Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 717,758 | T→A | 8.9% | G142G (GGT→GGA) | thiO → | FAD‑dependent glycine/D‑amino acid oxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 717,758 | 0 | T | A | 8.9% | 124.4 / 3.0 | 45 | G142G (GGT→GGA) | thiO | FAD‑dependent glycine/D‑amino acid oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/23); new base A (2/2); total (20/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
GGCTCGACCTGGACGACGAGGCCGAAGCGTTGGCCTGGGCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAGGGGCGCGTGACTGGTGTACAGACGGCTGAT > NC_002947/717616‑717902 | ggCTCGACCTGGACGACGAGGCCGAAGCGTTGGCCTGGGCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGc > 3:189084/1‑148 (MQ=255) gCTCGACCTGGACGACGAGGCCGAAGCGTTGGCCTGGGCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGcc > 1:116706/1‑148 (MQ=255) gACCTGGACGACGAGGCCGAAGCGTTGGCCTGGGCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCTGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAAtg < 1:252488/148‑1 (MQ=255) gACCTGGACGACGAGGCCGAAGCGTTGGCCTGGGCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAAtgt < 7:240912/149‑1 (MQ=255) ccTGGACGACGAGGCCGAAGCGTTGGCCTGGGCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTgc < 8:163689/149‑1 (MQ=255) gacgacGAGGCCGAAGCGTTGGCCTGGGCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCaa > 6:285406/1‑149 (MQ=255) acgacgAGGCCGAAGCGTTGGCCTGGGCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAAc > 1:308915/1‑149 (MQ=255) ccGAAGCGTTGGCCTGGGCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGTATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTg < 3:20602/149‑1 (MQ=255) tGGGCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTg > 7:132220/1‑147 (MQ=255) ggCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAgg < 8:132220/149‑1 (MQ=255) ccGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAggcg < 4:189084/149‑1 (MQ=255) cgcgcgcgAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAggcgg > 2:85221/1‑149 (MQ=255) cgcgcgAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGgcggcg < 2:239318/149‑1 (MQ=255) gcgcgAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGt > 2:22275/1‑149 (MQ=255) gcgcgAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGt > 2:27476/1‑149 (MQ=255) agcagcGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTg < 7:17758/149‑1 (MQ=255) gCCGCTCAGTGCCGTTGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGc < 2:116706/149‑1 (MQ=255) aGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAAc < 5:127326/147‑1 (MQ=255) gTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCtt > 2:41171/1‑149 (MQ=255) tGGATATTTCGGCTTCCTACGATGAGGTGACGGTGCTGGGAACGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGAGTGTCCAATGTGAGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGTCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTg > 4:294610/1‑149 (MQ=255) tGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGAGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTg > 4:289951/1‑149 (MQ=255) ggATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTgc < 8:291138/149‑1 (MQ=255) gATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTgc < 2:308915/148‑1 (MQ=255) tttCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGaa < 1:41171/149‑1 (MQ=255) ggcggcCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGATGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACt > 5:91124/1‑149 (MQ=255) ccTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGc > 8:200862/1‑146 (MQ=255) cTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGACGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGc > 1:212383/1‑145 (MQ=255) tACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGc < 7:304847/144‑1 (MQ=255) tACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGc > 6:280903/1‑144 (MQ=255) tACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGc > 8:304847/1‑144 (MQ=255) gATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCAc < 1:85221/149‑1 (MQ=255) tGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGc < 4:304349/125‑1 (MQ=255) tGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGc > 3:304349/1‑125 (MQ=255) ccGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAggg < 3:161372/149‑1 (MQ=255) gCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAGGGGCGCGTGACTg > 3:17069/1‑149 (MQ=255) aCGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAGGGGCGCGTGACTGgt < 5:285406/149‑1 (MQ=255) gCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAGAGGCGCGTGACTGgtgt < 7:200862/149‑1 (MQ=255) tACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGATCACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAGGGGCGCGTGACTGGTGTACAGAc > 2:86640/1‑149 (MQ=255) tACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGGCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAGGGGCGCGTGACTGGTGTACAGAc < 6:91124/149‑1 (MQ=255) aCATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAGGGGCGCGTGACTGGTGTACAGACg > 6:114552/1‑149 (MQ=255) cATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCNGGAAAAGGGGCGCGTGACTGGTGTACAGAc < 1:27476/147‑1 (MQ=255) cATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAGGGGCGCGTGACTGGTGTACAGAc < 1:22275/147‑1 (MQ=255) aTGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGt < 4:269398/113‑1 (MQ=255) cTGGAGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAGGGGCGCGTGACTGGTGTACAGACGGCTGAt < 3:294610/149‑1 (MQ=255) cTGGAGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAGGGGCGCGTGACTGGTGTACAGACGGCTGAt < 3:289951/149‑1 (MQ=255) | GGCTCGACCTGGACGACGAGGCCGAAGCGTTGGCCTGGGCCGCGCGCGAGCAGCGGCCGCTCAGTGCCGTGGATATTTCGGCGGCCTACGATGCGGTGCCGGTGCTGGGCCCGGGCTTCAAGCACGCCATCTACATGGCTGGTGTGGCCAATGTGCGCAACCCACGCTTGGTCAAGTCGCTGAAGGCGGCGTTGCTGGCGCTGCCGAACGTGAGCTTGCGCGAACACTGCCAGATCACCGGCTTCGTGCAGGAAAAGGGGCGCGTGACTGGTGTACAGACGGCTGAT > NC_002947/717616‑717902 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |