Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,108,335 | G→C | 7.5% | W23C (TGG→TGC) | PP_5358 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,108,335 | 0 | G | C | 7.5% | 165.8 / 4.2 | 53 | W23C (TGG→TGC) | PP_5358 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/24); new base C (2/2); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.89e-01 |
CGCAGCGCAGTATGAACTTGATTGCTACCTGTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAATGGCCGCAAGCGCCTGGCACGCGTC > NC_002947/6108187‑6108482 | cgcagcgcagTATGAACTTGATTGCTACCTGTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTgg < 6:164544/149‑1 (MQ=255) cgcagcgcagTATGAACTTGATTGCTACCTGTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTgg < 3:264022/149‑1 (MQ=255) gcagTATGAACTTGATTGCTACCTGTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAAc > 3:124219/1‑149 (MQ=255) cagTATGAACTTGATTGCTACCTGTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAAc > 8:233461/1‑148 (MQ=255) gTATGAACTTGATTGCTACCTGTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGCCACAACCag < 7:118583/149‑2 (MQ=255) gATTGCTACCTGTCCGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGACCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGTGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCg < 8:122246/147‑1 (MQ=255) cTACCTGTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGaaaa < 4:124219/148‑1 (MQ=255) cTACCTGTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAg > 5:100119/1‑149 (MQ=255) tGTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCAt < 4:231467/129‑1 (MQ=255) tGTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCAt > 3:231467/1‑129 (MQ=255) gTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGcc < 5:186909/146‑1 (MQ=255) gTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGcc > 6:186909/1‑146 (MQ=255) tACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTg < 3:38744/148‑1 (MQ=255) tACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTg < 4:171424/148‑1 (MQ=255) gACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAAc < 6:100119/149‑1 (MQ=255) aGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACggg > 3:220927/1‑149 (MQ=255) cAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCa > 1:160930/1‑148 (MQ=255) ggAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAAc < 6:100358/149‑1 (MQ=255) aaCGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAg < 4:220927/149‑1 (MQ=255) cAGTTAAGCTGGATCTCCCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCACACAGGAtt > 7:280716/1‑149 (MQ=255) aGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAAc > 7:78095/1‑133 (MQ=255) aGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAAc < 8:78095/133‑1 (MQ=255) aGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTg > 4:269673/1‑149 (MQ=255) gCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCa > 3:12859/1‑148 (MQ=255) gATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCAtt > 6:65982/1‑138 (MQ=255) gATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCAtt < 5:65982/138‑1 (MQ=255) tCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGa > 8:305299/1‑149 (MQ=255) ggAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCAtt > 1:309651/1‑125 (MQ=255) ggAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCAtt < 2:304838/125‑1 (MQ=255) ggAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCAtt > 1:304838/1‑125 (MQ=255) ggAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCAtt < 2:309651/125‑1 (MQ=255) gAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCt > 3:66979/1‑149 (MQ=255) gCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATg > 6:159214/1‑149 (MQ=255) gCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATg > 4:193694/1‑149 (MQ=255) cAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGc > 8:251818/1‑149 (MQ=255) aaTGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCg < 2:160930/149‑1 (MQ=255) gagaACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGc < 7:233461/148‑1 (MQ=255) ctctTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGc < 7:305299/149‑1 (MQ=255) tCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCaa < 3:209848/136‑1 (MQ=255) tCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCaa > 4:209848/1‑136 (MQ=255) cGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGTCGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTg > 8:141708/1‑149 (MQ=255) cGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCttt < 4:12859/148‑1 (MQ=255) aTGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAg < 6:243785/129‑1 (MQ=255) aTGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAg > 5:243785/1‑129 (MQ=255) tGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGc > 5:313923/1‑148 (MQ=255) tGGTAGACACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTgg > 8:191051/1‑60 (MQ=255) gCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAATgg < 5:159214/149‑1 (MQ=255) gCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAATg < 3:193694/148‑1 (MQ=255) gCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAATGGCCGCaa < 6:313923/149‑1 (MQ=255) ccatGGTTGTGCCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAAt < 6:82307/132‑1 (MQ=255) ccatGGTTGTGCCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAAt > 5:82307/4‑135 (MQ=255) catGGTTGTGCCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAATGGCCGCAAGCGCCTg > 1:181589/3‑149 (MQ=255) cTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAATGGCCGCAAGCGCCTgg > 8:173649/1‑149 (MQ=255) gTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAATGGCCGCAAGCGCCTGGc < 3:269673/147‑1 (MQ=255) gTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAATGGCCGCAAGCGCCTGGCAc < 7:173649/149‑1 (MQ=255) ggCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAATGGCCGCAAGCGCCTGGCACGCGTc > 2:294893/1‑149 (MQ=255) | CGCAGCGCAGTATGAACTTGATTGCTACCTGTACGACAGGCCAGGAACGCAGTTAAGCTGGATCTACCTGTTTGGAGCATATGCAAATGTTGACCCTGGAGAACCTCTTCGTCCTGATGCTGGTAGCCACGGCAGGCGCCTGGTTGTGGCACAACCATGGGTTGCGTGAAAAGGCCCTGGAACGGGTCAAACAGCATTGCGCCAAACTCGACCTGGAGTTGCTTGACGATGCCGTAGCGCTCAAGCGTATCGCCTTTGTCCGGGATGCCAATGGCCGCAAGCGCCTGGCACGCGTC > NC_002947/6108187‑6108482 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |