Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,940,938 | C→T | 7.0% | A259A (GCC→GCT) | yhhJ → | translation‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,940,938 | 0 | C | T | 7.0% | 166.3 / 2.2 | 57 | A259A (GCC→GCT) | yhhJ | translation‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base T (2/2); total (28/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 |
CTGCCGCTGACCGCGCTGGAGATCATGCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGATGCTGTTGCTGTCCGGCGGCAGCACACCTCTGGACAGTA > NC_002947/5940792‑5941086 | ctgcCGCTGACCGCGCTGGAGATCATGCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGt < 3:159665/149‑1 (MQ=255) ctgcCGCTGACCGCGCTGGAGATCATGCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGAGCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCATAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGt < 8:278275/149‑1 (MQ=255) ccGCTGACCGCGCTGGAGATCATGCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCTGTGAc > 1:164591/1‑149 (MQ=255) cGCTGACCGCGCTGGAGATCATGCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGAcc > 7:174566/1‑149 (MQ=255) gACCGCGCTGGAGATCATGCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCgcgc > 7:261970/1‑149 (MQ=255) aCCGCGCTGGAGATCATGCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCt < 7:141089/149‑1 (MQ=255) aTCATGCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAATGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGTGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGc < 8:261970/149‑1 (MQ=255) aTCATGCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGc < 7:170702/149‑1 (MQ=255) tGCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGt < 6:275051/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGGTCGCCAGTa > 6:66081/1‑149 (MQ=255) tGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACa > 6:35338/1‑149 (MQ=255) aaGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCt > 2:48378/1‑149 (MQ=255) gcagcaACGCGCTGGTGGTCGAGATCTCCACCTGGATTTCGTTGGAGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCTGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCAtt > 8:298329/1‑149 (MQ=255) gcaACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCTGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTc < 2:164591/149‑1 (MQ=255) aaCGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCt > 6:318842/1‑149 (MQ=255) tggtggtgATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTg > 8:123435/1‑149 (MQ=255) gtggtgATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGgc < 7:161524/149‑1 (MQ=255) tgATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGgcgcgc < 5:35338/149‑1 (MQ=255) gCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGc > 3:285962/1‑103 (MQ=255) gCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGc < 4:285962/103‑1 (MQ=255) cACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGa < 6:87714/146‑1 (MQ=255) ccTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGAcgccg < 1:48378/149‑1 (MQ=255) cTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGAcgccg > 4:314886/1‑148 (MQ=255) tGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCACGCTCGACGCCGCa > 3:214728/1‑149 (MQ=255) gATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGt > 1:24734/1‑149 (MQ=255) tttCGTTCGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTc > 6:121226/1‑149 (MQ=255) gtggtAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCctgc < 2:304818/148‑1 (MQ=255) tggtAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCt > 4:7320/1‑97 (MQ=255) tggtAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCt < 3:7320/97‑1 (MQ=255) gtAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCa > 2:15631/1‑85 (MQ=255) gtAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCa < 1:15631/85‑1 (MQ=255) aGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGa > 8:32324/1‑149 (MQ=255) tcgtcAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCACGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATc < 4:214728/149‑1 (MQ=255) gtcAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATccc > 8:99355/1‑149 (MQ=255) tcAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCg > 5:236485/1‑149 (MQ=255) aaaGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGt < 6:236485/149‑1 (MQ=255) aaGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTg < 2:24734/149‑1 (MQ=255) gTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGc > 5:6871/1‑136 (MQ=255) gTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGc < 6:6871/136‑1 (MQ=255) aCTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATcc > 1:294216/1‑149 (MQ=255) cTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATccc < 7:99355/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCAACCCGAtgctgt > 1:317505/1‑149 (MQ=255) ccGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGAtgctgtt < 5:318842/149‑1 (MQ=255) cGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGAtgctg < 4:317702/146‑1 (MQ=255) cGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGAtgctg > 3:317702/1‑146 (MQ=255) gCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCctgctg > 2:101120/1‑110 (MQ=255) gCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCctgctg < 1:101120/110‑1 (MQ=255) tCGATGGGGCTGTTCCTGGCTGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGATGCTGTTGCTGTCcggcgg < 7:298329/149‑1 (MQ=255) tCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGAtgctgt < 1:110286/136‑1 (MQ=255) tCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGAtgctgt > 2:110286/1‑136 (MQ=255) gATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGATGCTGTTGCTGTCCGGCGgca < 2:317505/149‑1 (MQ=255) ggCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCctgctg > 6:98515/1‑101 (MQ=255) ggCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCctgctg < 5:98515/101‑1 (MQ=255) gCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGATGCTGTTGCTGTCCGGCGGCAGCacac < 7:32324/149‑1 (MQ=255) gCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGATGCTGTTGCTGTCCGGCGGCAGCacac > 6:84623/1‑149 (MQ=255) tCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGATGCTGTTGCTGTCCGGCGGCAGCACACCTCTg > 5:233997/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGATGCTGTTGCTGTCCGGCGGCAGCACACCTCTg < 8:174566/148‑1 (MQ=255) cGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGATGCTGTTGCTGTCCGGCGGCAGCACACCTCTGGACAGTa < 5:84623/149‑1 (MQ=255) | CTGCCGCTGACCGCGCTGGAGATCATGCTGGCCAAGATCGGCAGCAACGCGCTGGTGGTGGTGATCTGCACCTGGATTTCGTTGGTGGTAGTCGTCAAAGGTGCACTGGGCGTGCCGCTGTCTGGCTCGATGGGGCTGTTCCTGGCCGTGACCGCGCTGTACCTGTTCGCCAGTACATCGCTGGGCATTTTCCTCGCCACCCTGGCGCGCTCGACGCCGCAGTTCGGCCTGCTGGCGATCCCGGTGATCATCCCGATGCTGTTGCTGTCCGGCGGCAGCACACCTCTGGACAGTA > NC_002947/5940792‑5941086 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |