Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,800,955 | G→A | 7.1% | D7D (GAC→GAT) | aroB ← | 3‑dehydroquinate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,800,955 | 0 | G | A | 7.1% | 165.5 / 2.3 | 56 | D7D (GAC→GAT) | aroB | 3‑dehydroquinate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/24); new base A (2/2); total (30/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCTTGCTCAGGCGTTCGAGATACAGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACGGGGCGGCAACTGCTGCAAGCG > NC_002947/5800809‑5801098 | gCCTTGCTCAGGCGTTCGAGATACAGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTc > 8:57029/1‑149 (MQ=255) ccTTGCTCAGGCGTTCGAGATACAGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCg > 8:302670/1‑149 (MQ=255) gCTCAGGCGTTCGAGATACAGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCt > 5:27430/1‑149 (MQ=255) aGGCGTTCGAGATACAGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTa < 7:51114/148‑1 (MQ=255) ggCGTTCGAGATACAGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAgt < 4:90206/149‑1 (MQ=255) agaTACAGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCAt > 4:27519/1‑149 (MQ=255) aTACAGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATg > 4:283932/1‑148 (MQ=255) aCAGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTAt > 3:254876/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGGCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATc < 3:283932/149‑1 (MQ=255) aGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATcc > 7:181091/1‑149 (MQ=255) aGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGATCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATcc > 6:22769/1‑149 (MQ=255) aGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGATCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATcc > 6:27473/1‑149 (MQ=255) gcggcgCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATccc > 7:81209/1‑149 (MQ=255) gcggcgCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGATCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATccc < 5:22769/149‑1 (MQ=255) gcggcgCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGATCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATccc < 5:27473/149‑1 (MQ=255) gTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTgg < 8:181091/147‑1 (MQ=255) gTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTgg < 7:57029/147‑1 (MQ=255) agaccttGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCCGCAGCTCTGGCTGGTCCAGCTGGCCTTCGCCAATTTATATCGGGTAGCTAGGCTCGCCATGGTCTTCCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACaa < 1:19078/127‑1 (MQ=255) agaCGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGAAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACaa > 2:19078/1‑133 (MQ=255) aTGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCAt > 6:142616/1‑149 (MQ=255) cTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGCCCTTTAGTGTCTGCATGTATCCGCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCggcggc > 5:21493/1‑149 (MQ=255) gCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCt > 6:273901/1‑149 (MQ=255) gACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTgcg < 5:142616/149‑1 (MQ=255) ccGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGATCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCgg > 6:319048/1‑149 (MQ=255) cGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGt < 3:27519/149‑1 (MQ=255) gCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGt > 4:289333/1‑148 (MQ=255) aTGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACg > 6:149287/1‑149 (MQ=255) tgcgcggcgCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAgt > 2:315605/4‑86 (MQ=255) tgcgcggcgCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAgt < 1:315605/83‑1 (MQ=255) cgcCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAgcct < 5:149287/149‑1 (MQ=255) agcTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGcctcgcctcg < 4:254876/149‑1 (MQ=255) cAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGgcgc > 2:137303/1‑149 (MQ=255) cAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGgcct > 3:290706/1‑147 (MQ=255) cagcagGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGcc > 7:162996/1‑147 (MQ=255) cagcagGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCga < 8:81209/149‑1 (MQ=255) cagcagGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCCCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCga < 7:302670/149‑1 (MQ=255) agcagGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGcc > 5:152681/1‑146 (MQ=255) gCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGa < 3:191176/137‑1 (MQ=255) gCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGa > 4:191176/1‑137 (MQ=255) gCCAATGTAGAGCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCgg < 6:48119/149‑1 (MQ=255) ccAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCggg < 5:273901/149‑1 (MQ=255) tAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAAc < 3:289333/148‑1 (MQ=255) gATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACggg > 6:311489/1‑149 (MQ=255) gATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTAGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACggg > 7:209808/1‑149 (MQ=255) gATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTACATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGACTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACggg > 4:28460/1‑149 (MQ=255) tCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACGGggc < 5:311489/149‑1 (MQ=255) gggTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGATCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACGGggcg < 5:319048/148‑1 (MQ=255) gTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACGGggcggc > 6:322382/1‑148 (MQ=255) aGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACGGGGCGGCaa < 8:209808/148‑1 (MQ=255) gCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACGGGGCGGCAAc < 8:162996/148‑1 (MQ=255) cTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCt < 6:54887/78‑1 (MQ=255) cTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCt > 5:54887/1‑78 (MQ=255) cTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACGGGGCGGCAActg < 6:152681/149‑1 (MQ=255) cccAGGTCGACCTTTTGTGTCTGCATTTATCCCCACAATTTACTTGGGCGCGGCGCCTTCTGGCGGCCTGCGTGGTAACGTTTTTCCTCGCCTCGGCGCTGTAGGCCGAGAATATTCCCGGGTTTAAGGGGCGGCAACTGCTGCAAgcg < 7:49112/149‑1 (MQ=255) cccAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACGGGGCGGCAACTGCTGCAAgcg > 5:74161/1‑149 (MQ=255) cccAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATACCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACGGGGCGGCAACTGCTGCAAgcg > 5:207305/1‑149 (MQ=255) | GCCTTGCTCAGGCGTTCGAGATACAGCGGCGCGACGGTCTCGTTGGAGACGATGGCAACCTGCCGACCCGCAATGTGCGGCGCCAGCAGCTCAGGCTGGTCCAGCAGGCCTTCGCCAATGTAGATCGGGTAGCTACGCTCGCCCAGGTCGACCTTTAGTGTCTGCATGTATCCCCACAATGTACTTGGGCGCGGCGCCATCCGGCGGCCTGCGCGGTAACGTTGAGCCTCGCCTCGGCGCTGGAGGCCGAGAATAGTCCCGGGTTAACGGGGCGGCAACTGCTGCAAGCG > NC_002947/5800809‑5801098 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |