Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,874,820 | A→C | 11.1% | S451A (TCG→GCG) ‡ | ilvA‑II ← | threonine deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,874,820 | 0 | A | C | 11.1% | 125.2 / 8.4 | 47 | S451A (TCG→GCG) ‡ | ilvA‑II | threonine deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/21); new base C (2/3); total (23/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 |
GGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGACGAATATGCAGCTTGGCCAATTCGTT > NC_002947/5874677‑5874967 | ggCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCgaga < 6:149007/146‑1 (MQ=255) ggCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCgaga > 5:149007/1‑146 (MQ=255) cGGGTGTTCGGTCTCGTCCCGGTACGGGTTACCGCTCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCCGGTGAAGTTCGTCCTCCGGCCCCTGCAGCCCAGCAACCACGCGGCCGTCAGCAGCGCCATGGTTTCGGTAGTCGAACATCGAGATGTTc > 4:101733/1‑148 (MQ=255) gggTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCa > 4:140996/1‑149 (MQ=255) gTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCt > 4:148092/1‑149 (MQ=255) tCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGGGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCtt < 8:174916/149‑1 (MQ=255) ccAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCttgt > 4:226704/1‑149 (MQ=255) cGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAgg > 6:259930/1‑148 (MQ=255) gggTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGaa < 3:148092/149‑1 (MQ=255) ccGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCATCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGaa < 4:191594/149‑1 (MQ=255) ccGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGaa < 4:116323/149‑1 (MQ=255) ttGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGc > 5:137166/1‑149 (MQ=255) ggCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTg < 5:135362/146‑1 (MQ=255) gCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGccc < 1:5383/148‑1 (MQ=255) aGCGCTGCCTGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTgg < 3:226704/149‑1 (MQ=255) cGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCgg < 6:243040/149‑1 (MQ=255) ggCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCggg < 5:68095/149‑1 (MQ=255) ccAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAAt < 3:216792/149‑1 (MQ=255) aGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTc < 8:54946/149‑1 (MQ=255) tGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGaa < 3:140996/149‑1 (MQ=255) gACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAg < 5:259930/149‑1 (MQ=255) gTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGc < 7:150146/121‑1 (MQ=255) gTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGc > 8:150146/1‑121 (MQ=255) ttCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAgcg > 4:170200/1‑147 (MQ=255) tccGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCAt > 4:79544/1‑149 (MQ=255) cGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGTGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCAttt > 6:31255/1‑149 (MQ=255) cTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGCAGCGCAGCACCATTTCGTCGc > 8:228151/1‑149 (MQ=255) ccccGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCAc < 3:170200/149‑1 (MQ=255) ccGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCgcagc > 7:56236/1‑128 (MQ=255) ccGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCgcagc < 8:56236/128‑1 (MQ=255) cgcgCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTCCGGTAGTGGAACATCGAGATCTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTgg > 3:40537/1‑149 (MQ=255) gcgcCCCTCAGCCGCGCCTTGGTTGCGGTCGTGGAACTTCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGACGATGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGCATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGgc < 4:40537/149‑1 (MQ=255) cccGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGa < 8:169121/141‑1 (MQ=255) cccGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGa > 7:169121/1‑141 (MQ=255) ccGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCata > 4:262744/1‑149 (MQ=255) gcCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGAc > 7:260206/1‑149 (MQ=255) gcCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGAc < 4:112550/149‑1 (MQ=255) gTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGACGAatat > 8:250869/1‑149 (MQ=255) ggTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGACGAATATGCAGc > 1:105795/1‑149 (MQ=255) tAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGTCCGAGTGGCCGCCGACCATATGACGaa < 2:208957/139‑1 (MQ=255) tAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGACCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGACGaa > 1:208957/1‑139 (MQ=255) ctGGAACATCTCGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGtt > 7:236613/2‑48 (MQ=37) ctGGAACATCTCGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGtt < 8:236613/47‑1 (MQ=37) tGGAACATCTCGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTtc < 4:5098/95‑1 (MQ=255) tGGAACATCTCGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCatat > 5:336820/1‑130 (MQ=255) tGGAACATCTCGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCatat < 6:336820/130‑1 (MQ=255) tGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGACGAATATGCAGCTTGGc < 7:250869/149‑1 (MQ=255) aTCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGACGAATATGCAGCTTGGCCAATTc > 3:276708/1‑149 (MQ=255) cGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGACGAATATGCAGCTTGGCCAATTCGt > 1:76927/1‑149 (MQ=255) agaTGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGACGAATATGCAGCTTGGCCAATTCGtt < 5:153142/148‑1 (MQ=255) agaTGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGAACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGACGAATATGCAGCTTGGCCAATTCGtt > 6:153142/1‑148 (MQ=255) | GGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGTACGGGTAACCGATCTTGGCCAGCGCTGCCGGCACCAGGTGACGTTCGTCCTCCGGCACCTGCAGCCCCGCCACCACGCGCCCGTCAGCCGCGCCATGGTTGCGGTAGTGGAACATCGAGATGTTCCAGCGCCCGCCCAGCTTGTTGAGGAAGTTGAACAGTGCCCCTGGCCGCTCGGGGAATTCGAAGCGCAGCACCATTTCGTCGCTGGCACCGGCCGAGTGGCCGCCGACCATATGACGAATATGCAGCTTGGCCAATTCGTT > NC_002947/5874677‑5874967 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |