Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 680,070 | C→T | 100% | R319R (CGC→CGT) | PP_0582 → | thiolase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 680,070 | 0 | C | T | 100.0% | 161.2 / ‑6.8 | 49 | R319R (CGC→CGT) | PP_0582 | thiolase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (22/26); minor base A (1/0); total (23/26) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GGCAGCGAGGCGTGGGCGCAGCAGCAGGGGTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGCAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCAAGGCCTGGGAAGATGCCGATTACTGCCGTGAACGGTTGGGCCTGGAGGCGCCGCTTGGCGCGATCGACC > NC_002947/679927‑680215 | ggCAGCGAGGCGTGGGCGCAGCAGCAGGGGTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATgg > 7:117717/1‑149 (MQ=255) ggCAGCGAGGCGTGGGCGCAGCAGCAGGGGTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGACGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATgg < 1:60144/149‑1 (MQ=255) cAGCGAGGCGTGGGCGCAGCAGCAGGGGTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGGGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGcc > 1:4760/1‑149 (MQ=255) gAGGCGTGGGCGCAGCAGCAGGGGTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGAc > 2:147261/1‑149 (MQ=255) aGGCGTGGGCGCAGCAGCAGGGGTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACg < 5:177112/149‑1 (MQ=255) gggCGCAGCAGCAGGGGTTGGAGGTGCTTGCGTTTCTGGTCGATGGCTATACCGCTGGGGTTGATTTTGTGTCGGGGCGCTAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGTCACGTAATGGCGTGACGGTGCAg < 8:199647/149‑1 (MQ=255) ggCGCAGCAGCAGGGGTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAAt > 1:146365/1‑133 (MQ=255) ggCGCAGCAGCAGGGGTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAAt < 2:146365/133‑1 (MQ=255) cgcAGCAGCAGGGGTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGAc > 3:271863/1‑149 (MQ=255) ggggTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACttt > 1:66454/1‑142 (MQ=255) ggggTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCGGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACttt < 2:66454/142‑1 (MQ=255) tGCAGGTGCTTGCATATCTGGTCGATGCCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGAGCGAAGGGATGTTGAAGGCGACGGTGTATGCCGTTCCGCCCTTGCTGGCACGAAATGGCCTGACGATGCAGGACTTTGACTACTAAGaa > 2:114488/1‑149 (MQ=255) gCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGTCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCGTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGaaa > 7:245348/1‑149 (MQ=255) gCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGaaa > 4:321829/1‑149 (MQ=255) cAGGTGCTTGCCTATATGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTCTCACTGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATCCCGAGCCGCGCATTCTGCCACGTAATGGCCTGAGGCTGCAGGACTTTGACTACTACGaaa > 8:201960/1‑148 (MQ=255) ggcgCTTGCCTATCTGGTCGAGGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATcc < 2:21137/146‑1 (MQ=255) gTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCa > 6:9429/1‑149 (MQ=255) gCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCACTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCAc > 4:23052/1‑148 (MQ=255) ccTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGcc < 8:119359/149‑1 (MQ=255) cTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGcc > 3:48075/1‑148 (MQ=255) cTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGcc < 4:48075/148‑1 (MQ=255) ggTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCgg > 5:43023/1‑149 (MQ=255) gTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGaaa < 3:216964/130‑1 (MQ=255) gTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGaaa > 4:216964/1‑130 (MQ=255) tCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGcc < 3:1678/149‑1 (MQ=255) gATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCa < 1:322858/149‑1 (MQ=255) gCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGt < 2:4760/148‑1 (MQ=255) gCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTg < 8:117717/149‑1 (MQ=255) aaCCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCtgt < 1:147261/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCGGGGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGc < 6:281538/149‑1 (MQ=255) cGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCa < 2:169449/149‑1 (MQ=255) gTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCaa < 5:9429/149‑1 (MQ=255) ggATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTg < 2:93291/122‑1 (MQ=255) ggATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTg > 1:93291/1‑122 (MQ=255) ttGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCACTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCAAGGCCTg < 3:23052/148‑1 (MQ=255) aCGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCAAGGCCTggg > 5:239525/1‑145 (MQ=255) 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cGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCATGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCAAGGCCTGGGAAGATGCCGATTACTGCCGTGAACGGTTGGGc < 6:43023/149‑1 (MQ=255) cgtgccgCGCTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCAAGGCCTGGGAAGATGCCGATTACTGCCGTGAACGGTTgg > 2:253219/1‑137 (MQ=255) gcgcTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCAAGGCCTGGGAAGATGCCGATTACTGCCGTGAACGGTTGGGCCTGGAGGCGCCGCTTg > 4:250332/1‑149 (MQ=255) gcTTGCTGGCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGATGTGCACGCTCAAGGCCTGGGAAGATGCCGATTACTGCCCTGAACGGTTGGGCCTGGAGGCGCCGGTTGgc < 4:113821/149‑1 (MQ=255) gCACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCAAGGCCTGGGAAGATGCCGATTACTGCCGTGAACGGTTGGGCCTGGAGGCGCCGCTTGGCGCGATCGa > 3:271816/1‑149 (MQ=255) cACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCAAGGCCTGGGAAGATGCCg > 3:253588/1‑99 (MQ=255) cACGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCAAGGCCTGGGAAGATGCCg < 4:253588/99‑1 (MQ=255) aCGTAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCAAGGCCTGGGAAGATGCCGATTACTGCAGTGAAAGGTTGGGCCTGGAGGCGCCGCTTGGCGCGATCGAcc > 2:100370/1‑149 (MQ=255) | GGCAGCGAGGCGTGGGCGCAGCAGCAGGGGTTGCAGGTGCTTGCCTATCTGGTCGATGGCGAAACCGCTGCGGTGGATTTTGTCACGGGGCGCGAAGGGTTGTTGATGGCGCCGGTGTATGCCGTGCCGCGCTTGCTGGCACGCAATGGCCTGACGCTGCAGGACTTTGACTACTACGAAATCCACGAAGCCTTTGCGGCCCAGGTGCTGTGCACGCTCAAGGCCTGGGAAGATGCCGATTACTGCCGTGAACGGTTGGGCCTGGAGGCGCCGCTTGGCGCGATCGACC > NC_002947/679927‑680215 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |