Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 680,671 | C→T | 10.3% | P64L (CCG→CTG) | PP_0583 → | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 680,671 | 0 | C | T | 10.3% | 155.8 / 7.3 | 58 | P64L (CCG→CTG) | PP_0583 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/25); new base T (4/2); total (31/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.18e-01 |
ACCTGCCCAGACCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCTGGC > NC_002947/680524‑680815 | acCTGCCCAGACCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCg > 7:274619/1‑149 (MQ=255) cccAGACCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGCACCACTCCCCCCCAGCACGACTGGGTGCAATTGGCCTACGCCAACAGCGGCGTACTCGGCGTGTACAAACGCGCCGGCAGTTACTTTGCCCCACCCCAGTg > 5:175720/1‑149 (MQ=255) ccAGTCCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGTCATTTACTTTGCCCCACCGCAGTgg < 8:119595/149‑1 (MQ=255) cAGACCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTggg < 2:232447/149‑1 (MQ=255) cccTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGgtg > 4:161458/1‑149 (MQ=255) ccTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACTGCGGTggg > 8:192762/1‑143 (MQ=255) ccTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACTGCGGTggg < 7:192762/143‑1 (MQ=255) tACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTgg < 8:56264/147‑1 (MQ=255) gCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATccc > 1:150644/1‑149 (MQ=255) aGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGa < 8:274619/149‑1 (MQ=255) aGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGa < 2:150644/149‑1 (MQ=255) gCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAg < 6:314101/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATcccc < 6:196772/136‑1 (MQ=255) ccTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATcccc > 5:196772/1‑136 (MQ=255) aCCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGa > 6:117297/1‑128 (MQ=255) aCCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGa < 5:117297/128‑1 (MQ=255) ccACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATg < 4:317257/149‑1 (MQ=255) cACTCGCCAGCAGCACGAGTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGt < 7:39969/138‑1 (MQ=255) cACTCGCCAACAGCACGAATGGGTCCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGAGTACTAGGAGTGTAAACACGCGACGGCAGTTACATTCCCCCACCGCAGAGGGGGCTGTGGATACCCCCCGATCACGAGCATGAAGAgga > 8:39969/1‑137 (MQ=255) cGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGc > 2:93098/1‑149 (MQ=255) gCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTACCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGcc > 1:161509/1‑149 (MQ=255) ccaccaGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCCATGCAAg > 6:185952/1‑146 (MQ=255) accaGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGAt < 2:240256/113‑1 (MQ=255) accaGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGAt > 1:240256/1‑113 (MQ=255) aCTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGc < 6:248035/149‑1 (MQ=255) tGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTAc < 5:185952/149‑1 (MQ=255) gCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCgag < 6:288418/133‑1 (MQ=255) gCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCgag > 5:288418/1‑133 (MQ=255) aaTTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCccgc > 1:307947/1‑91 (MQ=255) aaTTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCccgc < 2:307947/91‑1 (MQ=255) ccTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGcgccgc > 4:107513/1‑149 (MQ=255) cTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGGGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGcgccg < 6:175720/147‑1 (MQ=255) aGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGAtgcctgcc > 4:1967/1‑148 (MQ=255) gcgTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCANTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATgg > 1:29248/1‑149 (MQ=255) gcgTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATgg < 3:161458/149‑1 (MQ=255) tcgCGTGTGTACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCAGGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCg > 3:181765/3‑148 (MQ=255) ggCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGa < 3:107513/149‑1 (MQ=255) gCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTACCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGaa < 2:161509/149‑1 (MQ=255) cGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGCTGCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGaa < 1:69415/149‑1 (MQ=255) tACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATg > 4:236103/1‑149 (MQ=255) cacGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCgg > 1:85450/1‑149 (MQ=255) acGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCggg > 3:214394/1‑149 (MQ=255) cGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTgg < 1:93098/149‑1 (MQ=255) gTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCgg > 6:104087/1‑137 (MQ=255) gTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCgg < 5:104087/137‑1 (MQ=255) aCTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGAc < 3:236103/148‑1 (MQ=255) tttGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTg > 5:319694/1‑93 (MQ=255) tttGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTg < 6:319694/93‑1 (MQ=255) tttGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGAcgcc > 3:230170/1‑149 (MQ=255) gCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCt > 5:291742/1‑149 (MQ=255) cccccACTGCGGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAg < 3:321978/138‑1 (MQ=255) cccccACTGCGGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAg > 4:321978/2‑139 (MQ=255) cccccACTGCGGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCt > 6:280241/2‑149 (MQ=255) cccccACTGCGGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCt > 2:91044/2‑149 (MQ=255) ccccACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCTg > 8:168557/1‑149 (MQ=255) cccACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACTTGCCCCGCGATGCCTGCCCATGGCCGCCGGACCAATGCCGGGTGATGGAAGTGCCGCCGCTgc > 3:10713/1‑148 (MQ=255) cccACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCAAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCTgg > 4:24599/1‑149 (MQ=255) ccACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGTGTGCTGGAAGTGACGCCGCTGgc < 6:62576/149‑1 (MQ=255) | ACCTGCCCAGACCCCTCTACGCCCGTGCCGAAAGCCTTGGCGCCGGATCGTGGACCACTCGCCACCAGCACGACTGGGTGCAATTCTCCTACGCCATCAGCGGCGTACTCGGCGTGTACACACGCGACGGCAGTTACTTTGCCCCACCGCAGTGGGGGGTGTGGATCCCCGCCGATGCCGAGCATGAAGTGGTCACCTCGATGCAAGCCGAGATGC‑GCAGCCTGTACGTGCGCCGCGATGCCTGCCCATGGGCGCCGGAACAATGCCGGGTGCTGGAAGTGACGCCGCTGGC > NC_002947/680524‑680815 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |