) tCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGAGCCGGAGTAACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAACCCGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTCTGCTGCGt > 8:213833/1‑149 (MQ=255) acaGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCAGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATCGCGCTGTGCTGGGttt > 7:94082/1‑149 (MQ=255) cagTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGaa > 3:90909/1‑149 (MQ=255) aTCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACggg < 4:166001/148‑1 (MQ=255) ccTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTggc > 5:292438/1‑149 (MQ=255) tCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTggcgg > 5:300338/1‑149 (MQ=255) tCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTggcgg > 3:158909/1‑149 (MQ=255) gACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCa > 7:189427/1‑149 (MQ=255) aacaGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCTCGa < 7:159679/149‑1 (MQ=255) aacaGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGa > 7:4780/1‑149 (MQ=255) aacaGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGa > 1:311280/1‑149 (MQ=255) caGCATGGGCGCCGGAGTTCCGGACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGGCCCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTGCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATg < 5:86233/149‑1 (MQ=255) gCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGt < 2:311280/149‑1 (MQ=255) tGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGAc > 5:199429/1‑149 (MQ=255) ggCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCt > 4:177256/1‑149 (MQ=255) gcCGCAGTTACGCCCAGCGCAGCGCTCGCCCGCCGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGCCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGc < 4:269543/149‑1 (MQ=255) ggAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCAc < 2:154230/149‑1 (MQ=255) ggAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCAc > 1:35931/1‑149 (MQ=255) gccaCGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCCGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGCCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCgg < 8:205863/146‑1 (MQ=255) ttACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGt < 2:2959/149‑1 (MQ=255) aCGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCAGCGGCAAACAGATTGCCGCCAGTGGGACAGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTCGGTTTCGAACGCGCTGCCGGCTGGCGGCACGAAGGTGACCTTTCCACCGGTCa > 1:91622/1‑149 (MQ=255) cGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCAt < 4:90909/149‑1 (MQ=255) cGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCAt < 2:35931/149‑1 (MQ=255) tACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGc < 8:98962/149‑1 (MQ=255) cGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTg < 6:199429/149‑1 (MQ=255) cGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGGTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTg > 6:136510/1‑149 (MQ=255) gAAGCGCTAGGCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGATTGCCGCCTGTGGCACCGTACTGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCTGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGc < 8:94082/149‑1 (MQ=255) aGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGAcc < 1:328915/125‑1 (MQ=255) aGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGAcc > 2:328915/1‑125 (MQ=255) cgcTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGAc < 6:292438/149‑1 (MQ=255) gCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCTGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCtt < 4:14455/116‑1 (MQ=255) gCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCtt > 3:14455/1‑116 (MQ=255) gCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGGGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGtt < 6:329897/149‑1 (MQ=255) cAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTg < 8:4780/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCAGCTTTCAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCTGCGCGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTc < 6:334923/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTc < 7:138845/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTc > 2:189063/1‑149 (MQ=255) tggCGGCAAGCTGTTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTggc > 6:112051/3‑92 (MQ=255) tggCGGCAAGCTGTTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTggc < 5:112051/90‑1 (MQ=255) ggCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCAc < 5:135980/110‑1 (MQ=255) ggCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCAc > 6:135980/1‑110 (MQ=255) cAAACAGCTTCCCGCCAGGGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTCGCCTTcc < 6:279865/149‑1 (MQ=255) aaaCAGCTTGCCGCAAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCGGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTCGCCTTCCa < 7:213833/149‑1 (MQ=255) aaCAGCTTGCCGCCAGTTGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGTTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGGGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTCGCCTTCCAg < 6:172023/149‑1 (MQ=255) | CCAGAACCGAAGTTGTAACCGGTCTTGCCCAGAACGCAGACAAAGCCGCCGGTCATGTATTCACAGCAGTGATCGCCAGTGCCCTCGACAACAGCATGGGCGCCGGAGTTACGTACAGCGAAGCGCTCGCCCGCAGTACCTGCGGCAAACAGCTTGCCGCCAGTGGCACCGTACAGGCAGGTGTTGCCGACGATGGCGCTGTGCTGGGTTTCGAACGGGCTGCCGGCTGGCGGCACGATGGTGACCTTGCCACCGGTCATGCCTTTGCCGACGTAATCGTTGGCGTCGCCTTCCAG > NC_002947/5793737‑5794032 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |